More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1036 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  610  1e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  97.32 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  65.86 
 
 		 307 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  68.28 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 305 aa  372  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 		 304 aa  315  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 295 aa  298  5e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  45.26 
 
 		 290 aa  278  9e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  44.91 
 
 		 289 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  43.16 
 
 		 289 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  41.75 
 
 		 294 aa  259  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 289 aa  256  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 293 aa  236  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 293 aa  235  6e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 293 aa  235  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.63 
 
 		 294 aa  232  6e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 289 aa  225  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 296 aa  225  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 293 aa  222  6e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.6 
 
 		 293 aa  218  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 316 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  33.43 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 319 aa  159  7e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 294 aa  159  8e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 317 aa  158  8e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  155  6e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.81 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.63 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 298 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 293 aa  151  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.82 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.82 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  28.82 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.38 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.38 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.4 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 300 aa  148  9e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.69 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>