More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0189 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3133  1A family penicillin-binding protein  76.25 
 
 
796 aa  1186    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0754  penicillin-binding protein, 1A family  66.75 
 
 
818 aa  1008    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000281003  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0171  penicillin-binding protein, 1A family  96.38 
 
 
829 aa  1600    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166752 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0189  penicillin-binding protein, 1A family  100 
 
 
827 aa  1679    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2534  1A family penicillin-binding protein  45.1 
 
 
804 aa  659    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.401637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0010  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1A  50.63 
 
 
797 aa  740    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000754529  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0354  penicillin-binding protein 1A  73.28 
 
 
841 aa  1196    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.75585  normal  0.103015 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3195  1A family penicillin-binding protein  64.36 
 
 
773 aa  1026    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4406  1A family penicillin-binding protein  74.31 
 
 
818 aa  1228    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000928316  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2676  1A family penicillin-binding protein  42.44 
 
 
795 aa  632  1e-180  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.21019 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0324  penicillin-binding protein, 1A family  40.84 
 
 
802 aa  599  1e-170  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0057  penicillin-binding protein 1A  41.7 
 
 
852 aa  584  1.0000000000000001e-165  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0062  penicillin-binding protein, 1A family  41.57 
 
 
852 aa  581  1e-164  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0074  penicillin-binding protein, 1A family  41.33 
 
 
852 aa  581  1e-164  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0060  1A family penicillin-binding protein  39.38 
 
 
852 aa  580  1e-164  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.133649 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3215  penicillin-binding protein, 1A family  41.5 
 
 
778 aa  574  1.0000000000000001e-162  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2630  penicillin-binding protein, 1A family  38.81 
 
 
807 aa  561  1e-158  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3405  1A family penicillin-binding protein  40.91 
 
 
857 aa  558  1e-157  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0379347  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  42.04 
 
 
793 aa  555  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  41.91 
 
 
791 aa  555  1e-156  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1824  penicillin-binding protein 1A  38.71 
 
 
843 aa  552  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0792156  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2321  1A family penicillin-binding protein  40.21 
 
 
862 aa  551  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.10527  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1716  penicillin-binding protein 1A  39.27 
 
 
831 aa  549  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0706575  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  40.18 
 
 
777 aa  548  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  39.16 
 
 
823 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  39.23 
 
 
823 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2147  penicillin-binding protein 1A  40.08 
 
 
831 aa  545  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.173589  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2326  1A family penicillin-binding protein  38.75 
 
 
807 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.774073  unclonable  0.0000291309 
 
 
-
 
NC_004310  BR0916  penicillin-binding protein 1A, putative  38.66 
 
 
819 aa  538  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.274618  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2444  penicillin-binding protein 1A  38.74 
 
 
830 aa  539  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257563  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0911  putative penicillin-binding protein 1A  38.54 
 
 
819 aa  538  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.477143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4201  putative membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein  38.43 
 
 
835 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603081  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2730  penicillin-binding protein, 1A family  39.51 
 
 
832 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3124  penicillin-binding protein 1A  38.35 
 
 
807 aa  533  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.31223  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2266  1A family penicillin-binding protein  39.01 
 
 
819 aa  530  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2852  penicillin-binding protein 1A  39.71 
 
 
830 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.456684  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0960  1A family penicillin-binding protein  39.84 
 
 
817 aa  531  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0340726 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1298  1A family penicillin-binding protein  38.41 
 
 
833 aa  531  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.144183  normal  0.788784 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  37.61 
 
 
814 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  37.68 
 
 
814 aa  528  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3972  peptidoglycan synthetase  39.57 
 
 
851 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3007  penicillin-binding protein 1A  39.2 
 
 
830 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.160235 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3733  peptidoglycan synthetase  39.57 
 
 
851 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0698  penicillin-binding protein, 1A family  40.7 
 
 
779 aa  527  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0219  peptidoglycan synthetase  39.57 
 
