More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1065 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3196  oxidoreductase domain protein  97.07 
 
 
341 aa  687    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1065  oxidoreductase domain protein  100 
 
 
341 aa  702    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2762  oxidoreductase domain protein  66.76 
 
 
328 aa  474  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2876  oxidoreductase domain-containing protein  64.12 
 
 
337 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0974  oxidoreductase domain-containing protein  62.06 
 
 
333 aa  457  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.104378  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5773  oxidoreductase domain protein  51.61 
 
 
345 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6223  oxidoreductase domain protein  50.58 
 
 
345 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.323534  normal  0.274066 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1397  oxidoreductase domain-containing protein  52.35 
 
 
352 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6419  oxidoreductase domain protein  50.29 
 
 
345 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.477739  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4805  oxidoreductase domain-containing protein  50.73 
 
 
341 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.468504  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4613  oxidoreductase domain-containing protein  51.76 
 
 
342 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.500705  normal  0.21491 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3041  oxidoreductase-like  48.68 
 
 
350 aa  367  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3688  oxidoreductase domain-containing protein  45.88 
 
 
339 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.6673  normal  0.245686 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2814  oxidoreductase domain protein  45.21 
 
 
363 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2701  oxidoreductase domain protein  41.89 
 
 
347 aa  286  5e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4060  oxidoreductase domain-containing protein  41.89 
 
 
370 aa  286  5e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8501  oxidoreductase domain protein  41.98 
 
 
358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1079  oxidoreductase  42.47 
 
 
340 aa  282  6.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00272705  normal  0.0148491 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1937  oxidoreductase domain-containing protein  42.4 
 
 
387 aa  280  4e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3896  oxidoreductase domain protein  41.96 
 
 
371 aa  272  5.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1731  oxidoreductase domain protein  41.33 
 
 
364 aa  271  2e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0307  oxidoreductase domain protein  34.71 
 
 
351 aa  215  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1986  oxidoreductase domain protein  32.84 
 
 
344 aa  189  8e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00630154 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4431  oxidoreductase domain-containing protein  32.35 
 
 
334 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.326281 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0576  oxidoreductase domain protein  32.1 
 
 
315 aa  187  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1139  oxidoreductase domain protein  30.36 
 
 
317 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0785  oxidoreductase domain-containing protein  32.05 
 
 
345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.808497 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2215  oxidoreductase-like  31.5 
 
 
344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.157266 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0798  semialdehyde dehydrogenase, NAD - binding  27.53 
 
 
375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.577459 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1611  oxidoreductase-like protein  30.29 
 
 
335 aa  163  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0893  NAD-dependent oxidoreductase  31.8 
 
 
517 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1122  hexapeptide repeat-containing transferase  32.11 
 
 
517 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1531  oxidoreductase domain protein  26.46 
 
 
343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1558  oxidoreductase domain protein  26.46 
 
 
343 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0106929  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3200  oxidoreductase domain-containing protein  27.98 
 
 
353 aa  154  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1859  oxidoreductase domain-containing protein  29.61 
 
 
326 aa  151  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1024  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  28.65 
 
 
317 aa  150  4e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401721  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2218  oxidoreductase-like  32.21 
 
 
330 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404661  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1545  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  30.93 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.547484  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1602  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  31.02 
 
 
318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1564  oxidoreductase domain-containing protein  31.12 
 
 
318 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0831  oxidoreductase domain protein  30.98 
 
 
344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0204  oxidoreductase domain-containing protein  29.79 
 
 
311 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1135  oxidoreductase domain-containing protein  28.65 
 
 
361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022586  normal  0.596478 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3975  oxidoreductase domain-containing protein  31.65 
 
 
361 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000585399  hitchhiker  0.00367656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2339  oxidoreductase domain-containing protein  27.03 
 
 
344 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2030  oxidoreductase-like protein  28.44 
 
 
310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1076  oxidoreductase  29.46 
 
