41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0299 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0282  anti-FecI sigma factor, FecR  78.86 
 
 		 1381 aa  1503    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0299  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 1334 aa  2628    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2621  hypothetical protein  40.62 
 
 		 287 aa  149  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.829749  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1345  hypothetical protein  29.21 
 
 		 3121 aa  63.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  31.41 
 
 		 554 aa  62  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4083  solute binding protein-like  28.4 
 
 		 376 aa  60.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0424858  normal  0.0912112 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  37.4 
 
 		 484 aa  60.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1219  hypothetical protein  27.84 
 
 		 586 aa  59.3  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  35.83 
 
 		 484 aa  57.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  32.67 
 
 		 548 aa  57.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1557  hypothetical protein  29.27 
 
 		 235 aa  56.2  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647868 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 453 aa  54.3  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 453 aa  53.9  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  26.59 
 
 		 378 aa  54.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 448 aa  53.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  30.46 
 
 		 446 aa  53.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 454 aa  53.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 454 aa  53.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 448 aa  53.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 454 aa  53.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 454 aa  53.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  29.56 
 
 		 448 aa  53.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0334  hypothetical protein  30.19 
 
 		 664 aa  52.8  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  28.93 
 
 		 454 aa  52.4  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1324  hypothetical protein  29.86 
 
 		 231 aa  52  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.311232  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 		 453 aa  51.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  32.06 
 
 		 543 aa  50.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  34.02 
 
 		 591 aa  49.7  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2701  FecR protein  30.05 
 
 		 1237 aa  49.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0375839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  28.74 
 
 		 453 aa  49.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  28.3 
 
 		 453 aa  48.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  28.3 
 
 		 453 aa  48.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1970  hypothetical protein  30.14 
 
 		 348 aa  48.5  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000904058  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0304  hypothetical protein  34.21 
 
 		 1806 aa  47  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  36.84 
 
 		 321 aa  47  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0306  hypothetical protein  34.21 
 
 		 1350 aa  46.6  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  31.97 
 
 		 394 aa  46.2  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1852  hypothetical protein  28.95 
 
 		 282 aa  45.4  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.428196  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2370  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 		 1272 aa  45.4  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0364694 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  29.2 
 
 		 568 aa  45.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  29.01 
 
 		 334 aa  45.1  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>