46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0112 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0112  putative transmembrane protein  100 
 
 		 146 aa  295  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0093  hypothetical protein  89.73 
 
 		 188 aa  271  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000564586 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2315  putative transmembrane protein  36.11 
 
 		 184 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.49097  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1668  putative transmembrane protein  34.03 
 
 		 182 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.177896 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2786  putative transmembrane protein  35 
 
 		 180 aa  94.4  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000254813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0901  putative transmembrane protein  35.92 
 
 		 178 aa  93.2  9e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0767133  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2462  putative transmembrane protein  37.88 
 
 		 199 aa  92.8  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  0.0703226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0937  hypothetical protein  34.53 
 
 		 202 aa  87  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.650732  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3745  putative transmembrane protein  35.66 
 
 		 200 aa  86.3  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1551  hypothetical protein  31.69 
 
 		 217 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1267  putative transmembrane protein  35.92 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4009  hypothetical protein  30.43 
 
 		 178 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.898368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1561  hypothetical protein  28.28 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1230  putative transmembrane protein  35.37 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4007  hypothetical protein  31.69 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0778  putative transmembrane protein  26.57 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4601  putative transmembrane protein  36.99 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0346452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4467  putative transmembrane protein  36.99 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00546453  normal  0.335651 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2371  hypothetical protein  31.16 
 
 		 170 aa  63.5  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.221129 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3846  hypothetical protein  30.28 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5029  putative transmembrane protein  31.67 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.313273  normal  0.903322 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0665  hypothetical protein  26.62 
 
 		 167 aa  60.1  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01895  putative transmembrane protein  33.08 
 
 		 188 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0216755  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3849  hypothetical protein  29.29 
 
 		 171 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125049  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2951  hypothetical protein  24.82 
 
 		 179 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.64578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0768  hypothetical protein  22.37 
 
 		 176 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3339  hypothetical protein  27.08 
 
 		 174 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5028  hypothetical protein  27.08 
 
 		 265 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.966496  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4957  hypothetical protein  27.08 
 
 		 235 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3482  hypothetical protein  23.57 
 
 		 220 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0571375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3486  hypothetical protein  24.48 
 
 		 207 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515879  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2755  hypothetical protein  23.61 
 
 		 172 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.180367  normal  0.0107681 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3615  hypothetical protein  24.48 
 
 		 207 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0819  hypothetical protein  24.48 
 
 		 207 aa  42.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3616  hypothetical protein  26.06 
 
 		 236 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4437  hypothetical protein  26.57 
 
 		 235 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000924263 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02456  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359023  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3842  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00682027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2887  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0165509  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2990  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0324821  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5256  hypothetical protein  26.57 
 
 		 173 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.631222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1080  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.072427  hitchhiker  0.000310678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02492  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.428516  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2762  hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655824  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1071  conserved hypothetical protein  23.29 
 
 		 172 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0222313  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1282  hypothetical protein  25.17 
 
 		 186 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>