More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0128 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  45.31 
 
 		 861 aa  774    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  46.95 
 
 		 877 aa  767    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  51.89 
 
 		 896 aa  931    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  100 
 
 		 871 aa  1780    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  47.3 
 
 		 855 aa  808    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  44.85 
 
 		 902 aa  749    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  90.72 
 
 		 872 aa  1604    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40.95 
 
 		 847 aa  600  1e-170  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  39.67 
 
 		 896 aa  571  1e-161  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  54.36 
 
 		 534 aa  561  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.51 
 
 		 815 aa  546  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  38.45 
 
 		 851 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  39.24 
 
 		 837 aa  534  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  43.63 
 
 		 646 aa  524  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  38.1 
 
 		 866 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  37.63 
 
 		 856 aa  510  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  36.99 
 
 		 833 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  36.77 
 
 		 871 aa  504  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  36.88 
 
 		 833 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.14 
 
 		 913 aa  500  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.88 
 
 		 822 aa  499  1e-139  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.77 
 
 		 813 aa  497  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  36.82 
 
 		 882 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  36.76 
 
 		 882 aa  496  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 883 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.07 
 
 		 833 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  37.16 
 
 		 848 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  37.32 
 
 		 881 aa  492  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  37.01 
 
 		 927 aa  489  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  36 
 
 		 865 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  36.35 
 
 		 832 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  38.18 
 
 		 845 aa  488  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  36.63 
 
 		 845 aa  488  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  35.85 
 
 		 932 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 847 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.01 
 
 		 818 aa  484  1e-135  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.17 
 
 		 867 aa  484  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.6 
 
 		 868 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.56 
 
 		 834 aa  481  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 847 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  36.19 
 
 		 893 aa  482  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  35.57 
 
 		 936 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  35.57 
 
 		 936 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.6 
 
 		 863 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.51 
 
 		 868 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  37.47 
 
 		 846 aa  476  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  37.05 
 
 		 840 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 895 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.87 
 
 		 940 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  36.02 
 
 		 927 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  35.11 
 
 		 949 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 853 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.71 
 
 		 866 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  35.73 
 
 		 901 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 911 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  34.5 
 
 		 900 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  35.34 
 
 		 918 aa  464  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.3 
 
 		 846 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  36.63 
 
 		 837 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  33.6 
 
 		 843 aa  458  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  36.11 
 
 		 886 aa  458  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.26 
 
 		 864 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  35.61 
 
 		 888 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.26 
 
 		 825 aa  446  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  35.47 
 
 		 825 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  34.49 
 
 		 914 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 930 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.13 
 
 		 837 aa  426  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.56 
 
 		 817 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  34.89 
 
 		 657 aa  360  7e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  36.65 
 
 		 658 aa  357  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.25 
 
 		 684 aa  353  7e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  35.33 
 
 		 658 aa  351  3e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  34.99 
 
 		 644 aa  350  6e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  35.16 
 
 		 656 aa  339  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  35.02 
 
 		 683 aa  337  3.9999999999999995e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.29 
 
 		 954 aa  335  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  31.97 
 
 		 939 aa  323  8e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  33.49 
 
 		 651 aa  321  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  34.6 
 
 		 914 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  32.87 
 
 		 651 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.08 
 
 		 299 aa  302  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.71 
 
 		 797 aa  284  5.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  44.71 
 
 		 737 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  44.23 
 
 		 789 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  35.77 
 
 		 759 aa  272  2e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.34 
 
 		 495 aa  264  4e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  34.72 
 
 		 763 aa  264  6e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  36.87 
 
 		 766 aa  262  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.49 
 
 		 477 aa  259  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  46.37 
 
 		 306 aa  259  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.92 
 
 		 815 aa  255  2.0000000000000002e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  36.45 
 
 		 845 aa  254  7e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  35.59 
 
 		 758 aa  251  5e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  35.59 
 
 		 758 aa  251  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 		 758 aa  251  5e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.63 
 
 		 816 aa  250  9e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.5 
 
 		 858 aa  247  6.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  42.27 
 
 		 726 aa  246  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  39.86 
 
 		 303 aa  245  3e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>