More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0933 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
211 aa  424  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  98.58 
 
 
211 aa  420  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.32976e-15 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  82.94 
 
 
211 aa  363  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.74639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  74.76 
 
 
210 aa  326  2e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.31463e-05  hitchhiker  3.31617e-13 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  71.43 
 
 
210 aa  315  3e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  71.56 
 
 
211 aa  311  4e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  65.66 
 
 
209 aa  275  3e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  58.85 
 
 
210 aa  245  5e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.81863e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  55.71 
 
 
209 aa  229  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.95061e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  55.02 
 
 
209 aa  229  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  2.31855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  54.55 
 
 
209 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  8.24684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  55.77 
 
 
211 aa  227  8e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.94381e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
209 aa  226  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
213 aa  227  1e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
210 aa  225  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  51.9 
 
 
211 aa  224  6e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.51121e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  53.81 
 
 
210 aa  223  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  48.57 
 
 
210 aa  219  2e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
209 aa  218  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  3.70606e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
209 aa  216  3e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
208 aa  215  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  50.94 
 
 
212 aa  215  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  4.77342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
211 aa  213  2e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.99657e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  52.53 
 
 
217 aa  213  2e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 
212 aa  212  3e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  2.41734e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  50.99 
 
 
213 aa  211  4e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 
209 aa  211  8e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
207 aa  210  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
207 aa  210  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.63563e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 
212 aa  210  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  209  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.17498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  49.76 
 
 
214 aa  209  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  4.79377e-07  decreased coverage  1.16579e-05 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
218 aa  207  8e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  207  8e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.30884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  52.17 
 
 
213 aa  207  9e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
219 aa  206  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 
205 aa  206  2e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  6.60439e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0194  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
210 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000719285  normal  0.0489845 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  49.77 
 
 
212 aa  205  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.33446e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 
209 aa  204  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  46.41 
 
 
210 aa  204  8e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  8.38631e-08  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 
207 aa  203  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  2.09689e-07 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
205 aa  203  1e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  49.28 
 
 
209 aa  204  1e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.70125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
216 aa  203  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  47.76 
 
 
210 aa  202  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
211 aa  202  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
212 aa  201  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 
209 aa  202  4e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.37732e-05  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
205 aa  202  4e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
212 aa  201  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  201  6e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.33554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  49.07 
 
 
220 aa  201  9e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  9.94751e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3012  50S ribosomal protein L3  49.3 
 
 
227 aa  200  1e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913494 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  200  1e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
211 aa  200  1e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  49.28 
 
 
222 aa  200  1e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  51.21 
 
 
217 aa  200  1e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  48.79 
 
 
205 aa  200  1e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.6263e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
211 aa  200  1e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.74535e-10  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  47.06 
 
 
206 aa  200  1e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  4.02835e-07  hitchhiker  3.18342e-09 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  199  2e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
210 aa  199  2e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.19433e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  51.42 
 
 
212 aa  199  2e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.09154e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  199  2e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  49.76 
 
 
209 aa  198  4e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.45621e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  50.46 
 
 
220 aa  199  4e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  2.23614e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
212 aa  198  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  1.67398e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
211 aa  198  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  1.65351e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  51.21 
 
 
216 aa  197  7e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  44.17 
 
 
207 aa  197  7e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.58376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  197  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  2.22247e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  48.53 
 
 
206 aa  197  8e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  47.37 
 
 
210 aa  197  9e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  52.45 
 
 
206 aa  197  1e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  6.08869e-05  hitchhiker  2.69964e-11 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.67077e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  48.08 
 
 
213 aa  197  1e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.86131e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.68091e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  2.46604e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  7.75669e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.28056e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.42867e-10  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  5.51418e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.41135e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.05997e-61 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.63503e-07  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  47.26 
 
 
209 aa  196  2e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  5.62685e-12  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  49.3 
 
 
214 aa  196  2e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.338e-09  unclonable  1.02958e-07 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  195  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.0519e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  195  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.66979e-07  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  46.41 
 
 
210 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.29954e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  195  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  3.09233e-06  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  195  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  195  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.38592e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  195  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.56822e-13  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>