More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1163 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 444 aa  918    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  84.01 
 
 		 444 aa  780    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  83.78 
 
 		 445 aa  783    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  40.71 
 
 		 448 aa  350  3e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  40.32 
 
 		 450 aa  323  4e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 		 446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  34.65 
 
 		 444 aa  186  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  30.64 
 
 		 428 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  34.75 
 
 		 433 aa  182  9.000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 		 486 aa  179  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  31.44 
 
 		 449 aa  178  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 471 aa  176  9e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 471 aa  176  9e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  33.06 
 
 		 430 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  34.44 
 
 		 429 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  29.31 
 
 		 441 aa  168  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 		 477 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  31.08 
 
 		 428 aa  166  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  29.74 
 
 		 434 aa  165  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 		 444 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 		 426 aa  163  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 439 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  31.07 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  28.37 
 
 		 477 aa  160  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.67 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  31.13 
 
 		 459 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  31.22 
 
 		 433 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.47 
 
 		 441 aa  146  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.36 
 
 		 471 aa  146  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 		 441 aa  144  3e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.76 
 
 		 472 aa  141  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  28.36 
 
 		 448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27.78 
 
 		 490 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.46 
 
 		 479 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  31.66 
 
 		 476 aa  134  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 		 468 aa  133  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.51 
 
 		 478 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.07 
 
 		 471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.88 
 
 		 461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.17 
 
 		 468 aa  127  4.0000000000000003e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 467 aa  126  6e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  29.73 
 
 		 473 aa  125  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  27.36 
 
 		 475 aa  125  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  24.8 
 
 		 469 aa  124  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  24.33 
 
 		 469 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 		 465 aa  123  6e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 474 aa  123  7e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 		 467 aa  123  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 		 451 aa  123  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.01 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25 
 
 		 462 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  30.95 
 
 		 472 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  25.27 
 
 		 468 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.86 
 
 		 465 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 		 462 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.33 
 
 		 471 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 469 aa  118  3e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 468 aa  118  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.25 
 
 		 461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 480 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  28.57 
 
 		 591 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 445 aa  111  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 468 aa  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  28.35 
 
 		 477 aa  110  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 		 422 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 471 aa  106  7e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 		 470 aa  106  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  24.33 
 
 		 462 aa  99.4  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.4 
 
 		 609 aa  97.1  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  24.03 
 
 		 495 aa  95.9  1e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 533 aa  94.4  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 		 609 aa  93.6  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 527 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.69 
 
 		 612 aa  89.4  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 		 608 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 529 aa  88.2  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.78 
 
 		 521 aa  87.4  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.78 
 
 		 608 aa  87.4  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  23.72 
 
 		 470 aa  86.3  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 		 600 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  23.75 
 
 		 509 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 		 476 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 		 512 aa  82.4  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0931  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.297129  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.45 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 603 aa  79.7  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  22.37 
 
 		 500 aa  79.7  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0523  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 		 371 aa  79  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  24.3 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.8 
 
 		 488 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0750  Radical SAM domain protein  24.5 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  27.8 
 
 		 517 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  23.7 
 
 		 504 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.65 
 
 		 503 aa  76.3  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 487 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.04 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  21.82 
 
 		 520 aa  75.1  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  26.87 
 
 		 452 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>