282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0405 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0405  siroheme synthase  100 
 
 		 224 aa  441  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00161187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0405  siroheme synthase  94.64 
 
 		 224 aa  400  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3282  siroheme synthase  46.76 
 
 		 224 aa  185  6e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0362  siroheme synthase  50.95 
 
 		 249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000323001  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3231  precorrin-2 dehydrogenase  47.77 
 
 		 224 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000236198  normal  0.247587 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1349  siroheme synthase  40.49 
 
 		 213 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1251  precorrin-2 dehydrogenase  45.68 
 
 		 214 aa  148  8e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.264543 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1249  siroheme synthase  40.31 
 
 		 213 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3379  siroheme synthase  46.29 
 
 		 197 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000292655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1588  siroheme synthase  37.88 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0854  siroheme synthase  38.21 
 
 		 221 aa  138  6e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.819849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1123  siroheme synthase  40.24 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.967334 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3236  siroheme synthase  38.92 
 
 		 220 aa  134  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0304551  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1261  siroheme synthase  38.67 
 
 		 209 aa  134  9e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1748  siroheme synthase  38.32 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3311  hypothetical protein  43.98 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.17565  normal  0.718248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3356  siroheme synthase  38 
 
 		 212 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0422337  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11590  siroheme synthase, N-terminal domain protein  35.24 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003419  siroheme synthase/precorrin-2 oxidase/sirohydrochlorin ferrochelatase  37.84 
 
 		 306 aa  126  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827256  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0683  precorrin-2 dehydrogenase / sirohydrochlorin ferrochelatase  34.36 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000339701  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2072  siroheme synthase  43.12 
 
 		 235 aa  125  6e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.628826  hitchhiker  0.0000044464 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0976  siroheme synthase component enzyme  35.38 
 
 		 312 aa  125  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.417242  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02359  hypothetical protein  37.17 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1463  siroheme synthase  40.98 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.438897  normal  0.104649 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  35.75 
 
 		 493 aa  122  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2374  precorrin-2 dehydrogenase  39.51 
 
 		 200 aa  122  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.632481 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0321  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  36.97 
 
 		 626 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00115564  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.53 
 
 		 464 aa  121  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2023  precorrin-2 dehydrogenase  34.62 
 
 		 225 aa  121  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.86 
 
 		 462 aa  121  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  34.76 
 
 		 489 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1745  siroheme synthase  38.8 
 
 		 198 aa  120  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0580  siroheme synthase  40.85 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5870  siroheme synthase  37.23 
 
 		 218 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1283  siroheme synthase  39.32 
 
 		 280 aa  118  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  43.03 
 
 		 465 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  43.03 
 
 		 465 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2058  virulence protein VirC  42.47 
 
 		 313 aa  117  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  38.25 
 
 		 457 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  38.25 
 
 		 457 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  38.25 
 
 		 457 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3617  precorrin-2 dehydrogenase  39.52 
 
 		 212 aa  115  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0370108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  38.25 
 
 		 457 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.25 
 
 		 457 aa  115  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  38.25 
 
 		 457 aa  115  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  38.25 
 
 		 457 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  38.25 
 
 		 457 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1980  precorrin-2 dehydrogenase  46.54 
 
 		 194 aa  115  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00160437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  38.25 
 
 		 457 aa  115  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  42.42 
 
 		 462 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1150  precorrin-2 dehydrogenase  35.27 
 
 		 205 aa  114  8.999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.225032  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0400  siroheme synthase  35.26 
 
 		 212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  38.18 
 
 		 459 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  38.18 
 
 		 457 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  38.18 
 
 		 457 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0817  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.18 
 
 		 476 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.21 
 
 		 464 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  37.58 
 
 		 457 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  37.16 
 
 		 464 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  37.58 
 
 		 457 aa  111  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0298  siroheme synthase  39.46 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.27017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  37.16 
 
 		 464 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2187  precorrin-2 oxidase / ferrochelatase  36.36 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00312119 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12390  siroheme synthase, N-terminal domain protein  31.28 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2695  siroheme synthase  34.43 
 
 		 303 aa  108  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.63 
 
 		 484 aa  108  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  32.24 
 
 		 468 aa  106  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1669  siroheme synthase  35.32 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0465114  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1616  siroheme synthase  37.57 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2165  siroheme synthase  31.84 
 
 		 190 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.576163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  35.33 
 
 		 457 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3861  precorrin-2 dehydrogenase  38.27 
 
 		 204 aa  105  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.458104  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.36 
 
 		 502 aa  105  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1483  precorrin-2 dehydrogenase  38.27 
 
 		 204 aa  105  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.060186  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0537  siroheme synthase, N-terminal component  35.76 
 
 		 321 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3066  siroheme synthase  37.95 
 
 		 221 aa  103  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  33.9 
 
 		 473 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  33.9 
 
 		 473 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0961  siroheme synthase  32.85 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  40.11 
 
 		 474 aa  102  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2332  siroheme synthase  33.94 
 
 		 303 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.477134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1933  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.55 
 
 		 495 aa  101  7e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2886  precorrin-2 oxidase / ferrochelatase  31.69 
 
 		 303 aa  101  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.360303  hitchhiker  0.00000078916 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.79 
 
 		 480 aa  100  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1476  siroheme synthase  31.52 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.154904  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  32.97 
 
 		 459 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.05 
 
 		 464 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  33.94 
 
 		 459 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3656  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.98 
 
 		 470 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3108  siroheme synthase, N-terminal component, putative  36.11 
 
 		 303 aa  99  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  33.9 
 
 		 470 aa  99  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2801  siroheme synthase  36.81 
 
 		 303 aa  99  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0131295  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1453  siroheme synthase  36.81 
 
 		 303 aa  99  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00644756  hitchhiker  0.00961472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2781  siroheme synthase  36.81 
 
 		 303 aa  99  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0880434  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0345  siroheme synthase  32.08 
 
 		 182 aa  98.6  6e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00442257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1576  siroheme synthase  36.81 
 
 		 303 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.190124  hitchhiker  0.000000012919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.05 
 
 		 463 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.79 
 
 		 480 aa  98.6  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.05 
 
 		 463 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2876  siroheme synthase  36.81 
 
 		 303 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>