180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0633 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  95.22 
 
 		 209 aa  409  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  56.22 
 
 		 216 aa  232  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  55.88 
 
 		 216 aa  218  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  54.5 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.44 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  27.41 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  28.78 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  29.38 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4345  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.759199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  24.79 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  25 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  25.98 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  22.55 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 170 aa  57  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  27.32 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  27.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  21.88 
 
 		 270 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  36.62 
 
 		 259 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 229 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0038  Helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 120 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000109438  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2142  LexA repressor  38.1 
 
 		 232 aa  53.1  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  24.03 
 
 		 264 aa  52.8  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  25.74 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  26.34 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  25.36 
 
 		 235 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  26.9 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  26.9 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  26.9 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  24.03 
 
 		 264 aa  52  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  26.14 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 464 aa  51.6  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0478  LexA family transcriptional repressor  35.05 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.114058  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 491 aa  51.2  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 428 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  23.91 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  24.72 
 
 		 204 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  40.28 
 
 		 428 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  28.37 
 
 		 217 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2675  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 422 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0980951  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  26.57 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  23.32 
 
 		 331 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  27.46 
 
 		 209 aa  48.5  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  38.24 
 
 		 141 aa  48.5  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 443 aa  48.5  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2198  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.89 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.446469 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 428 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  23.33 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0975  putative phage repressor  28.57 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  36.67 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  26.98 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1451  LexA repressor  35.96 
 
 		 261 aa  47.8  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.440028  normal  0.764251 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  25.36 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 76 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  37.33 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 469 aa  47  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1409  LexA family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 258 aa  46.6  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0567372  decreased coverage  0.00000225039 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  24.29 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 461 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 250 aa  46.2  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  34.83 
 
 		 263 aa  46.6  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1366  putative prophage repressor  24 
 
 		 236 aa  46.6  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.291481  normal  0.476202 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  38.18 
 
 		 223 aa  46.6  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  38.18 
 
 		 223 aa  46.2  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  33.85 
 
 		 461 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  33.85 
 
 		 461 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  24.52 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  27.31 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0234  LexA family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 124 aa  45.8  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2427  SOS-response transcriptional repressor LexA  34.83 
 
 		 238 aa  45.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.639374 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  45.4  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5333  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.44 
 
 		 201 aa  45.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2075  putative phage repressor  25.71 
 
 		 221 aa  45.1  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  32.98 
 
 		 153 aa  45.1  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  21.18 
 
 		 216 aa  45.1  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  26.11 
 
 		 214 aa  45.1  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  25.66 
 
 		 209 aa  45.1  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  20.65 
 
 		 231 aa  45.1  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  32.08 
 
 		 819 aa  44.3  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0192  SOS-response transcriptional repressor, LexA  27.96 
 
 		 200 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0962  DNA-binding protein  31.58 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  24.17 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>