More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1873 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  100 
 
 		 204 aa  419  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  95.59 
 
 		 204 aa  407  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  71.88 
 
 		 198 aa  295  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  72.58 
 
 		 202 aa  295  4e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  73.03 
 
 		 203 aa  285  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  65.24 
 
 		 206 aa  266  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  66.86 
 
 		 212 aa  245  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  66.89 
 
 		 189 aa  218  7e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  49.15 
 
 		 188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  46.56 
 
 		 218 aa  165  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  46.24 
 
 		 204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  45.41 
 
 		 211 aa  157  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  44.39 
 
 		 208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  48.24 
 
 		 200 aa  152  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  45 
 
 		 216 aa  148  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  45 
 
 		 221 aa  147  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  44.2 
 
 		 304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  53.91 
 
 		 328 aa  145  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  55.38 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  45.74 
 
 		 202 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  41.18 
 
 		 297 aa  144  9e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  48.7 
 
 		 191 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  38.35 
 
 		 305 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  40.69 
 
 		 297 aa  142  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  58.12 
 
 		 174 aa  142  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  38.94 
 
 		 273 aa  142  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  44.44 
 
 		 199 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.35 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  40.49 
 
 		 260 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  40.31 
 
 		 195 aa  139  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  53.28 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  40.11 
 
 		 239 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  40.83 
 
 		 285 aa  137  8.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  40.11 
 
 		 239 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  40.11 
 
 		 239 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  42.56 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.22 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  40.57 
 
 		 251 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  40.57 
 
 		 251 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  44.26 
 
 		 237 aa  136  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  40.57 
 
 		 251 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  55.08 
 
 		 196 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  44.25 
 
 		 242 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  51.94 
 
 		 283 aa  135  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  48.48 
 
 		 244 aa  135  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  52.54 
 
 		 206 aa  135  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  41.11 
 
 		 261 aa  135  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  41.95 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  42.77 
 
 		 299 aa  135  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  51.2 
 
 		 280 aa  134  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  55.83 
 
 		 228 aa  134  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.22 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  50.77 
 
 		 263 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  41.01 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  38.55 
 
 		 249 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  38.35 
 
 		 214 aa  131  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  38.28 
 
 		 280 aa  131  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  49.19 
 
 		 217 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  40.83 
 
 		 329 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  38.59 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  37.89 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  54.62 
 
 		 199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  49.28 
 
 		 260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  52.94 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  39.04 
 
 		 215 aa  128  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  52.34 
 
 		 251 aa  128  7.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  38.59 
 
 		 216 aa  127  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  38.33 
 
 		 296 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  53.85 
 
 		 438 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  53.57 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  53.33 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  47.54 
 
 		 261 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  47.54 
 
 		 261 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  38.8 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  46.72 
 
 		 261 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  46.72 
 
 		 259 aa  125  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  44 
 
 		 201 aa  125  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  38.8 
 
 		 209 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  41.71 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  47.93 
 
 		 442 aa  124  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  51.26 
 
 		 260 aa  124  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  46.72 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  45.9 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  45.9 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  45.9 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  38.62 
 
 		 326 aa  124  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4513  Lytic transglycosylase catalytic  37.82 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.141969  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  45.9 
 
 		 261 aa  123  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  54.4 
 
 		 278 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 256 aa  122  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  45.16 
 
 		 261 aa  122  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  37.67 
 
 		 281 aa  122  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  51.2 
 
 		 362 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4351  lytic transglycosylase catalytic  52 
 
 		 194 aa  121  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  37.91 
 
 		 209 aa  121  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  52.94 
 
 		 282 aa  121  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  48.31 
 
 		 217 aa  121  8e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  40.34 
 
 		 208 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  51.69 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>