234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0980 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3280  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 74 aa  154  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0980  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 74 aa  154  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000000997875  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1772  RNA chaperone Hfq  86.49 
 
 		 74 aa  138  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000203944  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2051  host factor Hfq  83.78 
 
 		 74 aa  135  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.5698699999999994e-20  hitchhiker  0.000000013657 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1999  hfq protein  85.14 
 
 		 74 aa  134  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000129035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0991  RNA chaperone Hfq  79.73 
 
 		 76 aa  128  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000748773  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2964  RNA chaperone Hfq  75.68 
 
 		 74 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000866292  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1306  uncharacterized host factor I protein  73.97 
 
 		 77 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.97567e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 		 75 aa  71.6  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  70.1  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  51.56 
 
 		 84 aa  69.3  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  45.71 
 
 		 86 aa  67.4  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  42.86 
 
 		 80 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  44.29 
 
 		 80 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  44.62 
 
 		 83 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  45.71 
 
 		 85 aa  65.9  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  52.31 
 
 		 92 aa  65.9  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  45.31 
 
 		 83 aa  65.1  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  51.56 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  44.29 
 
 		 80 aa  63.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  39.19 
 
 		 82 aa  62  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  47.69 
 
 		 82 aa  62  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  45.16 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4341  host factor Hfq  46.55 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  46.88 
 
 		 88 aa  60.1  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  43.08 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  43.08 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 86 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  48.21 
 
 		 89 aa  59.3  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 84 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  44.12 
 
 		 83 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  44.44 
 
 		 90 aa  57.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  47.69 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  45 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  45 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  45 
 
 		 86 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 86 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1105  RNA-binding protein Hfq  41.27 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 85 aa  57.4  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  42.65 
 
 		 80 aa  57  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  47.37 
 
 		 81 aa  57  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  45.61 
 
 		 86 aa  57  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2013  RNA chaperone Hfq  46.67 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  41.94 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  39.68 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  45.61 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  42.11 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  39.68 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  38.1 
 
 		 82 aa  56.6  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  44.12 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  39.68 
 
 		 87 aa  56.6  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  44.64 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  43.86 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  42.86 
 
 		 93 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  46.55 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  42.19 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  42.11 
 
 		 94 aa  55.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  45.31 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  43.86 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  42.11 
 
 		 89 aa  55.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  45.61 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  42.11 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  45.61 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  39.68 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  43.86 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  41.18 
 
 		 80 aa  55.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  42.11 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  42.11 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  43.86 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  42.11 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  39.68 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  42.11 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>