More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_2458 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 		 277 aa  360  2e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 		 277 aa  359  3e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 		 277 aa  358  5e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  60.65 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  59.21 
 
 		 277 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  67.39 
 
 		 276 aa  356  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  59.21 
 
 		 277 aa  355  3.9999999999999996e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  60.65 
 
 		 277 aa  355  5e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  59.21 
 
 		 277 aa  354  7.999999999999999e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  59.27 
 
 		 308 aa  354  7.999999999999999e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 		 277 aa  343  1e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  56.32 
 
 		 277 aa  340  2e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  45.65 
 
 		 278 aa  240  2e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  46.01 
 
 		 280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  44.6 
 
 		 291 aa  228  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  46.77 
 
 		 284 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 		 280 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  44.84 
 
 		 280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 		 269 aa  217  2e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  45.22 
 
 		 288 aa  215  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  42.12 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 		 289 aa  209  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  43.37 
 
 		 284 aa  209  4e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 273 aa  204  1e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 		 290 aa  203  3e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  38.02 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  43.59 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  44.36 
 
 		 269 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 283 aa  195  7e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  41.64 
 
 		 286 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  46.01 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  40.57 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 		 285 aa  186  3e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  40.68 
 
 		 286 aa  186  4e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  38.38 
 
 		 275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 288 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  43.37 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 289 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  38.15 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 292 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  36.97 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 283 aa  171  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 276 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  44.11 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.93 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 286 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 298 aa  168  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.17 
 
 		 279 aa  168  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  37.78 
 
 		 288 aa  168  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 		 273 aa  168  9e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  38.01 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  43.91 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.62 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 284 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  38.4 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  38.22 
 
 		 263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>