More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1598 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  96.11 
 
 		 411 aa  780    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 411 aa  827    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  64.06 
 
 		 412 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  52.5 
 
 		 410 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  50.86 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  50.74 
 
 		 419 aa  412  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  50.74 
 
 		 411 aa  410  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  52.21 
 
 		 411 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  48.39 
 
 		 411 aa  390  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  46.8 
 
 		 411 aa  360  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  41.61 
 
 		 412 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  42.72 
 
 		 417 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  39.56 
 
 		 424 aa  268  1e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  42.16 
 
 		 447 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  33.82 
 
 		 413 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  41.22 
 
 		 445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 400 aa  232  7.000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  36.65 
 
 		 422 aa  229  7e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  31.94 
 
 		 408 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  35.66 
 
 		 413 aa  224  3e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  33.5 
 
 		 410 aa  223  6e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  33.83 
 
 		 406 aa  222  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  38.25 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  34.89 
 
 		 403 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  31.78 
 
 		 407 aa  215  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  29.56 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  31.78 
 
 		 407 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  32.11 
 
 		 408 aa  210  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  33.75 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 		 416 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  34.24 
 
 		 423 aa  206  5e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 		 413 aa  206  5e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  29.68 
 
 		 406 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  34.04 
 
 		 412 aa  202  9e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 		 397 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  32.89 
 
 		 408 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  33.1 
 
 		 464 aa  200  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 		 402 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  33.09 
 
 		 419 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  30.95 
 
 		 409 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 		 413 aa  193  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  32.04 
 
 		 429 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  30.96 
 
 		 405 aa  192  7e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  29.66 
 
 		 406 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 		 423 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  31.87 
 
 		 423 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  31.77 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  31.25 
 
 		 406 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 		 411 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  29.51 
 
 		 405 aa  186  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 		 414 aa  186  6e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  30.02 
 
 		 404 aa  186  8e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  31.85 
 
 		 404 aa  186  9e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  30.08 
 
 		 431 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  32.13 
 
 		 450 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 		 423 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  29.31 
 
 		 404 aa  183  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 		 431 aa  179  8e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 		 431 aa  179  8e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  30.39 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  27.98 
 
 		 397 aa  177  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  29.76 
 
 		 400 aa  177  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  32.2 
 
 		 449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  28.5 
 
 		 458 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  31.46 
 
 		 448 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  28.84 
 
 		 460 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  33.22 
 
 		 487 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  28.64 
 
 		 408 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  27.47 
 
 		 400 aa  168  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  29.9 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  33.07 
 
 		 402 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  29.02 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  24.7 
 
 		 403 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  30.3 
 
 		 428 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  26.85 
 
 		 480 aa  132  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  31.63 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  25.97 
 
 		 444 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  26.38 
 
 		 439 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  36.23 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  26.24 
 
 		 438 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  26.19 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  25.3 
 
 		 463 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  26.45 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  24.51 
 
 		 414 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  24.21 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  32.5 
 
 		 378 aa  100  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  31.82 
 
 		 403 aa  97.8  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  24.16 
 
 		 406 aa  94.7  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  29.49 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  29.49 
 
 		 379 aa  92  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  35.06 
 
 		 399 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4432  putative signal transduction protein  27.78 
 
 		 409 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  29.68 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0622  putative signal transduction protein  26.15 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0558  putative signal transduction protein  27.89 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  30.63 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  21.01 
 
 		 403 aa  66.2  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3112  putative signal transduction protein  24.49 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  28.36 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1403  diguanylate phosphodiesterase  29.75 
 
 		 412 aa  59.7  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>