138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0414 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0414  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 65 aa  127  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0499509  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  98.46 
 
 		 65 aa  124  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  76.92 
 
 		 65 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0464  S4 domain-containing protein  70.77 
 
 		 71 aa  92.8  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0103248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  69.23 
 
 		 65 aa  87.8  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  60.94 
 
 		 68 aa  79  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  56.06 
 
 		 72 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.32 
 
 		 70 aa  72  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0081  RNA-binding S4  52.31 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0003  RNA-binding S4 domain protein  56.45 
 
 		 71 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.241542  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00030  RNA-binding S4 domain protein  59.65 
 
 		 72 aa  65.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2293  RNA-binding S4 domain protein  51.61 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.26047 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09031  hypothetical protein  56.9 
 
 		 82 aa  65.5  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0003  S4 domain-containing protein  54.84 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0003  S4 domain-containing protein  54.84 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  53.45 
 
 		 72 aa  62.4  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10421  S4 domain-containing protein  56.9 
 
 		 58 aa  62  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.03 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5767  hypothetical protein  50 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10651  S4 domain-containing protein  53.45 
 
 		 72 aa  61.6  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0278753 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1550  S4 domain protein YaaA  48.44 
 
 		 71 aa  60.8  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.715034  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6817  hypothetical protein  48.44 
 
 		 65 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0003  S4 domain protein YaaA  51.56 
 
 		 76 aa  60.8  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313437  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10421  S4 domain-containing protein  55.17 
 
 		 58 aa  60.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0972  RNA-binding S4  55.17 
 
 		 58 aa  60.5  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  53.7 
 
 		 74 aa  59.7  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 76 aa  58.5  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.91 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0003  RNA-binding S4 domain protein  54 
 
 		 71 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.518781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.36 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4907  RNA-binding S4  53.57 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.93545  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  49.12 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.12 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1437  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.36 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.614466  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  53.45 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.12 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.72 
 
 		 70 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.212549  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000678168  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22660  hypothetical protein  44.26 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.294703  normal  0.222073 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  50 
 
 		 73 aa  55.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  52.63 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  52.63 
 
 		 80 aa  55.1  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13901  S4 domain-containing protein  54 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.453758 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0046  hypothetical protein  54.72 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0831  hypothetical protein  58.33 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.366919  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  56.14 
 
 		 64 aa  54.7  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0003  S4 domain protein YaaA  50.79 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  47.37 
 
 		 67 aa  54.7  0.0000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0003  S4-like RNA binding protein  52.46 
 
 		 73 aa  54.3  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.88 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  49.12 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3479  RNA-binding S4  46.88 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.09 
 
 		 80 aa  53.5  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5317  hypothetical protein  43.94 
 
 		 70 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0232645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0003  hypothetical protein  43.94 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000654454  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1824  RNA-binding S4  58.33 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0003  hypothetical protein  45.45 
 
 		 70 aa  53.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0881433  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.9 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0003  S4 region YaaA family protein  45.45 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2576  RNA-binding S4 domain protein  51.72 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.239482  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2636  putative RNA-binding protein  45.76 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0140325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.674518  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0003  S4-like RNA binding protein  38.46 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0003  S4 domain protein YaaA  49.23 
 
 		 73 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000126771  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000219  hypothetical protein  41.94 
 
 		 177 aa  52  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0003  hypothetical protein  45.61 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000693166  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  55.77 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.330181 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3530  RNA-binding S4 domain protein  51.72 
 
 		 71 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05955  hypothetical protein  41.94 
 
 		 179 aa  52  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0003  S4 region, YaaA  43.55 
 
 		 73 aa  51.2  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  56.25 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  39.06 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3069  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 77 aa  50.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000897832  hitchhiker  0.000868663 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  42.19 
 
 		 160 aa  50.4  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0004  RNA-binding S4  45.28 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000361246  hitchhiker  0.0000000730719 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  50 
 
 		 66 aa  48.9  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2237  hypothetical protein  50 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  44.83 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000548467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1515  RNA-binding S4 domain protein  45.28 
 
 		 68 aa  48.9  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.686645 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.94 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2468  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000314319 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.27 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  38.46 
 
 		 80 aa  48.5  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1581  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.98 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0305147  normal  0.476483 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0003  S4-like RNA binding protein  38.46 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.43 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  0.0000273439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3548  RNA-binding S4 domain protein  45.61 
 
 		 61 aa  46.2  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101956  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3228  hypothetical protein  39.62 
 
 		 156 aa  46.2  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1264  RNA-binding S4  46.43 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001495 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0805  hypothetical protein  40 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2522  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.68 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0154969 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0735  hypothetical protein  40 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.142682  normal  0.673905 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>