More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1896 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1896  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
310 aa  637    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2312  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  99.35 
 
 
310 aa  633  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1271  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  84.04 
 
 
311 aa  545  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1856  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  84.57 
 
 
311 aa  546  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2529  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  78.03 
 
 
310 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1769  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  78.1 
 
 
311 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0422268  normal  0.117103 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2085  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  76.45 
 
 
310 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.148257  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1615  aspartate carbamoyltransferase  68.71 
 
 
313 aa  431  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0602203  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2193  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  60.39 
 
 
316 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.345265 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1618  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  61.18 
 
 
313 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2330  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  61.18 
 
 
313 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2242  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  61.18 
 
 
313 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.300493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2355  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  58.31 
 
 
313 aa  368  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0449699  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2090  aspartate carbamoyltransferase  60.47 
 
 
305 aa  362  4e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.219596 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2765  aspartate carbamoyltransferase  56.35 
 
 
313 aa  358  5e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.376966  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1681  aspartate carbamoyltransferase  57.98 
 
 
312 aa  356  2.9999999999999997e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23856  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0514  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.7 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.457435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0879  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.86 
 
 
307 aa  355  6.999999999999999e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1575  aspartate carbamoyltransferase  55.19 
 
 
311 aa  354  7.999999999999999e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0155  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  58.61 
 
 
309 aa  349  4e-95  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2039  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.28 
 
 
309 aa  344  1e-93  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.485925  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09370  aspartate carbamoyltransferase  56.03 
 
 
313 aa  343  2e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.370258  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3418  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.71 
 
 
317 aa  343  2.9999999999999997e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.633713 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0327  aspartate carbamoyltransferase  56.29 
 
 
312 aa  342  4e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.765691  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0723  aspartate carbamoyltransferase  57.1 
 
 
320 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.515501  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5324  aspartate carbamoyltransferase  55.73 
 
 
326 aa  341  8e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4019  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.96 
 
 
312 aa  340  1e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00788568  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0953  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.48 
 
 
312 aa  340  1e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0935774  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3105  aspartate carbamoyltransferase  54.49 
 
 
302 aa  339  4e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.178757  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0344  aspartate carbamoyltransferase  56.48 
 
 
307 aa  338  7e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000132392  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0370  aspartate carbamoyltransferase  53.97 
 
 
309 aa  337  9.999999999999999e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.101132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3310  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.86 
 
 
316 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0084  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.64 
 
 
307 aa  337  9.999999999999999e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0579282 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1284  aspartate carbamoyltransferase  54.25 
 
 
312 aa  337  1.9999999999999998e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0189809  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1010  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.04 
 
 
334 aa  335  5e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174033  normal  0.205744 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4349  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.52 
 
 
316 aa  335  5e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.881591 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2657  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.48 
 
 
306 aa  335  5e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5487  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.6 
 
 
313 aa  333  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.07038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2282  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.77 
 
 
317 aa  334  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.47523  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0103  aspartate carbamoyltransferase  54.19 
 
 
329 aa  333  2e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3848  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.9 
 
 
316 aa  332  4e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0236185 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0964  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.29 
 
 
308 aa  332  6e-90  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2007  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.43 
 
 
362 aa  331  7.000000000000001e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1173  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.03 
 
 
310 aa  332  7.000000000000001e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1054  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.82 
 
 
313 aa  331  1e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.38137  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3015  aspartate carbamoyltransferase  53.62 
 
 
313 aa  331  1e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00265688  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1706  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.81 
 
 
309 aa  330  1e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0451069 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0612  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  58.8 
 
 
313 aa  329  3e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1305  aspartate carbamoyltransferase  54.82 
 
 
306 aa  329  3e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00032948  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2582  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.25 
 
 
317 aa  329  3e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0906615 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0725  aspartate carbamoyltransferase  53.31 
 
 
312 aa  330  3e-89  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00253963  hitchhiker  0.0000000314766 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3190  aspartate carbamoyltransferase  55.59 
 
 
319 aa  330  3e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482997  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3512  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.7 
 
 
315 aa  328  6e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1352  aspartate carbamoyltransferase  53.82 
 
 
311 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0159083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3312  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.36 
 
 
315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3136  aspartate carbamoyltransferase  53.62 
 
 
306 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.604866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0936  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.37 
 
 
313 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0143291  normal  0.350081 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3635  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.36 
 
 
315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.177369 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3761  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.66 
 
 
336 aa  325  4.0000000000000003e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3202  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.32 
 
 
318 aa  325  5e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0897828  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1301  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.95 
 
 
323 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.276181  normal  0.0170425 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10323  probable aspartate carbamoyltransferase  53.06 
 
 
309 aa  324  9e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4725  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.42 
 
 
317 aa  324  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2836  aspartate carbamoyltransferase  57.86 
 
 
354 aa  323  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.917959  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3028  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.43 
 
 
317 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.285295  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1818  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.3 
 
 
304 aa  323  3e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.175577  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2512  aspartate carbamoyltransferase  52.27 
 
 
314 aa  323  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1391  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.04 
 
 
318 aa  322  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621598  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0370  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.4 
 
 
307 aa  322  4e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0685539  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1009  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  50.49 
 
 
331 aa  322  6e-87  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1299  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.04 
 
 
318 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0235362  hitchhiker  0.00573061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2424  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.43 
 
 
317 aa  322  7e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0394509 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4545  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.38 
 
 
308 aa  321  8e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3527  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.09 
 
 
317 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0542  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.79 
 
 
334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.686364  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3919  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.27 
 
 
315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2805  Aspartate carbamoyltransferase  53.74 
 
 
310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1359  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.04 
 
 
319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.118486  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1199  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  50.49 
 
 
331 aa  319  3e-86  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000831641  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_982  aspartate carbamoyltransferase, catalytic chain  50.49 
 
 
331 aa  319  3e-86  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2247  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.08 
 
 
317 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.414785 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2401  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.16 
 
 
328 aa  318  1e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0442258  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1762  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.7 
 
 
318 aa  317  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3093  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.49 
 
 
310 aa  317  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0708  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.88 
 
 
323 aa  315  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0464  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.98 
 
 
317 aa  315  5e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.958757  normal  0.0392835 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1517  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.15 
 
 
335 aa  315  5e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3150  aspartate carbamoyltransferase  53 
 
 
309 aa  315  9e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.987909  hitchhiker  0.000518906 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0708  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.49 
 
 
320 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2102  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.47 
 
 
317 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1092  aspartate carbamoyltransferase  51.15 
 
 
316 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000013953  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0839  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.37 
 
 
321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.111278  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2740  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.56 
 
 
323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2240  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  50.83 
 
 
310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.862655 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0397  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.92 
 
 
335 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0910  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.13 
 
 
320 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.297016 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1853  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.63 
 
 
308 aa  311  5.999999999999999e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.822345  normal  0.502816 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1425  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51 
 
 
325 aa  311  1e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1846  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.66 
 
 
308 aa  311  1e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258176  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4279  aspartate carbamoyltransferase  50.83 
 
 
312 aa  310  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.527169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>