More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0085 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0068  hypothetical protein  92.78 
 
 
389 aa  740    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.19832e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0085  hypothetical protein  100 
 
 
389 aa  790    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3621  hypothetical protein  74.04 
 
 
389 aa  587  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0084  hypothetical protein  69.15 
 
 
391 aa  548  1e-155  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.928121  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3433  hypothetical protein  66.93 
 
 
391 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0455  hypothetical protein  63.4 
 
 
387 aa  489  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1884  hypothetical protein  38.04 
 
 
395 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.228041  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2134  hypothetical protein  39.24 
 
 
391 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1048  hypothetical protein  39.09 
 
 
392 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2474  hypothetical protein  37.66 
 
 
393 aa  246  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.651343  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1016  hypothetical protein  38.48 
 
 
392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2341  hypothetical protein  38.42 
 
 
392 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0772  hypothetical protein  35.38 
 
 
389 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4642  hypothetical protein  37.77 
 
 
387 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2412  hypothetical protein  36.72 
 
 
392 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6440  hypothetical protein  36.65 
 
 
387 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0145661 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1145  hypothetical protein  35.17 
 
 
391 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0013509  normal  0.0789492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3457  hypothetical protein  36.62 
 
 
390 aa  217  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.171276  hitchhiker  0.0000085327 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1794  hypothetical protein  34.55 
 
 
393 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000759831  normal  0.944472 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0513  aminotransferase  34.6 
 
 
392 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1564  aminotransferase class I and II  33.52 
 
 
400 aa  186  5e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01830  arylformamidase, putative  31.22 
 
 
451 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2542  aminotransferase, class I and II  32.77 
 
 
399 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3898  aminotransferase, class I and II  30.92 
 
 
409 aa  172  5.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.157846 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1664  aminotransferase, class I and II  31.42 
 
 
403 aa  167  4e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0535  aminotransferase class I and II  31.98 
 
 
401 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.169316  normal  0.0112885 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2661  aspartate aminotransferase  30.89 
 
 
402 aa  162  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.975518  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2709  aspartate aminotransferase  31.02 
 
 
405 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0229127 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0292  aspartate aminotransferase  30.27 
 
 
400 aa  160  3e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24020  aspartate aminotransferase  30.6 
 
 
414 aa  157  3e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.871071  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1066  aminotransferase, class I and II  31.45 
 
 
401 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.824593 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1877  aminotransferase class I and II  29.19 
 
 
402 aa  155  1e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0236  aminotransferase, class I and II  28.89 
 
 
388 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0185  aminotransferase, class I and II  28.76 
 
 
388 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000603276  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1684  aspartate aminotransferase  30.52 
 
 
396 aa  155  2e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.121725  normal  0.0684909 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1578  aspartate aminotransferase  26.87 
 
 
387 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.776902  hitchhiker  0.00064422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1196  aspartate aminotransferase  25.65 
 
 
388 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4126  aromatic amino acid aminotransferase  27.62 
 
 
394 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3695  aspartate aminotransferase  26.25 
 
 
391 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2997  aspartate aminotransferase  30.13 
 
 
409 aa  151  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0081  aminotransferase, class I and II  28.34 
 
 
398 aa  150  3e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5107  aminotransferase class I and II  28.46 
 
 
405 aa  149  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294065  normal  0.505049 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1124  aspartate aminotransferase  32.05 
 
 
398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1225  aspartate aminotransferase  25.33 
 
 
391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0907  aspartate aminotransferase  28.76 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.149386 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21060  aspartate aminotransferase  30.08 
 
 
410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1342  aspartate aminotransferase  31.69 
 
 
398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1546  aspartate aminotransferase  29.27 
 
 
398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.623747  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1153  aminotransferase  31.79 
 
 
398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0958  aspartate aminotransferase  30.92 
 
 
381 aa  146  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1888  aminotransferase  28.29 
 
 
370 aa  145  9e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17330  aspartate aminotransferase  29.08 
 
 
402 aa  145  2e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0436  aspartate aminotransferase  25.56 
 
 
381 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1308  aspartate aminotransferase  30.21 
 
 
379 aa  143  5e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2679  aminotransferase class I and II  27.91 
 
 
411 aa  142  8e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4358  aminotransferase class I and II  29.27 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0542  aminotransferase, class I and II  29.67 
 
 
367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0515807  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03600  aspartate aminotransferase  28.43 
 
 
411 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2403  aminotransferase class I and II  27.04 
 
 
387 aa  140  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0215397  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6064  aspartate aminotransferase  29.35 
 
 
402 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0673  aspartate aminotransferase  27.05 
 
 
415 aa  139  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.185971  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1220  putative aspartate transaminase  27.49 
 
 
412 aa  139  7e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000208657 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1565  aminotransferase class I and II  30.29 
 
 
377 aa  138  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1584  aspartate aminotransferase  28.49 
 
 
379 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.697592  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3463  aminotransferase  30.05 
 
 
393 aa  137  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0107968 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10418  predicted protein  27.62 
 
 
375 aa  138  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00425999  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1516  aminotransferase, class I and II  30.29 
 
 
377 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1620  aspartate aminotransferase  28.61 
 
 
401 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.83573  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0323  aspartate aminotransferase  28.65 
 
 
417 aa  138  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.00219132  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0755  aspartate aminotransferase  26.51 
 
 
395 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1153  aminotransferase class I and II  28.29 
 
 
397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.454468  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6643  aspartate aminotransferase  28.45 
 
 
413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0962  aminotransferase  28.37 
 
 
393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.124285 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0443  aspartate aminotransferase  26.54 
 
 
384 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3837  aminotransferase A  27.92 
 
 
387 aa  136  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.995763  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2218  aminotransferase class I and II  30.27 
 
 
382 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.156784  normal  0.455276 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1144  aspartate aminotransferase  29.33 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.859107  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3133  aminotransferase  28.57 
 
 
370 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.367697  normal  0.475875 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1200  aminotransferase, class I and II  28.21 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.162477  normal  0.0266801 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0680  aspartate aminotransferase  29.61 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0770  aminotransferase, class I and II  28.32 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0102863 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0348  transaminase  28.57 
 
 
392 aa  135  9.999999999999999e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6805  aspartate aminotransferase  29.77 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.19657  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4115  aminotransferase A  29.23 
 
 
387 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3512  hypothetical protein  27.87 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1080  aminotransferase class I and II  27.58 
 
 
401 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.695177  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3766  aminotransferase A  27.66 
 
 
387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1170  aminotransferase class I and II  29.14 
 
 
412 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4596  putative aminotransferase  30.58 
 
 
382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.438457  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4060  aminotransferase A  27.92 
 
 
387 aa  133  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4723  hypothetical protein  27.91 
 
 
396 aa  133  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0201  hypothetical protein  27.96 
 
 
396 aa  133  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.39659  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0255  aminotransferase, class I and II  27.66 
 
 
411 aa  133  5e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10411  aspartate aminotransferase  27.42 
 
 
401 aa  133  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4527  aminotransferase class I and II  28.69 
 
 
415 aa  133  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1411  aminotransferase class I and II  28.89 
 
 
393 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4133  aminotransferase A  27.66 
 
 
385 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.562408  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1124  aminotransferase A  27.41 
 
 
387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0054  aminotransferase, class I and II  25.28 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.848733 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0376  aminotransferase, class I and II  27.69 
 
 
373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.276364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>