 
345 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.467688 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1138  myo-inositol 2-dehydrogenase  27.38 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0947  oxidoreductase domain protein  28.87 
 
 
319 aa  113  5e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1494  oxidoreductase domain-containing protein  25.77 
 
 
329 aa  112  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00340546 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0247  oxidoreductase domain-containing protein  30.18 
 
 
311 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0122  oxidoreductase-like protein  30.93 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1304  oxidoreductase-like  28.57 
 
 
346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2352  oxidoreductase-like  28.02 
 
 
310 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0826  oxidoreductase domain protein  28.22 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1326  hypothetical protein  27.93 
 
 
320 aa  109  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1323  hypothetical protein  27.93 
 
 
320 aa  109  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1608  oxidoreductase-like  27.83 
 
 
332 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5181  oxidoreductase domain protein  28.05 
 
 
327 aa  109  7.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4502  oxidoreductase domain protein  26.97 
 
 
331 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21020  predicted dehydrogenase  27.46 
 
 
332 aa  108  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2263  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  29.53 
 
 
310 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1619  oxidoreductase-like  27.58 
 
 
332 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2596  oxidoreductase  25.3 
 
 
353 aa  106  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.724229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0765  oxidoreductase domain protein  31.7 
 
 
314 aa  106  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.209696  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3750  hypothetical protein  26.43 
 
 
649 aa  106  7e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.162114  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0398  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  28.92 
 
 
319 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5494  oxidoreductase domain protein  28.84 
 
 
345 aa  104  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0040  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.27 
 
 
346 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1755  oxidoreductase  26.14 
 
 
313 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00757398  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0403  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.35 
 
 
428 aa  103  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0346  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.35 
 
 
329 aa  102  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.75359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1256  dehydrogenase  26.61 
 
 
316 aa  102  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00213509  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1214  oxidoreductase domain protein  26.92 
 
 
344 aa  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0275  putative oxidoreductase  25.87 
 
 
334 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1881  putative oxidoreductase  29.36 
 
 
349 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1995  putative oxidoreductase  29.36 
 
 
349 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2265  putative oxidoreductase  29.36 
 
 
349 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02951  putative oxidoreductase  25.87 
 
 
334 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0993  oxidoreductase domain protein  26.69 
 
 
344 aa  100  4e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0446  oxidoreductase domain protein  27.73 
 
 
364 aa  100  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2838  oxidoreductase domain-containing protein  27.3 
 
 
318 aa  100  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3447  oxidoreductase domain-containing protein  28.71 
 
 
321 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3022  oxidoreductase domain-containing protein  27.43 
 
 
322 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5202  oxidoreductase domain protein  27.73 
 
 
355 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1572  putative oxidoreductase  32.49 
 
 
346 aa  99.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.45929  normal  0.305998 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0316  oxidoreductase domain-containing protein  28.99 
 
 
312 aa  99.8  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233564  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03887  YvaA  29.02 
 
 
346 aa  99  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4729  oxidoreductase domain protein  26.49 
 
 
385 aa  99  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.589222  hitchhiker  0.00784744 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7629  oxidoreductase domain protein  28.24 
 
 
338 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733324  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2258  putative glucose-fructose oxidoreductase protein  24.73 
 
 
388 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00555466  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1531  oxidoreductase domain protein  28.2 
 
 
326 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1263  oxidoreductase domain protein  25.21 
 
 
348 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.616753  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2249  putative oxidoreductase  30.46 
 
 
346 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217263 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4211  oxidoreductase domain-containing protein  30.56 
 
 
337 aa  97.8  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02961  putative oxidoreductase  25.58 
 
 
334 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1712  putative oxidoreductase  31.98 
 
 
346 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.418168  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1632  putative oxidoreductase  31.98 
 
 
346 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.418537  normal  0.373499 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01200  predicted dehydrogenase  25.99 
 
 
337 aa  97.4  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>