More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0074 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
333 aa  675    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  82.15 
 
 
332 aa  569  1e-161  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  81.54 
 
 
332 aa  560  1e-158  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  81.23 
 
 
332 aa  555  1e-157  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  81.23 
 
 
332 aa  554  1e-157  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  81.23 
 
 
332 aa  556  1e-157  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  80.62 
 
 
332 aa  555  1e-157  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  81.54 
 
 
332 aa  555  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  80.31 
 
 
332 aa  554  1e-157  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  81.23 
 
 
332 aa  555  1e-157  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  82.02 
 
 
324 aa  544  1e-154  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  82.02 
 
 
324 aa  544  1e-154  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  59.21 
 
 
333 aa  422  1e-117  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  59.18 
 
 
334 aa  406  1.0000000000000001e-112  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  60.19 
 
 
335 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.05 
 
 
328 aa  353  2e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  55.37 
 
 
325 aa  349  3e-95  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.97 
 
 
322 aa  348  9e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  53.65 
 
 
325 aa  345  5e-94  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  53.77 
 
 
347 aa  341  8e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.41 
 
 
320 aa  323  3e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  50.47 
 
 
324 aa  317  2e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  49.52 
 
 
319 aa  315  9e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  48.23 
 
 
318 aa  311  1e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  48.84 
 
 
326 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  48.84 
 
 
326 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  47.81 
 
 
322 aa  301  1e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  49.83 
 
 
325 aa  299  4e-80  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  45.17 
 
 
333 aa  299  5e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.19 
 
 
321 aa  288  6e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  50.18 
 
 
308 aa  281  1e-74  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.47 
 
 
358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 
334 aa  271  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  44.19 
 
 
333 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.72 
 
 
337 aa  260  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.47 
 
 
334 aa  259  6e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.36 
 
 
348 aa  258  1e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.03 
 
 
347 aa  258  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.72 
 
 
343 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  44.41 
 
 
336 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.59 
 
 
324 aa  255  7e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.54 
 
 
331 aa  255  8e-67  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  42.54 
 
 
350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.65 
 
 
325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.05 
 
 
329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.56 
 
 
342 aa  253  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41.88 
 
 
325 aa  252  7e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.91 
 
 
321 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.38 
 
 
328 aa  251  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.73 
 
 
381 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.24 
 
 
354 aa  250  3e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.29 
 
 
354 aa  249  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.77 
 
 
346 aa  249  6e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.3 
 
 
352 aa  247  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  40.99 
 
 
347 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.39 
 
 
351 aa  246  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.59 
 
 
326 aa  245  6e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.35 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.06 
 
 
347 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.28 
 
 
331 aa  244  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.38 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  41.72 
 
 
322 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.49 
 
 
356 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.78 
 
 
337 aa  242  5e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.21 
 
 
332 aa  242  6e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  41.32 
 
 
355 aa  242  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
353 aa  241  1e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.86 
 
 
317 aa  241  1e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.19 
 
 
343 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.43 
 
 
329 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.54 
 
 
332 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.01 
 
 
355 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.88 
 
 
343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.01 
 
 
355 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.7 
 
 
329 aa  239  4e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  39.55 
 
 
326 aa  239  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 
354 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.4 
 
 
327 aa  239  5e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  40.12 
 
 
330 aa  239  5e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
355 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
355 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.49 
 
 
317 aa  238  6.999999999999999e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
355 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
355 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 
355 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  40.76 
 
 
332 aa  238  9e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  42.3 
 
 
337 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.65 
 
 
345 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  42.3 
 
 
337 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
346 aa  238  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.69 
 
 
332 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  40.19 
 
 
356 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.75 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  41.69 
 
 
332 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.66 
 
 
327 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.86 
 
 
327 aa  236  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  41.97 
 
 
337 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 
332 aa  237  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  41.64 
 
 
337 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>