193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0052 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0052  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
93 aa  186  7e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0054  RNA-binding S4 domain protein  86.75 
 
 
90 aa  144  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0449701  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0055  S4 domain-containing protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0056  S4 domain-containing protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0052  heat shock protein 15  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000120975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0052  heat shock protein 15  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69267  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0062  S4 domain protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.244767  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0063  S4 domain protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0056  s4 domain-containing protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00178771  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0066  S4 domain protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0453623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5254  S4 domain protein  79.52 
 
 
91 aa  135  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00238131  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  79.52 
 
 
91 aa  134  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  78.31 
 
 
91 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.052055  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0144  S4 domain-containing protein  69.88 
 
 
87 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0400  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  67.9 
 
 
93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0528  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.68 
 
 
87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000233006  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0541  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.68 
 
 
87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000262722  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0012  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  64.04 
 
 
89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0263  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.9 
 
 
90 aa  109  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0184  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  65.85 
 
 
86 aa  108  3e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0272  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  67.09 
 
 
91 aa  106  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0008  S4 domain-containing protein  56.63 
 
 
91 aa  106  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.340534  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0010  S4 domain-containing protein  59.04 
 
 
90 aa  105  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0187  RNA-binding S4 domain protein  62.2 
 
 
100 aa  105  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0116  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.7 
 
 
80 aa  92.8  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0688  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.49 
 
 
81 aa  92.8  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0948167  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0134  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.49 
 
 
79 aa  92.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111292  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0084  hypothetical protein  56.96 
 
 
80 aa  92.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0649  RNA-binding S4 domain protein  51.9 
 
 
80 aa  91.3  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000916676  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2801  S4 domain-containing protein  52.44 
 
 
86 aa  88.6  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000568506  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2658  RNA-binding S4  56.58 
 
 
79 aa  85.9  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000195193  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3084  RNA-binding S4 domain protein  52.56 
 
 
79 aa  84.7  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000350444  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0220  RNA-binding S4 domain protein  48.19 
 
 
86 aa  84.3  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2487  S4 domain-containing protein  50 
 
 
86 aa  83.6  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000000325164  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0076  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.63 
 
 
88 aa  79.7  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0086  RNA-binding S4  53.09 
 
 
89 aa  78.2  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0510355  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0136  RNA-binding S4 domain protein  44.58 
 
 
90 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.170322  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1380  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.81 
 
 
77 aa  75.1  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.278565  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0093  RNA-binding S4 domain protein  46.25 
 
 
82 aa  73.9  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000415805  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0620  RNA-binding S4 domain protein  45.68 
 
 
81 aa  70.1  0.000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.215008  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1262  RNA-binding S4 domain protein  48.61 
 
 
83 aa  69.3  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1221  RNA-binding S4 domain protein  44 
 
 
89 aa  67.8  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000000180321  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0164  S4 domain protein  47.56 
 
 
87 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0343  RNA-binding S4 domain protein  47.56 
 
 
87 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.703045 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0753  S4 RNA-binding domain protein  46.97 
 
 
82 aa  64.7  0.0000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0965  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.84 
 
 
79 aa  63.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1066  S4 domain-containing protein  39.39 
 
 
81 aa  60.5  0.000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2068  RNA-binding S4 domain protein  44.44 
 
 
81 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0725  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 
77 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.149399  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0701  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 
77 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00584893  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1332  S4 domain-containing protein  43.94 
 
 
81 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0768  S4 domain-containing protein  43.94 
 
 
81 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.515789  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0693  S4 domain-containing protein  49.02 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1237  uroporphyrinogen decarboxylase  39.51 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0850  S4 domain-containing protein  41.27 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00127812  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1980  S4 domain-containing protein  49.02 
 
 
81 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  40.7 
 
 
135 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  41.18 
 
 
130 aa  53.9  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  39.74 
 
 
128 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  51.92 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 
139 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  41.56 
 
 
133 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.46 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.74 
 
 
141 aa  50.4  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.46 
 
 
138 aa  50.1  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  40 
 
 
131 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1152  RNA-binding S4  32.93 
 
 
82 aa  50.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.77 
 
 
100 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  37.66 
 
 
141 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  39.24 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  39.74 
 
 
132 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  37.5 
 
 
124 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.18 
 
 
149 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  41.27 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  40 
 
 
131 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  37.18 
 
 
135 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  39.74 
 
 
131 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  35.44 
 
 
127 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  37.18 
 
 
135 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.18 
 
 
135 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  29.07 
 
 
128 aa  48.5  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  46.15 
 
 
146 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.46 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  41.77 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.46 
 
 
133 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  46.94 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.94 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.94 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.46 
 
 
133 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.28 
 
 
93 aa  47.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  40.51 
 
 
98 aa  47.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  38.46 
 
 
132 aa  47.4  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  35.9 
 
 
137 aa  47.8  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  46.15 
 
 
142 aa  47.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.25 
 
 
98 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  41.27 
 
 
140 aa  47.4  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.14 
 
 
135 aa  47  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.18 
 
 
133 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  37.18 
 
 
133 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.12 
 
 
130 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>