More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0243 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 224 aa  448  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  99.55 
 
 		 224 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  91.07 
 
 		 224 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  90.62 
 
 		 224 aa  409  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  89.29 
 
 		 224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  80.18 
 
 		 223 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  72.52 
 
 		 223 aa  331  7.000000000000001e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.51 
 
 		 223 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  63.23 
 
 		 223 aa  267  8e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3752  two component transcriptional regulator  56.05 
 
 		 224 aa  263  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000783534  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  57.21 
 
 		 240 aa  260  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.5 
 
 		 227 aa  258  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.8 
 
 		 225 aa  250  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.19 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  54.5 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  54.05 
 
 		 224 aa  241  5e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.34 
 
 		 235 aa  241  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  53.6 
 
 		 223 aa  238  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  52.29 
 
 		 227 aa  237  1e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 224 aa  236  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  55.2 
 
 		 222 aa  235  4e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.91 
 
 		 225 aa  235  4e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  51.79 
 
 		 224 aa  234  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.8 
 
 		 223 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.8 
 
 		 223 aa  234  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.64 
 
 		 224 aa  234  6e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 283 aa  234  7e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  51.57 
 
 		 224 aa  234  9e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.7 
 
 		 224 aa  234  9e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.25 
 
 		 223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 222 aa  232  3e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.8 
 
 		 223 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.8 
 
 		 223 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.25 
 
 		 223 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  50.89 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 238 aa  230  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1205  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 222 aa  230  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 228 aa  229  2e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 224 aa  229  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  50.68 
 
 		 223 aa  229  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.25 
 
 		 223 aa  228  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 227 aa  228  7e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 224 aa  227  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 224 aa  227  9e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  48.89 
 
 		 228 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  51.12 
 
 		 227 aa  225  4e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 229 aa  225  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 226 aa  225  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 225 aa  224  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  48.89 
 
 		 226 aa  224  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 227 aa  223  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  53.39 
 
 		 225 aa  223  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.13 
 
 		 224 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 236 aa  223  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.23 
 
 		 226 aa  222  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 		 222 aa  222  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 226 aa  222  4e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 226 aa  222  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0528  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 223 aa  222  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.23 
 
 		 225 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.23 
 
 		 231 aa  222  4e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.23 
 
 		 225 aa  221  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.89 
 
 		 224 aa  221  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 		 226 aa  221  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  47.81 
 
 		 232 aa  221  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.91 
 
 		 231 aa  221  7e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  221  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.46 
 
 		 232 aa  221  9e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  50 
 
 		 229 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.23 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  49.33 
 
 		 252 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 224 aa  220  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 231 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 255 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 228 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 223 aa  220  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0317  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.81 
 
 		 232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.79 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.79 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.79 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  51.14 
 
 		 226 aa  218  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.75 
 
 		 227 aa  218  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  49.56 
 
 		 228 aa  218  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.43 
 
 		 228 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2599  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 		 232 aa  218  7.999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3502  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.56 
 
 		 232 aa  218  7.999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>