More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0053 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  100 
 
 		 333 aa  676    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  88.96 
 
 		 333 aa  532  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  63.18 
 
 		 434 aa  246  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3037  OmpA/MotB domain protein  62.19 
 
 		 432 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0689  OmpA/MotB domain protein  49 
 
 		 443 aa  189  7e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000828786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  69.49 
 
 		 417 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  60.34 
 
 		 466 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  57.26 
 
 		 429 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  52.8 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  56.41 
 
 		 447 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  53.45 
 
 		 457 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  50.96 
 
 		 210 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  47.66 
 
 		 344 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  46.09 
 
 		 344 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  54.37 
 
 		 427 aa  123  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  46.88 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  46.88 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  42.41 
 
 		 468 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  46.88 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  48.31 
 
 		 459 aa  119  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  45.31 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  49.04 
 
 		 351 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  45.38 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  45.31 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  53.92 
 
 		 209 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  45.31 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  50 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  45.31 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  44.27 
 
 		 459 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  44.44 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  51.96 
 
 		 440 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  50.49 
 
 		 376 aa  106  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6933  OmpA/MotB domain protein  48.72 
 
 		 630 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2821  OmpA/MotB domain-containing protein  45.95 
 
 		 236 aa  102  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  46.73 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  43.22 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000218101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  44.25 
 
 		 380 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03195  Thrombospondin type 3 repeat:OmpA/MotB  50.5 
 
 		 478 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.889374  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  44.19 
 
 		 375 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0338  outer membrane protein  43.65 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000725554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2769  OmpA/MotB domain protein  45.95 
 
 		 215 aa  99.8  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2042  OmpA/MotB  48.04 
 
 		 286 aa  99  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  42.86 
 
 		 381 aa  98.6  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000977039  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0372  OmpA/MotB  42.86 
 
 		 392 aa  98.6  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000120544  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5600  OmpA/MotB domain protein  46.08 
 
 		 537 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.372086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  45.37 
 
 		 261 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  45.37 
 
 		 261 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2768  OmpA/MotB  47.52 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.961309  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4460  peptidoglycan-associated lipoprotein  35.03 
 
 		 168 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.298566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  48.04 
 
 		 296 aa  97.1  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0305  OmpA/MotB domain protein  46.53 
 
 		 169 aa  96.3  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.270512  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4205  OmpA/MotB domain protein  40.74 
 
 		 427 aa  96.7  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  44.55 
 
 		 224 aa  96.3  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  44.35 
 
 		 209 aa  95.9  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2993  outer membrane protein  30.7 
 
 		 712 aa  95.9  9e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  36.8 
 
 		 359 aa  95.9  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  44.12 
 
 		 218 aa  95.5  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6431  OmpA/MotB domain protein  45.69 
 
 		 449 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  43.52 
 
 		 260 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  46.53 
 
 		 212 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3730  OmpA/MotB domain protein  40.8 
 
 		 440 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0958  ompA family protein  42.16 
 
 		 352 aa  93.6  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1602  outer membrane protein OprF  34.88 
 
 		 240 aa  94  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0546  OmpA/MotB domain-containing protein  44.44 
 
 		 205 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.42623 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3787  putative outer membrane lipoprotein  46.08 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0019  putative outer membrane lipoprotein  46.08 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.45375  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4135  putative outer membrane lipoprotein  46.08 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0120  OmpA/MotB domain protein  43.14 
 
 		 218 aa  93.6  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0244  outer membrane protein  46.08 
 
 		 331 aa  93.2  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.930623 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  42.99 
 
 		 337 aa  93.2  6e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1152  OmpA family protein  44.44 
 
 		 233 aa  92.8  7e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000620554  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  43.48 
 
 		 209 aa  92.8  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1284  OmpA/MotB domain protein  40.28 
 
 		 456 aa  92.4  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  42.59 
 
 		 260 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1035  OmpA/MotB domain protein  41.38 
 
 		 360 aa  92  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1563  OmpA/MotB domain protein  42.57 
 
 		 231 aa  92  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398665  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0843  OmpA/MotB  48.57 
 
 		 1619 aa  92  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.516542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1944  OmpA/MotB domain protein  37.8 
 
 		 445 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000859012 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4347  OmpA/MotB domain protein  39.81 
 
 		 206 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  40.98 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000651702  n/a   
 
 
 
NC_007517  Gmet_2727  OmpA/MotB  44.55 
 
 		 398 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2733  OmpA/MotB  45.1 
 
 		 377 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0140281  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2141  outer membrane protein  41.59 
 
 		 510 aa  91.7  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.496848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  42.61 
 
 		 209 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4325  OmpA/MotB domain protein  39.81 
 
 		 206 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  42.59 
 
 		 261 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0062  putative outer membrane lipoprotein  45.1 
 
 		 220 aa  90.9  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2956  OmpA domain-containing protein  44.55 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4193  OmpA/MotB family outer membrane protein  39.81 
 
 		 248 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0172  putative outer membrane lipoprotein  43.14 
 
 		 220 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1782  OmpA/MotB domain-containing protein  43.14 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000133592  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2617  OmpA family protein  42.16 
 
 		 225 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0379  OmpA/MotB domain-containing protein  43.69 
 
 		 403 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000108544  hitchhiker  0.000354369 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1731  OmpA/MotB domain protein  45.19 
 
 		 623 aa  90.1  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.134193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  48.04 
 
 		 542 aa  89.7  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  46.53 
 
 		 374 aa  90.1  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0763  OmpA/MotB domain-containing protein  46.53 
 
 		 189 aa  89.7  5e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000067511  unclonable  1.30394e-19 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1651  fibronectin-binding protein  37.4 
 
 		 319 aa  89.7  6e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1016  OmpA/MotB domain protein  43.48 
 
 		 217 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000464743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2067  OmpA/MotB domain protein  41.58 
 
 		 216 aa  89.7  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.697357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>