More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0074 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0074  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  100 
 
 
258 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3793  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  63.92 
 
 
261 aa  319  3e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0543422  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4497  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  54.09 
 
 
268 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.163163 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1428  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  49.41 
 
 
263 aa  247  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.489476  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4099  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  50 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.671981 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1029  cobyrinic acid ac-diamide synthase  50 
 
 
252 aa  234  9e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.554413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04470  Carbon monoxide dehydrogenae assesory protein, CooC  48.02 
 
 
266 aa  227  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.788733  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1681  cobyrinic acid ac-diamide synthase  42.05 
 
 
260 aa  221  7e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00843819  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1269  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.71 
 
 
253 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.328604  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0797  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.67 
 
 
260 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.123163  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0303  cobyrinic acid ac-diamide synthase  43.4 
 
 
260 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0219  cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.67 
 
 
260 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.321933  normal  0.962999 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0554  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.12 
 
 
263 aa  211  7.999999999999999e-54  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0371044  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0107  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.79 
 
 
251 aa  206  4e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1204  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  45.09 
 
 
249 aa  203  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0038  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  42.69 
 
 
260 aa  201  7e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1010  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.19 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0143  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.68 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2799  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.14 
 
 
255 aa  193  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.14 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0692  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  45.41 
 
 
259 aa  171  1e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00303671  normal  0.102031 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1313  CODH nickel-insertion accessory protein  44.24 
 
 
213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.880069  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1375  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.17 
 
 
265 aa  162  6e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.316103 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0885  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.07 
 
 
281 aa  162  7e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.810765  normal  0.749714 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0846  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.69 
 
 
300 aa  160  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0221899  normal  0.32789 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2256  CODH nickel-insertion accessory protein  40.18 
 
 
223 aa  159  4e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197048  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0617  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  41 
 
 
290 aa  152  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0058  CO dehydrogenase maturation factor  39.13 
 
 
290 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000462787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2097  carbon monoxide dehydrogenase accessory protein, putative  40.58 
 
 
284 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1235  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.79 
 
 
258 aa  146  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00902647  normal  0.593653 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0381  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.17 
 
 
275 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0933  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  42.35 
 
 
258 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.7514  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3029  carbon monoxide dehydrogenase accessory protein CooC, putative  38.89 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2232  carbon monoxide dehydrogenase accessory protein CooC, putative  39.2 
 
 
283 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1440  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.5 
 
 
250 aa  122  7e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2391  hypothetical protein  31.53 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.597516  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0224  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.84 
 
 
250 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.534474  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1676  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.02 
 
 
250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0308  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.02 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0704532  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0802  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.02 
 
 
250 aa  116  3e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0289  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.91 
 
 
253 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1132  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.4 
 
 
293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.382082  normal  0.362539 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0244  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.59 
 
 
258 aa  113  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0713791  normal  0.92182 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0431  carbon-monoxide dehydrogenase accessory protein  38.61 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.118892  normal  0.958218 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1885  CODH nickel-insertion accessory protein  33.51 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.401837  normal  0.650281 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0201  nitrogenase iron protein  35.71 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000834701  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37 
 
 
250 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000822608  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0506  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.63 
 
 
258 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1274  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.4 
 
 
252 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000167527  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0874  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.78 
 
 
258 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1413  nitrogenase reductase related protein  27.59 
 
 
258 aa  103  2e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.475078  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1091  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.57 
 
 
254 aa  103  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000055289  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0511  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.94 
 
 
249 aa  103  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357895  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1191  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.92 
 
 
258 aa  101  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0163515 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0059  CODH nickel-insertion accessory protein  30.87 
 
 
271 aa  100  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0339  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.89 
 
 
250 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0808  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.85 
 
 
274 aa  96.3  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131067  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0072  hypothetical protein  32.43 
 
 
325 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2794  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.8 
 
 
251 aa  94  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1780  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.34 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.183966  hitchhiker  0.000314302 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1463  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.34 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.886751  normal  0.0311446 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0606  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.34 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.119561  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2510  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.31 
 
 
257 aa  90.9  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.510145  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2848  hypothetical protein  32.67 
 
 
325 aa  90.9  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.933644  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7191  hypothetical protein  33.49 
 
 
334 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1199  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 
249 aa  87  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1096  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.81 
 
 
265 aa  85.1  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1488  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.51 
 
 
252 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000754699  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0754  putative ATP-binding protein  29.82 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4886  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  33.03 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0638  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  31.31 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0331  nitrogenase reductase related protein  29.41 
 
 
212 aa  82.4  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.3746  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1355  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.67 
 
 
318 aa  82  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0669  carbon monoxide dehydrogenase nickel-insertion accessory protein  30.29 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0703  carbon monoxide dehydrogenase nickel-insertion accessory protein  30.29 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3613  putative ATP-binding protein  32.11 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_607  carbon monoxide dehydrogenase nickel-insertion accessory protein  29.81 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9286  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  31.96 
 
 
321 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0342  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.89 
 
 
259 aa  79  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0691  CODH nickel-insertion accessory protein  27.07 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.071672  normal  0.103443 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3517  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  30.48 
 
 
314 aa  77  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2542  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.84 
 
 
146 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.2409 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2777  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.69 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1374  CODH nickel-insertion accessory protein  28.88 
 
 
259 aa  68.6  0.00000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.329731 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2761  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.65 
 
 
250 aa  68.6  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1763  septum site-determining protein MinD  27.64 
 
 
271 aa  53.1  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000014274  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3210  chromosome segregation ATPase  48.48 
 
 
255 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1384  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.09 
 
 
263 aa  50.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  55.1 
 
 
435 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  55.1 
 
 
435 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3120  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.78 
 
 
307 aa  50.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000136524  normal  0.126924 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0378  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.34 
 
 
276 aa  49.7  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3043  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.09 
 
 
263 aa  49.7  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.025517 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.32 
 
 
397 aa  49.7  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1389  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.25 
 
 
263 aa  49.7  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.170838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1349  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.09 
 
 
263 aa  49.3  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1305  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.09 
 
 
263 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1372  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.09 
 
 
263 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1442  chromosome partitioning ATPase  55.1 
 
 
323 aa  48.9  0.00009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.526471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  58 
 
 
408 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>