More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1934 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  95.97 
 
 
395 aa  726    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
397 aa  785    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  80.5 
 
 
396 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  57.97 
 
 
396 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  57.54 
 
 
389 aa  385  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  51.02 
 
 
399 aa  373  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  38.23 
 
 
374 aa  261  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  37.31 
 
 
419 aa  256  7e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  37.97 
 
 
384 aa  243  6e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  38.98 
 
 
376 aa  229  7e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  36.66 
 
 
402 aa  229  8e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  38.38 
 
 
398 aa  225  9e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  37.27 
 
 
399 aa  224  3e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.53 
 
 
404 aa  219  6e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  35.24 
 
 
404 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  36.52 
 
 
371 aa  216  7e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  35.53 
 
 
404 aa  216  8e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  35.46 
 
 
378 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  34.96 
 
 
383 aa  211  2e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  37.95 
 
 
390 aa  209  7e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 
375 aa  202  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  33.92 
 
 
392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
382 aa  200  3e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  33.67 
 
 
394 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
386 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 
390 aa  193  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
386 aa  193  5e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
375 aa  193  5e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
381 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 
376 aa  191  1e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  34.43 
 
 
370 aa  191  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  34.94 
 
 
370 aa  191  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.86 
 
 
391 aa  189  5e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  34.17 
 
 
383 aa  189  5.999999999999999e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  36.52 
 
 
370 aa  189  9e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.45 
 
 
388 aa  188  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 
381 aa  187  4e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  34.56 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  31.98 
 
 
372 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
386 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 
392 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.05 
 
 
399 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
378 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
377 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  33.99 
 
 
372 aa  171  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  32.15 
 
 
376 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  32.23 
 
 
391 aa  169  6e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 
405 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.78 
 
 
386 aa  169  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
387 aa  169  9e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 
397 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.01 
 
 
397 aa  169  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 
397 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
386 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
386 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
397 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
397 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  34.66 
 
 
384 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
393 aa  163  4.0000000000000004e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
394 aa  163  6e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
393 aa  162  1e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1490  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
372 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000299787  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
376 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
387 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  31.92 
 
 
372 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1110  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.33 
 
 
370 aa  160  4e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
386 aa  159  7e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
393 aa  159  9e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
392 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 
389 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 
400 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 
378 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
383 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
376 aa  158  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  34.57 
 
 
401 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
381 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  34.86 
 
 
401 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
376 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
372 aa  156  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
460 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  34.57 
 
 
401 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.23 
 
 
395 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
380 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 
376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  31.56 
 
 
379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.45 
 
 
376 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
394 aa  153  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.86 
 
 
376 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.86 
 
 
380 aa  153  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.86 
 
 
380 aa  153  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
375 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.86 
 
 
380 aa  153  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  33.99 
 
 
382 aa  153  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.52 
 
 
380 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
384 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
376 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 
380 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 
380 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
384 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>