More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1337 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  98.08 
 
 
678 aa  1368    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  76.4 
 
 
678 aa  1092    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  58.05 
 
 
678 aa  798    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  71.51 
 
 
678 aa  991    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  59.55 
 
 
672 aa  844    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  100 
 
 
678 aa  1392    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  56.76 
 
 
665 aa  772    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  47.37 
 
 
715 aa  562  1.0000000000000001e-159  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.13 
 
 
671 aa  565  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  45.21 
 
 
666 aa  561  1e-158  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.26 
 
 
729 aa  551  1e-155  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.39 
 
 
725 aa  547  1e-154  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  43.7 
 
 
671 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.16 
 
 
737 aa  547  1e-154  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.09 
 
 
732 aa  547  1e-154  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.81 
 
 
730 aa  547  1e-154  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.81 
 
 
730 aa  547  1e-154  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  45.75 
 
 
682 aa  548  1e-154  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  43.7 
 
 
671 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  44.99 
 
 
739 aa  545  1e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.41 
 
 
729 aa  544  1e-153  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.57 
 
 
742 aa  545  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.63 
 
 
785 aa  545  1e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.48 
 
 
730 aa  545  1e-153  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.36 
 
 
741 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.88 
 
 
755 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  45.99 
 
 
757 aa  537  1e-151  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.07 
 
 
671 aa  537  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.2 
 
 
747 aa  532  1e-150  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.22 
 
 
747 aa  535  1e-150  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  44.51 
 
 
744 aa  533  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.65 
 
 
753 aa  534  1e-150  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  42.29 
 
 
688 aa  532  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.29 
 
 
753 aa  533  1e-150  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.53 
 
 
831 aa  530  1e-149  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.05 
 
 
751 aa  530  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  44.2 
 
 
753 aa  532  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  44.2 
 
 
751 aa  531  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.05 
 
 
747 aa  530  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.2 
 
 
751 aa  532  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.2 
 
 
751 aa  531  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  43.98 
 
 
736 aa  529  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  47.7 
 
 
694 aa  526  1e-148  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.56 
 
 
741 aa  527  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.87 
 
 
858 aa  523  1e-147  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.95 
 
 
718 aa  521  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  44.71 
 
 
807 aa  519  1e-146  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.2 
 
 
766 aa  518  1.0000000000000001e-145  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  42.7 
 
 
768 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.78 
 
 
757 aa  513  1e-144  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  42.04 
 
 
707 aa  514  1e-144  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.36 
 
 
857 aa  511  1e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.9 
 
 
833 aa  511  1e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.31 
 
 
711 aa  509  1e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.04 
 
 
756 aa  506  9.999999999999999e-143  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  42.81 
 
 
900 aa  508  9.999999999999999e-143  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.32 
 
 
751 aa  506  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.38 
 
 
751 aa  506  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.53 
 
 
748 aa  506  9.999999999999999e-143  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.64 
 
 
786 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.81 
 
 
806 aa  504  1e-141  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.74 
 
 
672 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.77 
 
 
896 aa  503  1e-141  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.42 
 
 
1023 aa  503  1e-141  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  43.66 
 
 
762 aa  503  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.92 
 
 
754 aa  499  1e-140  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  41.84 
 
 
762 aa  501  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.84 
 
 
838 aa  501  1e-140  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.21 
 
 
795 aa  500  1e-140  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.23 
 
 
851 aa  502  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  43.89 
 
 
731 aa  496  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  42.36 
 
 
773 aa  496  1e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  43 
 
 
662 aa  496  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.1 
 
 
662 aa  495  1e-139  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.53 
 
 
665 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.11 
 
 
768 aa  498  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  41.98 
 
 
677 aa  497  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.39 
 
 
772 aa  496  1e-139  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.79 
 
 
682 aa  495  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.64 
 
 
794 aa  497  1e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  43 
 
 
662 aa  496  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.6 
 
 
830 aa  496  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.22 
 
 
759 aa  495  9.999999999999999e-139  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  44.26 
 
 
732 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.65 
 
 
669 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.38 
 
 
665 aa  493  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  40.74 
 
 
668 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  44.04 
 
 
705 aa  495  9.999999999999999e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.37 
 
 
765 aa  494  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.46 
 
 
829 aa  493  9.999999999999999e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  42.11 
 
 
724 aa  493  9.999999999999999e-139  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  41.9 
 
 
751 aa  489  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  40.84 
 
 
685 aa  490  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  41.34 
 
 
669 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.09 
 
 
849 aa  491  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  41.45 
 
 
749 aa  492  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.51 
 
 
758 aa  489  1e-137  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.77 
 
 
669 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.77 
 
 
858 aa  488  1e-136  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.79 
 
 
837 aa  487  1e-136  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>