More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1699 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 424 aa  863    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  92.67 
 
 		 424 aa  803    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  48.48 
 
 		 426 aa  410  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  36.94 
 
 		 461 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  39.09 
 
 		 459 aa  279  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  36.56 
 
 		 460 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  35.98 
 
 		 467 aa  260  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0920  radical SAM domain-containing protein  34.51 
 
 		 451 aa  233  5e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1999  radical SAM domain-containing protein  33.8 
 
 		 506 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0779114  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1024  Radical SAM domain protein  33.5 
 
 		 467 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3236  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 		 462 aa  184  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.47 
 
 		 485 aa  137  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 441 aa  136  9e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.55 
 
 		 472 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.12 
 
 		 472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 518 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 		 472 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 		 473 aa  123  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 		 529 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.11 
 
 		 563 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 		 444 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.85 
 
 		 520 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.04 
 
 		 484 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.12 
 
 		 459 aa  119  7e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 459 aa  119  9e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.21 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.39 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  24.8 
 
 		 552 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.59 
 
 		 461 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 		 494 aa  117  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.63 
 
 		 576 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 487 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.37 
 
 		 471 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.18 
 
 		 564 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.12 
 
 		 554 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  31.12 
 
 		 576 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  28.15 
 
 		 864 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  23.97 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 		 462 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  23.34 
 
 		 425 aa  111  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 		 488 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  25.78 
 
 		 484 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  27.06 
 
 		 548 aa  109  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.53 
 
 		 556 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.65 
 
 		 426 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  30.57 
 
 		 583 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.61 
 
 		 470 aa  109  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 524 aa  109  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 		 521 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  31.23 
 
 		 450 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.46 
 
 		 468 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28.71 
 
 		 502 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  31.86 
 
 		 501 aa  107  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  26.22 
 
 		 609 aa  106  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 		 434 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 		 520 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  30.1 
 
 		 564 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 		 516 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.36 
 
 		 472 aa  103  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.54 
 
 		 473 aa  103  6e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 		 472 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  26.68 
 
 		 461 aa  103  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.36 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 		 1288 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.12 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 		 476 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 		 533 aa  102  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 		 468 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.79 
 
 		 512 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.09 
 
 		 471 aa  100  4e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.48 
 
 		 469 aa  100  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 		 467 aa  100  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  32.12 
 
 		 469 aa  100  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1633  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 		 490 aa  100  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 		 468 aa  100  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.61 
 
 		 465 aa  100  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  30.35 
 
 		 541 aa  99.4  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  29.84 
 
 		 467 aa  99  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.57 
 
 		 473 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 		 484 aa  99  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.89 
 
 		 475 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  23.83 
 
 		 1250 aa  99  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 		 469 aa  98.6  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.25 
 
 		 473 aa  97.8  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  27.2 
 
 		 490 aa  98.2  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  23.26 
 
 		 566 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  29.43 
 
 		 444 aa  97.4  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  32.74 
 
 		 475 aa  97.8  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  25.59 
 
 		 555 aa  96.7  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.56 
 
 		 475 aa  97.1  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  23.57 
 
 		 507 aa  96.3  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 		 490 aa  95.5  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  25.12 
 
 		 471 aa  95.5  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  22.92 
 
 		 539 aa  94.7  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 433 aa  93.6  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 		 616 aa  93.6  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>