More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1315 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1315  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
202 aa  412  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00367963  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2968  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  99.5 
 
 
202 aa  411  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000158338 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1910  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  80.1 
 
 
202 aa  345  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0108242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1595  translation factor SUA5  77.72 
 
 
203 aa  339  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000829536  normal  0.144642 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1596  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  76.62 
 
 
203 aa  333  7.999999999999999e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1843  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  73 
 
 
203 aa  314  6e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1789  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  67.66 
 
 
202 aa  296  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1564  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.5 
 
 
204 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.034899999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2120  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60 
 
 
204 aa  257  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781433  hitchhiker  0.000757724 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1888  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.49 
 
 
202 aa  238  5e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2116  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.53 
 
 
235 aa  218  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.839718  normal  0.0783676 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.52 
 
 
207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2168  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.52 
 
 
207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.426518  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1688  translation factor SUA5  51.01 
 
 
231 aa  211  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.185545  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0717  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.27 
 
 
205 aa  192  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.766931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2017  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.5 
 
 
205 aa  191  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0720523  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1488  translation factor SUA5  43.94 
 
 
209 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525499  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1839  translation factor SUA5  42.35 
 
 
206 aa  190  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.287256  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1728  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.33 
 
 
204 aa  188  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.856761  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5017  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.28 
 
 
208 aa  187  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204159  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15650  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.67 
 
 
209 aa  185  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.319022  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3395  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.44 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000157314  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3788  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42 
 
 
221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42 
 
 
222 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.225419  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2527  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.42 
 
 
207 aa  182  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0651  translation factor SUA5  43.63 
 
 
218 aa  182  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.585338  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0719  translation factor SUA5  44.55 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4499  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.92 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.255855  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1413  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.92 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0463136  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1929  hypothetical protein  42.64 
 
 
206 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.837202  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0585  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.4 
 
 
208 aa  179  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2040  hypothetical protein  42.64 
 
 
206 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.698074  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2642  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.11 
 
 
206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.210491  normal  0.0597402 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2469  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.31 
 
 
206 aa  177  7e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0137096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4005  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.91 
 
 
221 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000384019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22830  SUA5/yciO/yrdC family:Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.92 
 
 
209 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1927  hypothetical protein  41.92 
 
 
209 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2665  hypothetical protein  41.92 
 
 
206 aa  174  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1101  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  39.7 
 
 
207 aa  174  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1598  hypothetical protein  40.91 
 
 
206 aa  172  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1065  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.4 
 
 
215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0149272  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5978  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.1 
 
 
210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14868  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2117  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.1 
 
 
210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315918 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2099  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.1 
 
 
210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1614  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.18 
 
 
206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.641708  normal  0.199609 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1719  hypothetical protein  40.5 
 
 
207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0708  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  42.5 
 
 
206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.711996  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1398  hypothetical protein  40.4 
 
 
206 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5405  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  39.59 
 
 
210 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3232  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.09 
 
 
205 aa  171  9e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.049079  normal  0.0745237 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1876  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.51 
 
 
209 aa  170  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1581  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family translation factor  40.7 
 
 
211 aa  170  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.132885  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2170  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.62 
 
 
206 aa  170  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.687264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02286  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.5 
 
 
206 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271298  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1230  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.2 
 
 
207 aa  169  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000496118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.1 
 
 
210 aa  169  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.939017  hitchhiker  0.000000660923 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0903  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.41 
 
 
206 aa  170  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2693  translation factor SUA5  39.42 
 
 
219 aa  168  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20060  translation factor SUA5  37.56 
 
 
202 aa  168  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.507285  hitchhiker  0.00225661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2310  hypothetical protein  40.61 
 
 
206 aa  168  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.498665  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0976  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.3 
 
 
204 aa  168  6e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1038  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.3 
 
 
204 aa  168  6e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003091  YrdC family protein  40.5 
 
 
206 aa  168  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0373896  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1475  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.49 
 
 
217 aa  167  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0149816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1426  hypothetical protein  41.62 
 
 
206 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.400287  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0511  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  38.58 
 
 
205 aa  167  9e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.932057  normal  0.0100809 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0742  translation factor SUA5  41.12 
 
 
207 aa  167  9e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102429  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1847  hypothetical protein  41.62 
 
 
206 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.10405  hitchhiker  0.000163651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1910  hypothetical protein  41.62 
 
 
206 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  hitchhiker  0.000000000000422037 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1852  hypothetical protein  41.62 
 
 
206 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.242218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3021  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.59 
 
 
206 aa  167  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.539873  normal  0.0225274 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1608  hypothetical protein  41.62 
 
 
206 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000536358 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1076  translation factor SUA5  40.49 
 
 
208 aa  167  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.218334 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2416  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.69 
 
 
217 aa  166  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2009  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.58 
 
 
210 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.254165  hitchhiker  0.000210728 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2202  hypothetical protein  42.35 
 
 
206 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000263235 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2827  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.62 
 
 
206 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2136  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.58 
 
 
210 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2127  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.45 
 
 
206 aa  166  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1062  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39 
 
 
206 aa  166  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0799  hypothetical protein  41.03 
 
 
206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1431  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.69 
 
 
230 aa  165  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.928431 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2383  putative translation factor, Sua5/YciO/YrdC/YwlC  39.2 
 
 
209 aa  165  4e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3695  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.2 
 
 
217 aa  165  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.641158  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1527  putative translation factor Sua5  38.61 
 
 
207 aa  165  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0764912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2552  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.2 
 
 
211 aa  165  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000159631  normal  0.146641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3520  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.9 
 
 
206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1899  hypothetical protein  41.33 
 
 
218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000179513 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2009  hypothetical protein  39.59 
 
 
206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1866  hypothetical protein  41.33 
 
 
218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000433853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1079  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.89 
 
 
207 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0136774  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01241  hypothetical protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2382  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00338683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2361  hypothetical protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01251  hypothetical protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1376  hypothetical protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1466  hypothetical protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.748024  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1491  hypothetical protein  41.33 
 
 
206 aa  164  9e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1787  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.19 
 
 
211 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.5 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.372044  normal  0.0825487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>