279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_2965 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 437 aa  898    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  64.22 
 
 		 435 aa  580  1e-164  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  45.31 
 
 		 435 aa  377  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  44.39 
 
 		 435 aa  372  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  43.94 
 
 		 435 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  44.39 
 
 		 435 aa  371  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  43.94 
 
 		 435 aa  369  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  43.94 
 
 		 435 aa  369  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  45.54 
 
 		 435 aa  371  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  43.71 
 
 		 435 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  43.71 
 
 		 435 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  43.71 
 
 		 435 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  43.71 
 
 		 454 aa  365  1e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.04 
 
 		 453 aa  302  7.000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.26 
 
 		 472 aa  296  4e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  36.46 
 
 		 461 aa  286  5e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.55 
 
 		 479 aa  284  3.0000000000000004e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.76 
 
 		 470 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  35.45 
 
 		 461 aa  278  1e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  35.58 
 
 		 474 aa  271  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15850  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.06 
 
 		 436 aa  271  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  42.22 
 
 		 493 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  34.3 
 
 		 481 aa  270  4e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  35.67 
 
 		 461 aa  266  5e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  41.39 
 
 		 492 aa  263  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  40.17 
 
 		 499 aa  260  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  40.5 
 
 		 505 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  36.03 
 
 		 461 aa  259  9e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.89 
 
 		 477 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  39.89 
 
 		 503 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  34.16 
 
 		 483 aa  258  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  40.22 
 
 		 505 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  39.89 
 
 		 503 aa  257  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  39.67 
 
 		 503 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  39.94 
 
 		 513 aa  256  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  39.94 
 
 		 513 aa  256  8e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  39.94 
 
 		 502 aa  255  9e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  39.94 
 
 		 502 aa  255  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  39.94 
 
 		 502 aa  255  9e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  34.51 
 
 		 489 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  39.94 
 
 		 502 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  39.67 
 
 		 513 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  34 
 
 		 498 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  33.79 
 
 		 501 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  34 
 
 		 498 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  33.79 
 
 		 501 aa  254  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  33.79 
 
 		 501 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.47 
 
 		 476 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  36.62 
 
 		 465 aa  253  5.000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  39.67 
 
 		 513 aa  253  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  39.39 
 
 		 501 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  39.39 
 
 		 501 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.89 
 
 		 497 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.41 
 
 		 536 aa  248  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.69 
 
 		 479 aa  248  1e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  34.02 
 
 		 485 aa  247  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.68 
 
 		 480 aa  248  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.02 
 
 		 510 aa  248  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.53 
 
 		 477 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 477 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.92 
 
 		 482 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0670  RNA polymerase factor sigma-54  36.38 
 
 		 446 aa  245  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.702402  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.2 
 
 		 494 aa  244  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  38.71 
 
 		 507 aa  244  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  34.03 
 
 		 484 aa  244  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  31.61 
 
 		 481 aa  243  5e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  33.69 
 
 		 477 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  33.69 
 
 		 477 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  33.69 
 
 		 477 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  33.69 
 
 		 477 aa  242  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  34.11 
 
 		 488 aa  242  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.8 
 
 		 475 aa  242  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 497 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.12 
 
 		 477 aa  241  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  33.69 
 
 		 477 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  33.5 
 
 		 508 aa  240  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0756  RNA polymerase factor sigma-54  34.65 
 
 		 463 aa  240  4e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.73 
 
 		 508 aa  239  5.999999999999999e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  35.99 
 
 		 513 aa  239  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  32.99 
 
 		 500 aa  238  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  30.94 
 
 		 497 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  30.94 
 
 		 497 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  32.99 
 
 		 500 aa  238  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  32.91 
 
 		 477 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  35.13 
 
 		 474 aa  238  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  32.91 
 
 		 477 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.33 
 
 		 505 aa  238  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.73 
 
 		 522 aa  238  2e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  32.91 
 
 		 477 aa  237  3e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.75 
 
 		 467 aa  237  3e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 511 aa  237  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  33.69 
 
 		 478 aa  237  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.05 
 
 		 526 aa  236  5.0000000000000005e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>