235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0226 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0606  Phosphoenolpyruvate carboxylase  51.81 
 
 		 922 aa  895    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2967  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.21 
 
 		 910 aa  845    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000103268 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3110  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.64 
 
 		 908 aa  842    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150886 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1629  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.67 
 
 		 923 aa  857    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0058  Phosphoenolpyruvate carboxylase  51.82 
 
 		 910 aa  848    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.424552 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0209  Phosphoenolpyruvate carboxylase  94.41 
 
 		 912 aa  1718    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00083066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2855  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.94 
 
 		 922 aa  826    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0285296 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0577  Phosphoenolpyruvate carboxylase  50.05 
 
 		 922 aa  879    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.222337 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0226  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 		 911 aa  1840    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.695017  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0808  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.02 
 
 		 908 aa  895    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0683  Phosphoenolpyruvate carboxylase  50.6 
 
 		 922 aa  882    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.781097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2974  phosphoenolpyruvate carboxylase  61.85 
 
 		 914 aa  1053    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0559  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.88 
 
 		 922 aa  879    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1718  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.68 
 
 		 919 aa  484  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3664  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.71 
 
 		 916 aa  486  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387741  normal  0.313845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7118  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.46 
 
 		 920 aa  482  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5925  phosphoenolpyruvate carboxylase  38 
 
 		 946 aa  476  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.613814  normal  0.197386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6558  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.22 
 
 		 920 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.985726  normal  0.0731651 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1801  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.25 
 
 		 922 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.369049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2137  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.25 
 
 		 922 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.24789 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3255  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.41 
 
 		 920 aa  469  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1753  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.06 
 
 		 922 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0935488  normal  0.649239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0770  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.09 
 
 		 957 aa  430  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.815806  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.48 
 
 		 929 aa  428  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.58 
 
 		 945 aa  429  1e-118  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04694  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.34 
 
 		 896 aa  424  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.510612  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.57 
 
 		 906 aa  422  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.24 
 
 		 928 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0630  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.53 
 
 		 939 aa  419  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0739788  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.76 
 
 		 946 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.76 
 
 		 946 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.76 
 
 		 946 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.81 
 
 		 938 aa  410  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0875  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.48 
 
 		 947 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.127499  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.67 
 
 		 931 aa  409  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.36 
 
 		 936 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2121  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.95 
 
 		 946 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.180736 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1373  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.44 
 
 		 947 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333226  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.08 
 
 		 929 aa  400  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2707  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.11 
 
 		 936 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136783 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3003  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.82 
 
 		 934 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.371181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.19 
 
 		 933 aa  399  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2522  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.64 
 
 		 898 aa  398  1e-109  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.314131  normal  0.688456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.83 
 
 		 929 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.3 
 
 		 933 aa  399  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.3 
 
 		 929 aa  398  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.87 
 
 		 923 aa  398  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.64 
 
 		 1002 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.97 
 
 		 1001 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2233  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.34 
 
 		 949 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380618  normal  0.0228414 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3706  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.27 
 
 		 937 aa  397  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.625576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1558  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.14 
 
 		 929 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0614036  unclonable  0.000000000174255 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1883  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.14 
 
 		 929 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.23 
 
 		 918 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0868  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.18 
 
 		 1004 aa  395  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0883  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.97 
 
 		 972 aa  394  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.3209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0561  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 		 932 aa  394  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.31 
 
 		 985 aa  391  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0729  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.36 
 
 		 994 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.29 
 
 		 928 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0828  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.55 
 
 		 928 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.891362  normal  0.27066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5753  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.78 
 
 		 1008 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.61686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.49 
 
 		 920 aa  393  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3412  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.85 
 
 		 994 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2286  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.36 
 
 		 994 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1041  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.77 
 
 		 930 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2999  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.36 
 
 		 994 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.36 
 
 		 994 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.954175  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1075  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.25 
 
 		 1024 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1599  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.36 
 
 		 994 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.737727  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2430  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.03 
 
 		 1009 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76585  normal  0.238617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.28 
 
 		 926 aa  388  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1228  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.47 
 
 		 1085 aa  389  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.774396  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1814  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.03 
 
 		 994 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2469  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.74 
 
 		 998 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792272  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2426  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.03 
 
 		 1009 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.86 
 
 		 952 aa  386  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.17 
 
 		 933 aa  384  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2750  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.49 
 
 		 1009 aa  386  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2335  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.41 
 
 		 998 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.361608 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1068  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.7 
 
 		 1075 aa  386  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0841  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.77 
 
 		 939 aa  382  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0178  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.45 
 
 		 940 aa  381  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0871  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.48 
 
 		 1088 aa  383  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0707  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.6 
 
 		 884 aa  381  1e-104  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2180  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.43 
 
 		 1030 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235371  hitchhiker  0.000906218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.51 
 
 		 950 aa  381  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000509332 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2000  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.01 
 
 		 951 aa  382  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3091  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.87 
 
 		 982 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3665  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.27 
 
 		 970 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3081  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.92 
 
 		 889 aa  377  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.134099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2889  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.75 
 
 		 949 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.695135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1667  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.72 
 
 		 989 aa  375  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1822  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.77 
 
 		 926 aa  375  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.389962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4721  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 		 896 aa  375  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17821  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.22 
 
 		 989 aa  373  1e-102  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2376  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.87 
 
 		 949 aa  375  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1138  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.37 
 
 		 926 aa  372  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.118011  normal  0.338902 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.82 
 
 		 1018 aa  372  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17661  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.18 
 
 		 989 aa  372  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>