More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1604 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  46.9 
 
 		 781 aa  685    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  100 
 
 		 952 aa  1926    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  50.2 
 
 		 977 aa  779    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  46.28 
 
 		 948 aa  678    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  54.01 
 
 		 833 aa  862    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  56.01 
 
 		 834 aa  887    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  72.16 
 
 		 936 aa  1123    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  53.79 
 
 		 869 aa  832    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  38.9 
 
 		 1055 aa  501  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  45.61 
 
 		 568 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  35.72 
 
 		 940 aa  428  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  32.08 
 
 		 827 aa  345  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  31.13 
 
 		 849 aa  333  6e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  32.38 
 
 		 828 aa  333  9e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  32.63 
 
 		 828 aa  333  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  32.98 
 
 		 837 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  32.98 
 
 		 837 aa  322  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  31.61 
 
 		 877 aa  320  6e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  32.73 
 
 		 828 aa  317  9e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  30.84 
 
 		 779 aa  316  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  29.7 
 
 		 875 aa  312  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  29.7 
 
 		 877 aa  312  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  29.58 
 
 		 800 aa  312  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  32.05 
 
 		 837 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  0.0000028911 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  32.79 
 
 		 833 aa  309  2.0000000000000002e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000033468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  30.74 
 
 		 830 aa  299  1e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  30.19 
 
 		 823 aa  293  8e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  29.18 
 
 		 824 aa  280  6e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  29.04 
 
 		 846 aa  278  3e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  29.26 
 
 		 830 aa  268  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  35.24 
 
 		 753 aa  267  5.999999999999999e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  29.33 
 
 		 812 aa  267  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  32.04 
 
 		 947 aa  249  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  32.52 
 
 		 800 aa  243  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  32.15 
 
 		 921 aa  239  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  32.13 
 
 		 919 aa  238  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  30.57 
 
 		 920 aa  232  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  29.93 
 
 		 915 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  30.09 
 
 		 931 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  30.7 
 
 		 922 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  29.91 
 
 		 919 aa  225  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  30.51 
 
 		 912 aa  222  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  27.82 
 
 		 897 aa  221  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  29.89 
 
 		 910 aa  219  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  30.24 
 
 		 869 aa  214  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  29.48 
 
 		 869 aa  213  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.55 
 
 		 920 aa  211  5e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  26.03 
 
 		 791 aa  205  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  27.83 
 
 		 852 aa  197  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  33.01 
 
 		 576 aa  193  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  30.31 
 
 		 803 aa  190  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  48.19 
 
 		 425 aa  170  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  29.5 
 
 		 580 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000541966  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  30.13 
 
 		 478 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  35.34 
 
 		 552 aa  122  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  30.32 
 
 		 605 aa  121  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000240824 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  36.32 
 
 		 552 aa  118  5e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  35.59 
 
 		 552 aa  117  8.999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  34.55 
 
 		 552 aa  110  9.000000000000001e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  33.8 
 
 		 557 aa  105  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  34.83 
 
 		 565 aa  103  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  33.16 
 
 		 579 aa  101  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  27.66 
 
 		 603 aa  98.2  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  34.62 
 
 		 431 aa  96.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  31.34 
 
 		 609 aa  95.5  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  26.56 
 
 		 473 aa  94.7  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0289  polysaccharide export protein  26.16 
 
 		 992 aa  92.4  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  34.9 
 
 		 516 aa  92.4  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  26.88 
 
 		 587 aa  92.4  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  31.43 
 
 		 373 aa  91.7  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  33.89 
 
 		 558 aa  91.7  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  30.97 
 
 		 317 aa  91.3  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  33.05 
 
 		 537 aa  90.5  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000856367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  33.33 
 
 		 558 aa  90.1  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000332683  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  33.33 
 
 		 558 aa  90.1  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2273  polysaccharide export protein  30.13 
 
 		 392 aa  90.1  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.534811  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  30.13 
 
 		 392 aa  90.1  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5549  polysaccharide export protein  30.13 
 
 		 392 aa  90.1  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4916  polysaccharide export protein  29.71 
 
 		 397 aa  89.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.713407  hitchhiker  0.000554375 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  23.27 
 
 		 700 aa  89.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4540  polysaccharide export protein  29.71 
 
 		 387 aa  88.6  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3823  polysaccharide export protein  29.71 
 
 		 387 aa  88.6  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3701  polysaccharide export protein  29.71 
 
 		 392 aa  88.2  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  34.48 
 
 		 396 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  27.15 
 
 		 495 aa  87.4  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  27.15 
 
 		 495 aa  87  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  34.48 
 
 		 396 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0290  polysaccharide export protein  25.81 
 
 		 992 aa  86.3  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0242  polysaccharide export protein  31.73 
 
 		 264 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  34.48 
 
 		 391 aa  86.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  34.48 
 
 		 391 aa  86.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  29.17 
 
 		 606 aa  85.5  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  30.74 
 
 		 347 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1060  polysaccharide export protein  30.42 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  32.16 
 
 		 558 aa  82  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2026  polysaccharide export protein  30.84 
 
 		 270 aa  80.9  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1877  polysaccharide export protein  30.97 
 
 		 281 aa  80.9  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2193  polysaccharide biosynthesis/export protein  32.74 
 
 		 378 aa  80.9  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000597973  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  27.1 
 
 		 606 aa  80.1  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2582  polysaccharide export protein  33.95 
 
 		 205 aa  80.1  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>