263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0642 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.76 
 
 
687 aa  1027    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.36 
 
 
688 aa  996    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.53 
 
 
688 aa  813    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.68 
 
 
686 aa  1009    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 
687 aa  1392    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  97.38 
 
 
687 aa  1360    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.39 
 
 
687 aa  994    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.39 
 
 
694 aa  651    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.44 
 
 
687 aa  982    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.39 
 
 
705 aa  576  1.0000000000000001e-163  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.51 
 
 
698 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  43.33 
 
 
695 aa  561  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.06 
 
 
702 aa  561  1e-158  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2650  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.72 
 
 
701 aa  555  1e-156  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  43.38 
 
 
688 aa  554  1e-156  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2554  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.43 
 
 
701 aa  551  1e-155  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100286  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1306  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.07 
 
 
701 aa  545  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.88 
 
 
690 aa  543  1e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2459  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.48 
 
 
697 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.64 
 
 
694 aa  529  1e-149  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  43.6 
 
 
688 aa  522  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.97 
 
 
690 aa  521  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12440  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.17 
 
 
686 aa  514  1e-144  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1208  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.8 
 
 
693 aa  509  1e-143  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0414092  normal  0.146925 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  40.49 
 
 
700 aa  499  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.65 
 
 
692 aa  498  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.17 
 
 
690 aa  483  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  40.46 
 
 
690 aa  484  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1061  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.13 
 
 
691 aa  477  1e-133  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  39.71 
 
 
691 aa  476  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.36 
 
 
688 aa  478  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  42.2 
 
 
694 aa  471  1.0000000000000001e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1115  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.61 
 
 
690 aa  472  1.0000000000000001e-131  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.217479  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.02 
 
 
696 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0993  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.94 
 
 
693 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.54 
 
 
689 aa  463  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.11 
 
 
689 aa  464  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.67 
 
 
689 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.9 
 
 
692 aa  459  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.86 
 
 
696 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.46 
 
 
689 aa  458  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.46 
 
 
689 aa  458  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.82 
 
 
689 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.32 
 
 
688 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.82 
 
 
689 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.32 
 
 
689 aa  457  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.67 
 
 
689 aa  458  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.36 
 
 
684 aa  459  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.82 
 
 
689 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  38.46 
 
 
689 aa  458  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.67 
 
 
689 aa  458  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.82 
 
 
689 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.46 
 
 
689 aa  458  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.46 
 
 
689 aa  458  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  39.94 
 
 
693 aa  458  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.67 
 
 
689 aa  458  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  38.9 
 
 
696 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3935  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.37 
 
 
680 aa  455  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000397713  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.08 
 
 
684 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  37.72 
 
 
688 aa  452  1.0000000000000001e-126  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.79 
 
 
684 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.94 
 
 
689 aa  455  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.82 
 
 
689 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.82 
 
 
692 aa  451  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.29 
 
 
689 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.86 
 
 
688 aa  450  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1266  glycine--tRNA ligase  40.2 
 
 
696 aa  449  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.36 
 
 
689 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.16 
 
 
688 aa  446  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0741  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.94 
 
 
691 aa  447  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.143146  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.36 
 
 
689 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.94 
 
 
689 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.03 
 
 
697 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.36 
 
 
689 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1053  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.19 
 
 
678 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1197  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.41 
 
 
673 aa  448  1.0000000000000001e-124  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.28917  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.36 
 
 
694 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.84 
 
 
684 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  37.43 
 
 
688 aa  445  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2581  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.7 
 
 
694 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.595681  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.95 
 
 
688 aa  443  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2210  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.7 
 
 
694 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.237877 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0291  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.14 
 
 
701 aa  443  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265784 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.24 
 
 
689 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.14 
 
 
684 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.05 
 
 
683 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.98 
 
 
688 aa  442  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1195  glycine--tRNA ligase, beta subunit  38.05 
 
 
729 aa  441  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.4 
 
 
689 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.96 
 
 
693 aa  442  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40 
 
 
693 aa  439  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.92 
 
 
697 aa  437  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0916  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.64 
 
 
694 aa  436  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.79 
 
 
683 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2388  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.72 
 
 
711 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2337  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.72 
 
 
711 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.5 
 
 
694 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.36 
 
 
684 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0270  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.48 
 
 
679 aa  434  1e-120  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00370  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  38.75 
 
 
694 aa  436  1e-120  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.740961  hitchhiker  0.00000247045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>