98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1409 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2871  hypothetical protein  94.9 
 
 
391 aa  764    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.323163 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1409  hypothetical protein  100 
 
 
392 aa  804    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1604  hypothetical protein  59.44 
 
 
392 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.734776  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32870  hypothetical protein  60.2 
 
 
392 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2515  hypothetical protein  58.02 
 
 
392 aa  498  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.762903  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3782  VWA containing CoxE family protein  62.92 
 
 
390 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858588  normal  0.572955 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3321  hypothetical protein  59.69 
 
 
392 aa  498  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4574  hypothetical protein  57.65 
 
 
392 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0368264  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3982  hypothetical protein  58.42 
 
 
393 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02166  hypothetical protein  58.67 
 
 
393 aa  488  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1315  hypothetical protein  57.65 
 
 
392 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253274  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29160  hypothetical protein  57.65 
 
 
393 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0682429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3297  hypothetical protein  55.9 
 
 
390 aa  491  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.88869  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4135  hypothetical protein  60.3 
 
 
391 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.170456  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0891  hypothetical protein  59.95 
 
 
394 aa  487  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0553053  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3459  hypothetical protein  60.31 
 
 
411 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0190687  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1913  hypothetical protein  60.31 
 
 
391 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0562302  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3874  hypothetical protein  57.14 
 
 
392 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0400507  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4250  hypothetical protein  59.34 
 
 
395 aa  482  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6258  hypothetical protein  58.52 
 
 
391 aa  482  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4095  hypothetical protein  57.14 
 
 
392 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0303832  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2536  hypothetical protein  60.97 
 
 
393 aa  481  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129382  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2124  hypothetical protein  60.05 
 
 
391 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.466092  normal  0.0154138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1879  hypothetical protein  58.08 
 
 
395 aa  478  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.453094  normal  0.342483 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1408  hypothetical protein  55.87 
 
 
392 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2685  hypothetical protein  58.48 
 
 
394 aa  479  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1787  hypothetical protein  55.87 
 
 
392 aa  474  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739182  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1307  hypothetical protein  60.76 
 
 
394 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1579  hypothetical protein  55.1 
 
 
392 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2650  hypothetical protein  60.51 
 
 
394 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3906  hypothetical protein  55.1 
 
 
392 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4979  hypothetical protein  61.32 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.042222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0927  hypothetical protein  57.14 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.045473  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1169  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0850  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.207331  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0858  hypothetical protein  55.01 
 
 
407 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3559  hypothetical protein  57.79 
 
 
395 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.306765  normal  0.452046 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1015  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2882  hypothetical protein  57.54 
 
 
395 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.633184  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1177  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1937  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0236151  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0298  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1330  hypothetical protein  59.18 
 
 
798 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0336152  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1383  VWA containing CoxE family protein  62.09 
 
 
392 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521939  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2102  hypothetical protein  59.18 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.371072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1659  hypothetical protein  57.29 
 
 
395 aa  468  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0964  hypothetical protein  58.93 
 
 
391 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0815038  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4465  hypothetical protein  60.81 
 
 
391 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.795551  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6064  hypothetical protein  62.09 
 
 
391 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.19586 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0996  hypothetical protein  57.14 
 
 
391 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397652  normal  0.859472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1219  hypothetical protein  54.3 
 
 
405 aa  464  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.698827  normal  0.90387 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3316  hypothetical protein  58.67 
 
 
391 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2057  hypothetical protein  55.36 
 
 
390 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4929  hypothetical protein  60.81 
 
 
391 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6601  hypothetical protein  62.34 
 
 
391 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.458102  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2356  VWA containing CoxE family protein  58.93 
 
 
391 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1945  hypothetical protein  61.07 
 
 
391 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0540863 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5675  hypothetical protein  58.93 
 
 
391 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0944  VWA containing CoxE family protein  58.42 
 
 
391 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.248331  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2252  hypothetical protein  58.67 
 
 
391 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523205  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0984  hypothetical protein  56.63 
 
 
391 aa  461  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.0959108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1721  VWA containing CoxE-like  58.93 
 
 
391 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0167307  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1230  VWA containing CoxE family protein  58.42 
 
 
391 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.853007 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2372  hypothetical protein  58.93 
 
 
391 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2333  VWA containing CoxE family protein  58.93 
 
 
391 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0862  hypothetical protein  56.63 
 
 
391 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0358737  normal  0.649536 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3988  VWA containing CoxE family protein  57.43 
 
 
393 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.390438 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1642  hypothetical protein  56.89 
 
 
392 aa  461  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.142921  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1591  hypothetical protein  55.17 
 
 
403 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.66492  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1021  hypothetical protein  57.65 
 
 
391 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1187  hypothetical protein  58.23 
 
 
394 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.928492 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4469  hypothetical protein  54.39 
 
 
395 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.209689  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1511  hypothetical protein  58.42 
 
 
391 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3954  hypothetical protein  56.53 
 
 
395 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2359  hypothetical protein  55.28 
 
 
395 aa  438  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.588957  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1091  hypothetical protein  56.82 
 
 
393 aa  435  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.613907  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0516  hypothetical protein  58.99 
 
 
391 aa  437  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2093  hypothetical protein  55.36 
 
 
393 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0341328  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1983  hypothetical protein  54.68 
 
 
391 aa  436  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3160  hypothetical protein  55.92 
 
 
393 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0905  hypothetical protein  54.08 
 
 
391 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.687363  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0803  hypothetical protein  48.41 
 
 
407 aa  395  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0810  hypothetical protein  48.66 
 
 
407 aa  395  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.487209  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1718  hypothetical protein  48.08 
 
 
414 aa  389  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0616459  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2133  hypothetical protein  42.93 
 
 
402 aa  286  2.9999999999999996e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000802256  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0107  hypothetical protein  43.04 
 
 
390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.183182  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5019  VWA containing CoxE family protein  41.06 
 
 
400 aa  267  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.232102  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3607  hypothetical protein  39.75 
 
 
396 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0048  hypothetical protein  35.37 
 
 
403 aa  248  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2235  VWA containing CoxE family protein  37.47 
 
 
396 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0438  hypothetical protein  35.34 
 
 
396 aa  219  7.999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1614  hypothetical protein  36.32 
 
 
400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1429  hypothetical protein  23.74 
 
 
386 aa  68.2  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2766  hypothetical protein  19.65 
 
 
411 aa  66.2  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114767  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2506  VWA containing CoxE family protein  21.81 
 
 
390 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3718  hypothetical protein  22.22 
 
 
354 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.625161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7759  VWA containing CoxE family protein  21.79 
 
 
456 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1230  VWA containing CoxE-like  24.39 
 
 
482 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.717442  normal  0.497135 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>