More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0136 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_2090  trehalose synthase  52.7 
 
 
1119 aa  1189  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  47.6 
 
 
1088 aa  994  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03668  alpha-amylase family protein  44.51 
 
 
1101 aa  909  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5591  trehalose synthase  45.08 
 
 
1137 aa  923  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00664495  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36730  putative trehalose synthase  44.5 
 
 
1100 aa  876  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.631838 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3938  trehalose synthase  43.52 
 
 
1164 aa  920  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.278548 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  44.83 
 
 
1154 aa  934  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  44.51 
 
 
1152 aa  931  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  44.45 
 
 
1094 aa  932  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1106  trehalose synthase  50.09 
 
 
1123 aa  1112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6321  trehalose synthase  45.09 
 
 
1137 aa  922  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0765728  normal  0.0985799 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  45.37 
 
 
1137 aa  919  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  46.88 
 
 
1088 aa  998  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  51.68 
 
 
1105 aa  1166  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  44.47 
 
 
1100 aa  931  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0211  trehalose synthase  52.36 
 
 
1105 aa  1189  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1485  trehalose synthase-like  51.98 
 
 
1108 aa  1127  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  47.69 
 
 
1088 aa  986  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  50.14 
 
 
1130 aa  1123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  45.85 
 
 
1085 aa  873  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  45.04 
 
 
1137 aa  918  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  44.18 
 
 
1093 aa  905  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5121  trehalose synthase-like protein  57.04 
 
 
596 aa  645  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  49.55 
 
 
1121 aa  1079  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0136  trehalose synthase  100 
 
 
1116 aa  2311  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  47.22 
 
 
1115 aa  997  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3101  trehalose synthase  61.41 
 
 
553 aa  724  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2782  trehalose synthase  52.26 
 
 
1098 aa  1182  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  45.04 
 
 
1137 aa  918  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  48.19 
 
 
1092 aa  1000  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0678  trehalose synthase  59.18 
 
 
556 aa  674  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.026654  normal  0.804097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1784  trehalose synthase  43.83 
 
 
1106 aa  894  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0687531  normal  0.178352 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  43.76 
 
 
1131 aa  898  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  43.96 
 
 
1131 aa  902  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2310  trehalose synthase  41.55 
 
 
1098 aa  748  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.178439  normal  0.197937 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5501  trehalose synthase  57.04 
 
 
596 aa  644  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0931844  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  43.76 
 
 
1131 aa  898  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0541  trehalose synthase  44.15 
 
 
1061 aa  877  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00661441  normal  0.174056 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  60.55 
 
 
553 aa  723  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  48.42 
 
 
1102 aa  1003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3154  putative trehalose synthase  43.96 
 
 
1100 aa  870  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2294  trehalose synthase  45.34 
 
 
1100 aa  926  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00139705  decreased coverage  8.83241e-07 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  44.56 
 
 
1110 aa  928  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1051  trehalose synthase  58.5 
 
 
572 aa  681  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.828904  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  48.46 
 
 
1102 aa  1009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  61.58 
 
 
548 aa  701  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3263  trehalose synthase  52.8 
 
 
1121 aa  1215  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  53.46 
 
 
1098 aa  1191  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1808  trehalose synthase  58.9 
 
 
571 aa  669  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0813826  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1816  trehalose synthase  43.9 
 
 
1105 aa  900  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.482452 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  55.99 
 
 
1108 aa  1236  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5210  trehalose synthase  57.04 
 
 
596 aa  645  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3658  trehalose synthase  44.91 
 
 
1106 aa  905  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100309  hitchhiker  0.000190821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  47.69 
 
 
1088 aa  986  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  45.82 
 
 
1136 aa  933  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2022  trehalose synthase  46.2 
 
 
1142 aa  964  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  43.76 
 
 
1131 aa  898  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  43.76 
 
 
1131 aa  898  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  44.12 
 
 
1101 aa  925  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1465  trehalose synthase-like  44.92 
 
 
1088 aa  946  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0248  trehalose synthase  59.16 
 
 
682 aa  676  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  43.67 
 
 
1131 aa  896  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2490  Alpha amylase, catalytic region  42.96 
 
 
1108 aa  896  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0584  trehalose synthase  57.64 
 
 
606 aa  664  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4228  alpha amylase domain-containing protein  44.16 
 
 
1121 aa  927  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  42.64 
 
 
1095 aa  894  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1208  alpha amylase  44.68 
 
 
1094 aa  930  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  47.77 
 
 
1104 aa  1025  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  43.79 
 
 
1113 aa  921  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0035  trehalose synthase  54.95 
 
 
1109 aa  1212  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  48.46 
 
 
1102 aa  1008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7033  glycoside hydrolase family protein  44.92 
 
 
1138 aa  903  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160404  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  51.49 
 
 
1139 aa  1153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3584  trehalose synthase  59.56 
 
 
601 aa  687  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  52.38 
 
 
1100 aa  1174  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2859  trehalose synthase  57.93 
 
 
577 aa  668  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2361  alpha amylase family protein  53.71 
 
 
1111 aa  1237  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.124946  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4059  trehalose synthase  43.74 
 
 
1106 aa  896  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0874  trehalose synthase  55.58 
 
 
591 aa  652  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_003296  RS05183  hypothetical protein  44.13 
 
 
1160 aa  910  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0584538  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2716  trehalose synthase  52.31 
 
 
964 aa  657  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4101  trehalose synthase  56.1 
 
 
610 aa  659  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  47.69 
 
 
1114 aa  1100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8141  trehalose synthase  58.26 
 
 
567 aa  673  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2761  alpha-amylase family protein  42.67 
 
 
1108 aa  893  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.142181  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  63.47 
 
 
551 aa  741  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  52.51 
 
 
1098 aa  1191  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  57.07 
 
 
551 aa  676  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  61.22 
 
 
572 aa  721  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3202  trehalose synthase  61.41 
 
 
572 aa  725  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169478  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3679  trehalose synthase-like  58.4 
 
 
574 aa  661  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  44.15 
 
 
1154 aa  924  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  46.61 
 
 
1109 aa  976  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  45.28 
 
 
1100 aa  943  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2160  trehalose synthase-like  46.91 
 
 
1112 aa  996  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1418  trehalose synthase-like protein  42.69 
 
 
1134 aa  888  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  44.63 
 
 
1108 aa  909  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  44.29 
 
 
1100 aa  914  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4051  trehalose synthase  43.52 
 
 
1164 aa  920  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1605  Alpha amylase, catalytic region  46.59 
 
 
1100 aa  998  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>