More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0983 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 264 aa  527  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  98.11 
 
 		 264 aa  519  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.56 
 
 		 256 aa  402  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  63.12 
 
 		 263 aa  353  2e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  50.21 
 
 		 277 aa  238  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  48.67 
 
 		 262 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  46.43 
 
 		 265 aa  211  7.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  45.78 
 
 		 295 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  45.78 
 
 		 266 aa  209  5e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 		 255 aa  206  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  45.78 
 
 		 268 aa  205  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  41.7 
 
 		 284 aa  204  8e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 267 aa  202  5e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  41.24 
 
 		 274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  39.92 
 
 		 266 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  41.18 
 
 		 275 aa  193  3e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  37.21 
 
 		 266 aa  189  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  36.05 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  36.05 
 
 		 285 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  36.05 
 
 		 266 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  35.91 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  36.05 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  35.91 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  35.91 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 257 aa  185  6e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 257 aa  185  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  35.14 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  35.66 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  35.66 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  35.14 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  35.27 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  36.33 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  38.82 
 
 		 286 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  36.33 
 
 		 266 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  36.33 
 
 		 266 aa  176  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  36.33 
 
 		 266 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.93 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  37.11 
 
 		 264 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  37.04 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  37.45 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  35.61 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  37.04 
 
 		 264 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  35.38 
 
 		 268 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  35.86 
 
 		 265 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.77 
 
 		 262 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  34.11 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  40.48 
 
 		 257 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.61 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 260 aa  164  9e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  37.13 
 
 		 266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  39.91 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.07 
 
 		 276 aa  162  7e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  35.82 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.08 
 
 		 264 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.26 
 
 		 267 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.27 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.09 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  36.47 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.43 
 
 		 266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 250 aa  154  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 		 266 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 264 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.22 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  34.85 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 		 266 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  38.63 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.89 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.46 
 
 		 264 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  33.46 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.07 
 
 		 264 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.07 
 
 		 264 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.68 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.68 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  32.68 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  32.68 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>