More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_2880 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_2880  shikimate kinase  100 
 
 		 188 aa  389  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  71.19 
 
 		 192 aa  263  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  37.72 
 
 		 166 aa  107  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  38.82 
 
 		 178 aa  106  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  36.22 
 
 		 191 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  36.63 
 
 		 187 aa  104  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  38.22 
 
 		 184 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  38.22 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  35.63 
 
 		 196 aa  101  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  41.18 
 
 		 206 aa  101  8e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  36.52 
 
 		 208 aa  101  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.65 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  37.58 
 
 		 184 aa  99.4  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  32.8 
 
 		 196 aa  99  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  36.21 
 
 		 197 aa  98.6  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  41.22 
 
 		 216 aa  98.2  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  36.94 
 
 		 184 aa  97.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  36.75 
 
 		 209 aa  97.8  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  36.94 
 
 		 184 aa  97.8  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  36.94 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  36.94 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  36.94 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  36.94 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  36.94 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  38.67 
 
 		 169 aa  96.3  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  35.67 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  36.14 
 
 		 199 aa  96.7  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  36.31 
 
 		 184 aa  95.9  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  35.06 
 
 		 192 aa  96.3  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38 
 
 		 593 aa  95.9  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  35.12 
 
 		 172 aa  95.5  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  36.21 
 
 		 181 aa  95.5  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  33.91 
 
 		 196 aa  95.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  35.03 
 
 		 183 aa  95.1  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.73 
 
 		 173 aa  94.7  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  38.24 
 
 		 195 aa  94.7  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  32.53 
 
 		 185 aa  94.7  7e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  35.12 
 
 		 168 aa  94.7  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.64 
 
 		 180 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  37.65 
 
 		 179 aa  93.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  33.73 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 179 aa  93.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.76 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  37.29 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  38 
 
 		 169 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  47.17 
 
 		 172 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  37.29 
 
 		 179 aa  92  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  32.42 
 
 		 181 aa  92.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  38.62 
 
 		 229 aa  92  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  32.42 
 
 		 193 aa  92.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  39.01 
 
 		 172 aa  92  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  33.72 
 
 		 224 aa  91.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1039  Shikimate kinase  36.08 
 
 		 162 aa  91.7  5e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0118821  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  34.48 
 
 		 219 aa  91.7  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.76 
 
 		 594 aa  91.3  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.09 
 
 		 187 aa  91.3  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.09 
 
 		 187 aa  91.3  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  38.36 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.93 
 
 		 170 aa  90.9  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  37.33 
 
 		 169 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  35.47 
 
 		 237 aa  90.5  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  34.88 
 
 		 171 aa  90.9  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  36.69 
 
 		 171 aa  90.9  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3058  3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 532 aa  89.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0279861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  44.76 
 
 		 172 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  46.6 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  39.01 
 
 		 172 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  39.01 
 
 		 172 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  32.09 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  40.41 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  34.29 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  35.47 
 
 		 171 aa  89  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  32.95 
 
 		 173 aa  89  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  43.81 
 
 		 172 aa  89  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  34.29 
 
 		 181 aa  89  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  35.33 
 
 		 200 aa  88.6  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  40 
 
 		 172 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  35.33 
 
 		 217 aa  88.6  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  30.91 
 
 		 171 aa  88.2  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  36.62 
 
 		 169 aa  88.2  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  39.06 
 
 		 203 aa  88.2  7e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  40.15 
 
 		 172 aa  87.8  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  36 
 
 		 180 aa  87.8  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  32.54 
 
 		 172 aa  87.8  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  36.16 
 
 		 171 aa  87.8  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  36.24 
 
 		 173 aa  87.8  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.93 
 
 		 199 aa  87.8  9e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36.6 
 
 		 175 aa  87.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34.5 
 
 		 200 aa  87  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  35.71 
 
 		 191 aa  87  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  48.35 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  47.25 
 
 		 204 aa  87  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 458 aa  86.3  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  33.33 
 
 		 190 aa  86.7  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  34.09 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  34.09 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  34.09 
 
 		 171 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  34.09 
 
 		 171 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.92 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  34.09 
 
 		 171 aa  87  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>