More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0470 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 293 aa  591  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  95.9 
 
 		 293 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  74.74 
 
 		 294 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  69.73 
 
 		 294 aa  411  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  69.28 
 
 		 294 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  64.83 
 
 		 302 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  57 
 
 		 332 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  58.75 
 
 		 317 aa  332  6e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  51.52 
 
 		 313 aa  270  2.9999999999999997e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  52.01 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  49.67 
 
 		 311 aa  262  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  46.02 
 
 		 290 aa  261  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  50.68 
 
 		 343 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  50.68 
 
 		 343 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  48.46 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  42.28 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  45.67 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  45.58 
 
 		 298 aa  249  5e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  44.85 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  46.96 
 
 		 304 aa  245  4.9999999999999997e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 		 296 aa  245  6.999999999999999e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  45.9 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  46.15 
 
 		 328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  45.33 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  43.65 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.48 
 
 		 299 aa  242  7e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  43.85 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  44.19 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  42.91 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 299 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.14 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  43.85 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.14 
 
 		 298 aa  238  8e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.81 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.81 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.81 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.81 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  43.37 
 
 		 295 aa  236  2e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.81 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.81 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  44.74 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  43.77 
 
 		 294 aa  236  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  45.48 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  45.76 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  40.88 
 
 		 295 aa  236  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  41.84 
 
 		 300 aa  235  8e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  234  9e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  234  9e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  234  9e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  40.2 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.95 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.19 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.19 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  43.88 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  41.45 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.42 
 
 		 300 aa  231  7.000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  43.54 
 
 		 300 aa  231  7.000000000000001e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  41.45 
 
 		 302 aa  231  8.000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  40.89 
 
 		 297 aa  231  9e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  43.39 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  44.7 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.51 
 
 		 296 aa  230  2e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  45.09 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  44.07 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  46.02 
 
 		 312 aa  228  8e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.81 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  41.18 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  43.61 
 
 		 373 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.39 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.07 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  44.75 
 
 		 320 aa  226  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  47.18 
 
 		 310 aa  225  6e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  40.47 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  38.72 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.55 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.48 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  43.05 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.05 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.62 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  42.32 
 
 		 395 aa  223  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.28 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.28 
 
 		 299 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  43.2 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  40.74 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>