More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0710 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0710  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  100 
 
 		 240 aa  481  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0722  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  95.83 
 
 		 240 aa  436  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.84817e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3986  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  47.03 
 
 		 236 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.694656  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0877  response regulator  44.64 
 
 		 248 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200847  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3220  response regulator receiver domain-containing protein  41.88 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.975965  hitchhiker  0.00188513 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0926  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  45.78 
 
 		 233 aa  190  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.76006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1407  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  41.23 
 
 		 237 aa  182  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000138709 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2803  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  40.85 
 
 		 237 aa  181  7e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0586673  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3263  response regulator  37.07 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0075  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  37 
 
 		 227 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.124346  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0058  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  37 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000220235 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1964  response regulator CheY  30.4 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0118313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 846 aa  97.1  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0606  response regulator receiver domain-containing protein  43.12 
 
 		 123 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 454 aa  94.7  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0640  response regulator receiver protein  43.12 
 
 		 123 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  36.69 
 
 		 457 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0631  response regulator receiver protein  43.12 
 
 		 123 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  34.78 
 
 		 457 aa  92.4  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  40.95 
 
 		 460 aa  91.3  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 349 aa  91.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  35.15 
 
 		 466 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  35.12 
 
 		 457 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  35.87 
 
 		 457 aa  89.4  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1242  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 138 aa  89.4  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.390656 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  33.33 
 
 		 457 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  33.33 
 
 		 457 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0040  response regulator  27.54 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000155004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.11 
 
 		 1033 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  43.93 
 
 		 204 aa  87.8  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3763  response regulator receiver protein  41.9 
 
 		 121 aa  87.8  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 		 376 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0131  response regulator receiver  38.14 
 
 		 132 aa  87.4  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1817  response regulator receiver domain-containing protein  43.81 
 
 		 121 aa  87.4  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.202035 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  41.28 
 
 		 123 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3553  response regulator receiver  41.82 
 
 		 384 aa  86.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.739627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1245 aa  86.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  38.52 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 310 aa  85.9  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0261  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 948 aa  85.9  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 469 aa  85.5  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.77 
 
 		 858 aa  85.1  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2709  response regulator receiver protein  41.8 
 
 		 129 aa  85.1  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000626377  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0355  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 161 aa  85.1  9e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.384709  normal  0.97064 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.79 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 		 858 aa  84.3  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 		 870 aa  84.7  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01607  PilL protein  37.93 
 
 		 2301 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.68194  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  35.37 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2400  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 135 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.726464 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 		 1160 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 121 aa  84  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  39.64 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0748  response regulator receiver protein  41.51 
 
 		 123 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.390262  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.96 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 		 1284 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0467  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 124 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.117091  normal  0.827791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3859  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3089  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 133 aa  82.8  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22915 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 		 1788 aa  82.8  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.81 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0702  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.45 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1527  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 119 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  40 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  35.09 
 
 		 1060 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.34 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.34 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  39.22 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  40.38 
 
 		 326 aa  82  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2785  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  30.89 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.255534 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 457 aa  82  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 242 aa  81.6  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  36.7 
 
 		 1053 aa  81.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3109  response regulator receiver  36.7 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0893452  normal  0.677049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1749  two component response regulator  35.34 
 
 		 123 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417168  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  36.45 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2302  response regulator receiver domain-containing protein  37.5 
 
 		 127 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0435  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 383 aa  81.3  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3309  response regulator receiver domain-containing protein  34.78 
 
 		 121 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  30.47 
 
 		 1042 aa  80.9  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  35.51 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2946  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  39.13 
 
 		 777 aa  80.5  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3535  response regulator receiver protein  39.42 
 
 		 134 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.283754  normal  0.0368978 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.52 
 
 		 977 aa  80.9  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  37.01 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2920  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 126 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.525877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  40 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2626  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4991  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 		 1048 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4865  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321258  normal  0.0275279 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 		 1260 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>