More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1353 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2932  iron-containing alcohol dehydrogenase  98.45 
 
 
387 aa  782    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1353  iron-containing alcohol dehydrogenase  100 
 
 
387 aa  792    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.959336  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1046  Iron-containing alcohol dehydrogenase  83.46 
 
 
387 aa  671    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0545646  hitchhiker  0.000000369007 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2420  iron-containing alcohol dehydrogenase  86.56 
 
 
387 aa  694    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0554  iron-containing alcohol dehydrogenase  80.36 
 
 
387 aa  640    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0887  iron-containing alcohol dehydrogenase  79.33 
 
 
387 aa  635    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000472566  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1196  iron-containing alcohol dehydrogenase  78.29 
 
 
387 aa  638    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2962  iron-containing alcohol dehydrogenase  73.13 
 
 
387 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.656985  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0255  alcohol dehydrogenase, class IV  74.81 
 
 
390 aa  579  1e-164  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1594  alcohol dehydrogenase, class IV  73.51 
 
 
390 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0251  alcohol dehydrogenase, class IV  72.73 
 
 
390 aa  570  1e-161  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2277  iron-containing alcohol dehydrogenase  69.33 
 
 
388 aa  567  1e-161  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2847  alcohol dehydrogenase, class IV  67.88 
 
 
388 aa  553  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0514  iron-containing alcohol dehydrogenase  66.15 
 
 
387 aa  543  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0174269  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2335  alcohol dehydrogenase, iron-containing  68.83 
 
 
637 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.359123  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2237  EutG protein  68.93 
 
 
490 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.113437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2042  EutG protein  68.93 
 
 
415 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17622  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2097  EutG protein  68.93 
 
 
415 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0199  iron-containing alcohol dehydrogenase  64.38 
 
 
393 aa  528  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0321  iron-containing alcohol dehydrogenase  64.38 
 
 
393 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.529761 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3523  alcohol dehydrogenase, iron-containing  62.85 
 
 
393 aa  512  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3326  iron-containing alcohol dehydrogenase  62.6 
 
 
393 aa  509  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.744277  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0825  iron-containing alcohol dehydrogenase  63.1 
 
 
393 aa  510  1e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.313783  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2001  iron-containing alcohol dehydrogenase  60.47 
 
 
387 aa  487  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1788  alcohol dehydrogenase 2  61.11 
 
 
381 aa  483  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2848  alcohol dehydrogenase, class IV  58.4 
 
 
389 aa  478  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001472  alcohol dehydrogenase  59.58 
 
 
382 aa  478  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1943  iron-containing alcohol dehydrogenase  61.68 
 
 
399 aa  477  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05412  alcohol dehydrogenase  60.63 
 
 
382 aa  477  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07980  Iron-containing alcohol dehydrogenase  59.52 
 
 
382 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.421647  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0451  alcohol dehydrogenase, iron-containing  59.32 
 
 
382 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0442  alcohol dehydrogenase 2  59.32 
 
 
382 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.156258  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2455  alcohol dehydrogenase II  60.32 
 
 
382 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4285  alcohol dehydrogenase II  57.94 
 
 
382 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3987  Iron-containing alcohol dehydrogenase  58.47 
 
 
382 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1244  iron-containing alcohol dehydrogenase  58.73 
 
 
382 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3225  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.84 
 
 
382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.470368  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2798  iron-containing alcohol dehydrogenase  58.73 
 
 
382 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2865  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
402 aa  448  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.452469  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2578  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.88 
 
 
382 aa  448  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1481  iron-containing alcohol dehydrogenase  58.73 
 
 
382 aa  450  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1180  1,3-propanediol dehydrogenase  57.55 
 
 
385 aa  450  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.440796  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1011  1,3-propanediol dehydrogenase  57.29 
 
 
385 aa  448  1e-125  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000128902  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3881  putative alcohol dehydrogenase  56.35 
 
 
383 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.656284  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1857  iron-containing alcohol dehydrogenase  58.2 
 