 
851 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0729  1A family penicillin-binding protein  40.57 
 
 
794 aa  525  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.239456  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4669  1A family penicillin-binding protein  37.78 
 
 
804 aa  520  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  38.99 
 
 
815 aa  521  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1395  penicillin-binding protein, 1A family  38.65 
 
 
809 aa  522  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47778  normal  0.639288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2574  1A family penicillin-binding protein  37.67 
 
 
791 aa  519  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.95541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5582  1A family penicillin-binding protein  39.53 
 
 
824 aa  519  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3276  1A family penicillin-binding protein  38.94 
 
 
908 aa  522  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658356  normal  0.980736 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  40.08 
 
 
800 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  38.31 
 
 
817 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0754  penicillin-binding protein, 1A family  36.61 
 
 
796 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  37.83 
 
 
793 aa  518  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0780  penicillin-binding protein 1A  38.83 
 
 
804 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0727  penicillin-binding protein, 1A family  38.41 
 
 
804 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  38.86 
 
 
817 aa  519  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  38.31 
 
 
830 aa  515  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  37.45 
 
 
819 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2918  penicillin-binding protein 1A  38.52 
 
 
797 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.850822  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0671  1A family penicillin-binding protein  39.19 
 
 
805 aa  515  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.152404 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  37.59 
 
 
793 aa  514  1e-144  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0934  1A family penicillin-binding protein  38.15 
 
 
803 aa  510  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.305447  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  38.2 
 
 
817 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4359  1A family penicillin-binding protein  37.94 
 
 
810 aa  511  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2212  penicillin-binding protein 1A  36.94 
 
 
835 aa  509  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0803  penicillin-binding protein, 1A  37.89 
 
 
823 aa  511  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0255  penicillin-binding protein 1A  37.91 
 
 
865 aa  510  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  38.2 
 
 
817 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1708  1A family penicillin-binding protein  39.28 
 
 
818 aa  512  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0995  1A family penicillin-binding protein  40.21 
 
 
797 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  37.47 
 
 
803 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  39.54 
 
 
799 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1304  penicillin-binding protein, 1A family  38.4 
 
 
819 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0651627 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1797  penicillin-binding protein 1a  37.69 
 
 
818 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5843  1A family penicillin-binding protein  36.74 
 
 
808 aa  504  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.36925  normal  0.15552 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3690  peptidoglycan synthetase  39.83 
 
 
850 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0209  penicillin-binding protein 1A  39.29 
 
 
771 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3692  peptidoglycan synthetase  39.71 
 
 
850 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4611  peptidoglycan synthetase  38.3 
 
 
852 aa  504  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.241075  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  36.31 
 
 
804 aa  504  1e-141  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  38.73 
 
 
817 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2692  penicillin-binding protein  38.27 
 
 
846 aa  506  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000762848  hitchhiker  0.0050562 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  39.27 
 
 
799 aa  503  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3799  peptidoglycan synthetase  39.71 
 
 
850 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6049  penicillin-binding protein, 1A family  36.43 
 
 
805 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141532  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  37.77 
 
 
796 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0253  peptidoglycan synthetase  38.72 
 
 
852 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.570569  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3862  peptidoglycan synthetase  39.59 
 
 
850 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3765  peptidoglycan synthetase  39.71 
 
 
850 aa  502  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4435  penicillin-binding protein, 1A family  37.55 
 
 
838 aa  499  1e-140  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.290819  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0023  1A family penicillin-binding protein  40 
 
 
799 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  39.35 
 
 
803 aa  496  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  36.84 
 
 
814 aa  498  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3374  penicillin-binding protein 1A  37.67 
 
 
846 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3712  1A family penicillin-binding protein  36.55 
 
 
839 aa  497  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.637834  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3955  penicillin-binding protein, 1A family  37.16 
 
 
805 aa  497  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.204833  normal  0.755336 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3662  1A family penicillin-binding protein  37.16 
 
 
833 aa  497  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>