More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1550 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  49.26 
 
 		 894 aa  815    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  54.33 
 
 		 870 aa  733    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  41.56 
 
 		 891 aa  674    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  54.96 
 
 		 944 aa  1013    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  91.45 
 
 		 926 aa  1593    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  100 
 
 		 946 aa  1896    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  41.63 
 
 		 864 aa  613  9.999999999999999e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  35.96 
 
 		 874 aa  416  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  34.15 
 
 		 893 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0252  type IV pilus secretin PilQ  35.51 
 
 		 1269 aa  314  5.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.760209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  32.31 
 
 		 710 aa  302  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  32.34 
 
 		 718 aa  301  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  30.9 
 
 		 714 aa  295  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  38.7 
 
 		 710 aa  295  4e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.24 
 
 		 718 aa  294  6e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  33.89 
 
 		 692 aa  292  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  38.97 
 
 		 706 aa  290  8e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  31.58 
 
 		 714 aa  289  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  31.81 
 
 		 706 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  30.94 
 
 		 704 aa  289  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  31.83 
 
 		 987 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  34.75 
 
 		 668 aa  288  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  32.48 
 
 		 711 aa  284  5.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  29.35 
 
 		 696 aa  284  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  29.07 
 
 		 696 aa  284  7.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  37.74 
 
 		 717 aa  283  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  36.21 
 
 		 698 aa  282  2e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  36.21 
 
 		 698 aa  282  2e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  30.29 
 
 		 717 aa  283  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  29.69 
 
 		 710 aa  281  4e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  28.59 
 
 		 694 aa  281  5e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  28.59 
 
 		 710 aa  281  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  36.57 
 
 		 756 aa  280  8e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  31.02 
 
 		 721 aa  280  9e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  30.68 
 
 		 721 aa  280  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  37.75 
 
 		 729 aa  279  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  29.84 
 
 		 721 aa  274  7e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  34.92 
 
 		 580 aa  271  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  37.65 
 
 		 547 aa  270  8e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  33.77 
 
 		 693 aa  270  8.999999999999999e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  31.59 
 
 		 726 aa  268  2.9999999999999995e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  30.98 
 
 		 784 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  30.98 
 
 		 784 aa  266  8.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  32.54 
 
 		 655 aa  267  8.999999999999999e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  28.74 
 
 		 716 aa  265  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  32.08 
 
 		 685 aa  265  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.83 
 
 		 689 aa  265  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  31.15 
 
 		 706 aa  265  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  35.8 
 
 		 712 aa  265  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  34.88 
 
 		 792 aa  265  4e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  31 
 
 		 683 aa  262  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  30.62 
 
 		 688 aa  262  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  31.47 
 
 		 683 aa  263  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  30.07 
 
 		 683 aa  261  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  31.35 
 
 		 684 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  31.35 
 
 		 684 aa  261  6e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  32.11 
 
 		 699 aa  260  8e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  30.22 
 
 		 682 aa  260  8e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  31.35 
 
 		 684 aa  260  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  31.09 
 
 		 683 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  29.56 
 
 		 727 aa  258  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  30.98 
 
 		 684 aa  257  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  30.91 
 
 		 682 aa  257  8e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  27.19 
 
 		 714 aa  256  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  32.91 
 
 		 642 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  33.87 
 
 		 712 aa  255  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  30.81 
 
 		 682 aa  255  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  34.1 
 
 		 715 aa  254  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  31.46 
 
 		 630 aa  253  1e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  30.5 
 
 		 683 aa  253  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  30.5 
 
 		 683 aa  253  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  31.78 
 
 		 636 aa  253  2e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  30.5 
 
 		 683 aa  253  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0540  type IV pilus secretin PilQ  38.1 
 
 		 636 aa  253  2e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.614076  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  31.16 
 
 		 657 aa  252  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  34.38 
 
 		 578 aa  251  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  27.97 
 
 		 723 aa  251  7e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2199  type IV pilus secretin PilQ  31.97 
 
 		 719 aa  249  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  35.98 
 
 		 420 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  29.86 
 
 		 711 aa  246  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  35.05 
 
 		 422 aa  245  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  35.24 
 
 		 420 aa  239  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  35.24 
 
 		 420 aa  238  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  28.03 
 
 		 729 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  34.56 
 
 		 424 aa  234  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  35.06 
 
 		 424 aa  231  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  33.49 
 
 		 591 aa  229  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  34 
 
 		 576 aa  228  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  33.58 
 
 		 567 aa  228  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  33.83 
 
 		 575 aa  228  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  33.83 
 
 		 616 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  33.83 
 
 		 527 aa  227  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  32.16 
 
 		 523 aa  227  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  33.57 
 
 		 543 aa  227  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  34.83 
 
 		 413 aa  227  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  34.16 
 
 		 433 aa  226  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  33.83 
 
 		 462 aa  225  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  33.83 
 
 		 462 aa  225  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  35.4 
 
 		 426 aa  225  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  33.83 
 
 		 462 aa  225  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>