 
382 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.263837  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2938  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.67 
 
 
382 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1152  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
382 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.305094  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1312  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
382 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0119  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.08 
 
 
383 aa  441  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1359  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
382 aa  443  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.759734  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1776  iron-containing alcohol dehydrogenase  58.2 
 
 
383 aa  444  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1490  alcohol dehydrogenase II  57.94 
 
 
382 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3917  putative alcohol dehydrogenase  56.35 
 
 
383 aa  442  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1935  iron-containing alcohol dehydrogenase  54.9 
 
 
389 aa  441  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1311  Iron-containing alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
382 aa  441  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1965  iron-containing alcohol dehydrogenase  58.13 
 
 
383 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3038  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.14 
 
 
382 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0219975  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1258  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.94 
 
 
382 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2762  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.67 
 
 
382 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2840  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.67 
 
 
382 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0142  putative alcohol dehydrogenase  56.35 
 
 
383 aa  441  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.555201  normal  0.893326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1166  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.41 
 
 
382 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.134341 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03444  predicted Fe-containing alcohol dehydrogenase  56.08 
 
 
383 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03395  hypothetical protein  56.08 
 
 
383 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0124  putative alcohol dehydrogenase  56.08 
 
 
383 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3794  putative alcohol dehydrogenase  56.08 
 
 
383 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1348  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.88 
 
 
382 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4004  putative alcohol dehydrogenase  55.82 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4087  putative alcohol dehydrogenase  56.08 
 
 
383 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4960  putative alcohol dehydrogenase  56.08 
 
 
383 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1321  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.88 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  55.82 
 
 
384 aa  434  1e-121  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0930  Iron-containing alcohol dehydrogenase  56.76 
 
 
383 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3658  iron-containing alcohol dehydrogenase  55.82 
 
 
383 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1398  iron-containing alcohol dehydrogenase  57.03 
 
 
383 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4231  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.73 
 
 
383 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.995734  hitchhiker  0.000246581 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0164  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.73 
 
 
383 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2510  1,3-propanediol dehydrogenase  55.12 
 
 
383 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.4448e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4160  iron-containing alcohol dehydrogenase  54.52 
 
 
383 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3439  iron-containing alcohol dehydrogenase  55.94 
 
 
383 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.928685  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0030  iron-containing alcohol dehydrogenase  50.13 
 
 
390 aa  394  1e-108  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000706289  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1071  iron-containing alcohol dehydrogenase  56.98 
 
 
358 aa  385  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1336  1,3-propanediol dehydrogenase  48.96 
 
 
390 aa  384  1e-105  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1851  iron-containing alcohol dehydrogenase  48.53 
 
 
383 aa  377  1e-103  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1986  iron-containing alcohol dehydrogenase  44.71 
 
 
382 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2234  iron-containing alcohol dehydrogenase  44.44 
 
 
382 aa  332  5e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.10038 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4074  lactaldehyde reductase  44.88 
 
 
382 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1053  Iron-containing alcohol dehydrogenase  42.86 
 
 
382 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489581 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2389  iron-containing alcohol dehydrogenase  43.65 
 
 
382 aa  311  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00204044  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2961  iron-containing alcohol dehydrogenase  41.53 
 
 
388 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.813406  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3848  lactaldehyde reductase  42.71 
 
 
382 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0746  lactaldehyde reductase  42.71 
 
 
382 aa  304  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0727941 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4439  lactaldehyde reductase  45.41 
 
 
382 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4258  lactaldehyde reductase  45.41 
 
 
382 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4373  lactaldehyde reductase  45.41 
 
 
382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3758  lactaldehyde reductase  42.45 
 
 
382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4287  lactaldehyde reductase  45.41 
 
 
382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0767  iron-containing alcohol dehydrogenase  39.68 
 
 
406 aa  302  5.000000000000001e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4327  lactaldehyde reductase  45.41 
 
 
382 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.238519 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2726  iron-containing alcohol dehydrogenase  40.43 
 
 
385 aa  301  1e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>