More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0191 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  100 
 
 
386 aa  772    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  60.52 
 
 
389 aa  463  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  43.48 
 
 
511 aa  168  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  41.33 
 
 
519 aa  155  8e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  39.46 
 
 
327 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  43.58 
 
 
219 aa  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  37.27 
 
 
225 aa  137  2e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  43.58 
 
 
358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  45.25 
 
 
365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  38.69 
 
 
569 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  42.02 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  38.12 
 
 
356 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  39.55 
 
 
554 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  43.15 
 
 
342 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  42.86 
 
 
224 aa  119  7e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  43.15 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  37.67 
 
 
227 aa  119  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  43.26 
 
 
226 aa  117  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  40.93 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  41.18 
 
 
235 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  41.18 
 
 
235 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  38.65 
 
 
281 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.96 
 
 
271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  44.9 
 
 
283 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  36.18 
 
 
228 aa  110  6e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  44.14 
 
 
223 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  37.97 
 
 
376 aa  106  6e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  33.67 
 
 
523 aa  106  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  44.9 
 
 
303 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  45 
 
 
268 aa  104  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  37.84 
 
 
348 aa  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  38.65 
 
 
286 aa  102  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  37.56 
 
 
248 aa  102  8e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  37.96 
 
 
289 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  37.96 
 
 
289 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  37.96 
 
 
289 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  39.23 
 
 
486 aa  101  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  45.32 
 
 
303 aa  101  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  33.7 
 
 
541 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  34.41 
 
 
487 aa  99.8  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  34.41 
 
 
487 aa  99.8  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  34.39 
 
 
303 aa  99.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  32.29 
 
 
230 aa  99  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0404  rhomboid family protein  34.55 
 
 
225 aa  98.6  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.613435  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  43.07 
 
 
224 aa  98.2  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  45.89 
 
 
287 aa  98.6  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  34.01 
 
 
396 aa  97.4  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  36.49 
 
 
284 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  33.93 
 
 
336 aa  96.3  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  36.54 
 
 
236 aa  95.9  1e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  33.64 
 
 
267 aa  95.9  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  38.1 
 
 
291 aa  94  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  32.95 
 
 
547 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  35.23 
 
 
513 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  41.55 
 
 
279 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  29.9 
 
 
556 aa  92.4  1e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  31.49 
 
 
292 aa  92  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  32.95 
 
 
541 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  33.51 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  41.56 
 
 
360 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  37.14 
 
 
625 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  37.14 
 
 
625 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  35.9 
 
 
298 aa  90.9  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.14 
 
 
625 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  32.67 
 
 
205 aa  90.5  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  40.26 
 
 
360 aa  90.1  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  34.88 
 
 
489 aa  89.4  9e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  40.91 
 
 
360 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  35.97 
 
 
356 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  36.7 
 
 
298 aa  88.2  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  34.89 
 
 
292 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  35.24 
 
 
293 aa  87.4  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  43.84 
 
 
306 aa  86.7  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  31.58 
 
 
669 aa  86.3  9e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  35.43 
 
 
625 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  38.13 
 
 
190 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  40.43 
 
 
290 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  31.53 
 
 
238 aa  84  0.000000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  36.69 
 
 
190 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  36.69 
 
 
190 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  35.29 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  35.16 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  34.53 
 
 
182 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  35.97 
 
 
190 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  35.97 
 
 
190 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  29.25 
 
 
263 aa  82.8  0.000000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  29.74 
 
 
315 aa  82.4  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  34.53 
 
 
190 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  33.52 
 
 
625 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  31.36 
 
 
515 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  32.06 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  35 
 
 
141 aa  81.3  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  35.44 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  44.44 
 
 
186 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_48028  predicted protein  33.77 
 
 
522 aa  80.5  0.00000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2186  rhomboid family protein  36.71 
 
 
270 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  32.3 
 
 
286 aa  80.5  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  39.38 
 
 
282 aa  80.1  0.00000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  28.4 
 
 
284 aa  80.1  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  32.34 
 
 
570 aa  79.3  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>