More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_2724 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
200 aa  407  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  93 
 
 
200 aa  387  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  84 
 
 
200 aa  358  3e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  83.5 
 
 
200 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  82.5 
 
 
200 aa  352  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  82.5 
 
 
200 aa  349  1e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  76 
 
 
200 aa  317  5e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  76 
 
 
200 aa  317  5e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  74.5 
 
 
200 aa  314  4e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  65 
 
 
203 aa  271  3e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  64.18 
 
 
201 aa  270  7e-72  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  67.16 
 
 
203 aa  270  9e-72  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  67.16 
 
 
203 aa  269  2e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1226  30S ribosomal protein S4  64.68 
 
 
224 aa  267  8.999999999999999e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  64.68 
 
 
203 aa  264  7e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  63.73 
 
 
262 aa  251  7e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 
208 aa  223  1e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  57.28 
 
 
206 aa  223  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl586  30S ribosomal protein S4  55.12 
 
 
208 aa  221  7e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000352215  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  55.83 
 
 
206 aa  220  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  54.55 
 
 
208 aa  218  6e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  53.23 
 
 
200 aa  218  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  53.96 
 
 
203 aa  216  2e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0237  30S ribosomal protein S4  52.45 
 
 
208 aa  214  5e-55  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0862147  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  51.74 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  55.83 
 
 
206 aa  213  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  53.73 
 
 
201 aa  212  2.9999999999999995e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 
208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  52.66 
 
 
206 aa  211  7e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  55.94 
 
 
202 aa  211  7.999999999999999e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  53.73 
 
 
200 aa  210  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
208 aa  209  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  51.24 
 
 
201 aa  208  4e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  51.74 
 
 
201 aa  208  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
208 aa  207  6e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  51.74 
 
 
201 aa  207  7e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 
208 aa  207  1e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  52.24 
 
 
201 aa  206  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  52.2 
 
 
205 aa  206  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  50.72 
 
 
207 aa  206  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  205  3e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 
206 aa  204  7e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
207 aa  204  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 
201 aa  203  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  52.4 
 
 
206 aa  202  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  202  4e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 
207 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 
206 aa  201  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  53.2 
 
 
203 aa  201  4e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
207 aa  201  5e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 
208 aa  201  6e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  51.67 
 
 
206 aa  201  6e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 
208 aa  201  6e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  52.97 
 
 
201 aa  201  8e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  52.97 
 
 
201 aa  201  8e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  201  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  201  8e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  52.97 
 
 
201 aa  201  8e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  200  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  52.88 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.89 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  49.28 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  51.21 
 
 
206 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  51.21 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 
205 aa  199  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 
208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
207 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
207 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  52.17 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  51.21 
 
 
206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  53.66 
 
 
197 aa  198  3.9999999999999996e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 
207 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  51.69 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  50.49 
 
 
202 aa  197  7e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  48.8 
 
 
208 aa  197  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  51.21 
 
 
206 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  47.29 
 
 
203 aa  196  1.0000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>