98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0620 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0620  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  100 
 
 
236 aa  482  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.130714  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0634  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  92.8 
 
 
236 aa  455  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.64483e-29 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0718  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  53.22 
 
 
241 aa  274  7e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504074  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3207  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  50.43 
 
 
242 aa  262  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0138209  hitchhiker  0.00000000000000265971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3203  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, putative  53.67 
 
 
242 aa  258  5.0000000000000005e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.412131  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3092  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  50.43 
 
 
242 aa  258  8e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0120702  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3197  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  47.01 
 
 
237 aa  224  9e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3202  hypothetical protein  35.47 
 
 
270 aa  168  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.146501  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3208  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  38.82 
 
 
272 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.102941  hitchhiker  0.0000000000001111 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0719  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  36.03 
 
 
277 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000737257  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0032  putative outer membrane lipoprotein-sorting protein  27.43 
 
 
243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0380  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.79 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1574  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.91 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.057142  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28210  outer-membrane lipoprotein carrier protein  26.69 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.372853  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1783  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  27.69 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.839422  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6863  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  28.12 
 
 
258 aa  72  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0520741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2387  outer-membrane lipoprotein carrier protein  24.69 
 
 
208 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1206  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.79 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000867117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30310  outer-membrane lipoprotein carrier protein  27.12 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0088  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  27.27 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.700906  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0095  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  27.27 
 
 
226 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0106  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  27.27 
 
 
226 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2594  outer-membrane lipoprotein carrier protein  26.69 
 
 
208 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1599  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.7 
 
 
247 aa  67  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0370  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.79 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0721614 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1711  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.58 
 
 
214 aa  65.9  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.113541  normal  0.724755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3608  outer-membrane lipoprotein carrier protein  24.68 
 
 
207 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0090  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.57 
 
 
207 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.227988  normal  0.252414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3585  outer-membrane lipoprotein carrier protein  25.53 
 
 
206 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151832  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1830  outer-membrane lipoprotein carrier protein  24.26 
 
 
207 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0153108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4003  outer-membrane lipoprotein carrier protein  24.26 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0440839  hitchhiker  0.00291295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5362  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.23 
 
 
211 aa  62.8  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0805  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  21.94 
 
 
234 aa  62.4  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.391961  normal  0.496775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1125  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.55 
 
 
205 aa  62.8  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.437749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1935  outer-membrane lipoprotein carrier protein  27.14 
 
 
212 aa  62  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.765114  normal  0.707119 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0348  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.32 
 
 
236 aa  62  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3407  outer-membrane lipoprotein carrier protein  25.74 
 
 
211 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2003  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.69 
 
 
205 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3178  outer-membrane lipoprotein carrier protein  25.42 
 
 
207 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308735  normal  0.0497193 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01040  outer-membrane lipoprotein carrier protein  27.35 
 
 
216 aa  60.1  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0765  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.33 
 
 
217 aa  60.1  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0575497  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1669  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.5 
 
 
223 aa  60.1  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.632485  normal  0.483182 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06126  outer-membrane lipoprotein carrier protein  27.35 
 
 
216 aa  60.1  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1753  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.94 
 
 
233 aa  59.3  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0975512  normal  0.0644178 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0757  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.32 
 
 
212 aa  59.3  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000775377 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1577  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.47 
 
 
220 aa  59.3  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0893  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.03 
 
 
238 aa  58.9  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0787284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3348  outer membrane lipoprotein carrier protein  24.37 
 
 
207 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00496768  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1497  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.54 
 
 
202 aa  57.8  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.540106  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1121  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.75 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.310503  normal  0.176319 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1571  outer membrane lipoprotein carrier  27.54 
 
 
233 aa  57.8  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.199657  normal  0.807566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1286  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.43 
 
 
210 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699876  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003878  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.32 
 
 
208 aa  55.8  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000605758  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1419  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.67 
 
 
225 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174012  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0178  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.77 
 
 
207 aa  55.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01798  outer-membrane lipoprotein carrier protein  25 
 
 
208 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1765  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.34 
 
 
219 aa  54.3  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.455724  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1956  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.88 
 
 
224 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0667595  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1826  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.79 
 
 
219 aa  52.8  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119174  hitchhiker  0.00000680848 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1296  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.24 
 
 
208 aa  52.4  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.435605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3798  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  21.65 
 
 
238 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3425  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  20.09 
 
 
211 aa  50.1  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.936296  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3382  hypothetical protein  27.03 
 
 
369 aa  49.7  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000236638  normal  0.0236952 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2023  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.14 
 
 
208 aa  48.9  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244362  unclonable  0.00000121623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3177  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.47 
 
 
213 aa  48.5  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1518  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.76 
 
 
273 aa  48.5  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2012  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.25 
 
 
206 aa  48.5  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0324067  hitchhiker  0.00729445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2435  outer-membrane lipoprotein carrier protein  22.11 
 
 
210 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.699017  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1684  outer-membrane lipoprotein carrier protein  23.79 
 
 
203 aa  48.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.146126 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0377  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, putative  26.6 
 
 
230 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1678  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  20.8 
 
 
212 aa  47.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1964  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.81 
 
 
206 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000066664  normal  0.873937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2051  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.25 
 
 
206 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00204466  hitchhiker  0.0003026 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0547  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.6 
 
 
230 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.117593  hitchhiker  0.000046415 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1729  hypothetical protein  24.76 
 
 
202 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1729  hypothetical protein  24.76 
 
 
202 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1342  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  24.57 
 
 
211 aa  46.6  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3064  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.31 
 
 
220 aa  46.2  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3381  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.29 
 
 
210 aa  46.2  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.23519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2719  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.29 
 
 
212 aa  46.2  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72131  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1720  outer-membrane lipoprotein carrier protein  28.87 
 
 
203 aa  45.8  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0235  hypothetical protein  25.73 
 
 
360 aa  45.4  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.129282  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1281  outer-membrane lipoproteins carrier protein  24.14 
 
 
211 aa  45.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.866532  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2595  outer-membrane lipoprotein carrier protein  23.04 
 
 
202 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00615115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1614  outer-membrane lipoprotein carrier protein  23.04 
 
 
202 aa  44.7  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.154829  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2684  outer-membrane lipoprotein carrier protein  23.04 
 
 
202 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.272207  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0686  outer-membrane lipoprotein carrier protein  25.32 
 
 
214 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.973881  normal  0.650962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1760  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  23.16 
 
 
216 aa  43.9  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.889402 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3210  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.69 
 
 
216 aa  43.9  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.378959  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1842  outer-membrane lipoprotein carrier protein  23.21 
 
 
198 aa  43.9  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153772  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2359  outer-membrane lipoprotein carrier protein  24.53 
 
 
204 aa  43.5  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.328226  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2599  outer-membrane lipoprotein carrier protein  23.04 
 
 
212 aa  43.5  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1394  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  22.71 
 
 
208 aa  43.1  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2307  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.36 
 
 
206 aa  43.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1663  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.63 
 
 
205 aa  42.7  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0801317  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3710  putative outer membrane lipoprotein-sorting protein  24.19 
 
 
264 aa  42.4  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0706  outer-membrane lipoprotein carrier protein  22.22 
 
 
214 aa  42  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2010  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.85 
 
 
208 aa  42  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>