169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1525 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  96.24 
 
 		 346 aa  688    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 346 aa  711    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  68.45 
 
 		 345 aa  489  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  66.86 
 
 		 344 aa  474  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  67.56 
 
 		 353 aa  472  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  59.1 
 
 		 349 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  56.23 
 
 		 338 aa  396  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  37.34 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  40.77 
 
 		 358 aa  239  5e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  40.84 
 
 		 354 aa  227  3e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  40.27 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  38.78 
 
 		 344 aa  209  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  33.84 
 
 		 356 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  33.54 
 
 		 356 aa  203  3e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  37.42 
 
 		 353 aa  203  4e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  39.8 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  37.38 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  37.99 
 
 		 359 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  35.55 
 
 		 356 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  38.59 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  36.52 
 
 		 358 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  38.24 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  36.69 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  36.92 
 
 		 346 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  38.05 
 
 		 335 aa  188  9e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  37.13 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  37.13 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  41.04 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  37.74 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  38 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  36.81 
 
 		 359 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  36.73 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  32.93 
 
 		 346 aa  186  6e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  37.25 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  41.04 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  35.93 
 
 		 347 aa  184  3e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  36.75 
 
 		 377 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  35.78 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  32.23 
 
 		 347 aa  182  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  40.57 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  37.22 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  35.29 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  40.98 
 
 		 375 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  31.72 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  40.57 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  40.57 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  34.81 
 
 		 355 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  34.64 
 
 		 375 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  33.93 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  34.93 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  34.74 
 
 		 347 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  35.29 
 
 		 373 aa  175  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  34.98 
 
 		 349 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  33.96 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  33.67 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  34.75 
 
 		 346 aa  172  5.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  36.36 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  32.59 
 
 		 353 aa  169  8e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  36.45 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  33 
 
 		 350 aa  169  8e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  33.67 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  31.95 
 
 		 334 aa  166  8e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  32.23 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  32.63 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  32.63 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  33 
 
 		 352 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  31.21 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  31.91 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  31.35 
 
 		 370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  31.17 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  31.17 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  33.43 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  31.03 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  31.89 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  33.82 
 
 		 372 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  32.83 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  31.13 
 
 		 327 aa  151  2e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  33 
 
 		 368 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 368 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  33.66 
 
 		 369 aa  149  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  35.6 
 
 		 352 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  30.54 
 
 		 365 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  32.67 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  30.12 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  32.13 
 
 		 365 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  33 
 
 		 368 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  32.13 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  32.82 
 
 		 384 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  34.24 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  33.11 
 
 		 376 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  32.17 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  32.79 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  31.83 
 
 		 366 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  33.94 
 
 		 364 aa  142  6e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  30.43 
 
 		 367 aa  142  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  31.03 
 
 		 370 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  33.94 
 
 		 364 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  33.94 
 
 		 364 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>