More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0108 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
207 aa  418  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  93.72 
 
 
207 aa  397  1e-110  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  77.78 
 
 
207 aa  340  7e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  76.81 
 
 
207 aa  336  1e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  76.33 
 
 
207 aa  335  3e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  68.6 
 
 
206 aa  282  3e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  67.15 
 
 
206 aa  278  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  66.16 
 
 
207 aa  276  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  66.16 
 
 
207 aa  276  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  61.35 
 
 
207 aa  273  9e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  64.65 
 
 
207 aa  274  9e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  63.29 
 
 
207 aa  273  1e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  60.87 
 
 
207 aa  273  1e-72  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  61.84 
 
 
207 aa  270  9e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  60.39 
 
 
207 aa  270  1e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.35339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  65.7 
 
 
206 aa  268  3e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  59.62 
 
 
208 aa  267  8e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  3.6372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  62.8 
 
 
207 aa  266  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  58.94 
 
 
205 aa  265  4e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  4.72593e-05  unclonable  1.97161e-28 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  62.32 
 
 
207 aa  263  9e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  62.32 
 
 
207 aa  262  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  65.38 
 
 
206 aa  261  4e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  63.29 
 
 
207 aa  261  5e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  58.25 
 
 
207 aa  258  3e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  58.94 
 
 
207 aa  255  3e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  59.13 
 
 
208 aa  251  6e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  60.39 
 
 
204 aa  248  4e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  60.39 
 
 
204 aa  248  6e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  56.52 
 
 
206 aa  243  1e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
208 aa  238  4e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  55.83 
 
 
207 aa  233  2e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  54.59 
 
 
207 aa  231  8e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  55.07 
 
 
208 aa  226  2e-58  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  52.68 
 
 
223 aa  224  6e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  51.69 
 
 
208 aa  222  3e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  51.21 
 
 
207 aa  221  5e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  53.85 
 
 
209 aa  221  6e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  50 
 
 
207 aa  219  2e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  53.96 
 
 
209 aa  219  2e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  51.58 
 
 
221 aa  218  4e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  52.24 
 
 
221 aa  214  5e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.17748e-06 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  52.94 
 
 
208 aa  213  1e-54  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  6.04234e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  51.24 
 
 
223 aa  211  4e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  48.31 
 
 
207 aa  205  3e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  49.76 
 
 
209 aa  205  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  48.2 
 
 
223 aa  204  1e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.24266e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  49.52 
 
 
222 aa  203  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  48.31 
 
 
207 aa  201  5e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  4.5126e-06  hitchhiker  1.48432e-09 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  48.54 
 
 
206 aa  201  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.69503e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  49.76 
 
 
215 aa  201  9e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  46.61 
 
 
221 aa  198  4e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  48.54 
 
 
206 aa  197  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.29639e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  50.72 
 
 
207 aa  197  1e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  3.92239e-05  decreased coverage  1.22182e-05 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
207 aa  196  2e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  48.54 
 
 
206 aa  196  2e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
206 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  46.92 
 
 
210 aa  196  3e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
206 aa  195  4e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 
208 aa  194  6e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  49.03 
 
 
206 aa  194  8e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  3.84651e-12  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  49.51 
 
 
212 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  45.93 
 
 
210 aa  191  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  46.41 
 
 
212 aa  191  6e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  47.57 
 
 
206 aa  191  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0251  50S ribosomal protein L4  45.5 
 
 
211 aa  191  8e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0248  50S ribosomal protein L4  45.5 
 
 
211 aa  191  8e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.890563  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  47.83 
 
 
214 aa  190  1e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1293  50S ribosomal protein L4  50.44 
 
 
235 aa  189  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  8.03665e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1393  50S ribosomal protein L4  50.44 
 
 
235 aa  189  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000162338  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 
209 aa  190  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  46.41 
 
 
208 aa  189  3e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  7.38717e-07  hitchhiker  5.90673e-07 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
206 aa  188  6e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  45.63 
 
 
209 aa  187  7e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  45.93 
 
 
210 aa  187  7e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_418  ribosomal protein L4  46.8 
 
 
210 aa  187  8e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00538527  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  48.31 
 
 
206 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1934  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
206 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0452  50S ribosomal protein L4  46.31 
 
 
210 aa  186  3e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000515236  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  45.85 
 
 
208 aa  185  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  45.63 
 
 
220 aa  185  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.30014e-06  hitchhiker  3.1805e-13 
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  45.81 
 
 
210 aa  184  6e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  46.31 
 
 
205 aa  183  2e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  45.41 
 
 
209 aa  182  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  46.39 
 
 
206 aa  182  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
207 aa  182  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.51414e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1227  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
217 aa  182  4e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150568  unclonable  1.01553e-05 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 
209 aa  182  4e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  6.71055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  46.91 
 
 
206 aa  181  5e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  48.45 
 
 
206 aa  181  5e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
210 aa  181  5e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  5.86581e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  49.05 
 
 
210 aa  181  5e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
207 aa  181  9e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  5.21211e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>