More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_1076 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_1076  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  100 
 
 
297 aa  585  1e-166  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.036098  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1966  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  86.73 
 
 
294 aa  480  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2834  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  78.47 
 
 
290 aa  430  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4247  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  77.05 
 
 
292 aa  427  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4208  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4046  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3884  L-serine dehydratase, alpha subunit  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3892  L-serine dehydratase, alpha subunit  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4360  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4271  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0989  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  76.71 
 
 
292 aa  426  1e-118  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3970  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  76.37 
 
 
292 aa  425  1e-118  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4161  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  76.71 
 
 
292 aa  427  1e-118  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1253  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  61.99 
 
 
294 aa  341  9e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.987373  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2146  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  63.67 
 
 
290 aa  339  4e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.284202  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2554  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  56.12 
 
 
299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2606  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  56.12 
 
 
299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1283  L-serine dehydratase alpha subunit  59.86 
 
 
289 aa  322  5e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.199144  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2094  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  55.1 
 
 
299 aa  315  7e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0888  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  58.48 
 
 
287 aa  315  7e-85  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00304555  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3067  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  56.21 
 
 
296 aa  314  9e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.589265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3307  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit alpha  56.21 
 
 
296 aa  314  9e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.340076  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1073  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  55.52 
 
 
293 aa  302  5.000000000000001e-81  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000230696  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3287  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  56.21 
 
 
296 aa  298  8e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2483  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  56.21 
 
 
296 aa  296  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5570  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  55.86 
 
 
295 aa  279  4e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.260199 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1421  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  53.66 
 
 
297 aa  277  1e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0316402  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2960  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  48.97 
 
 
293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2643  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  48.97 
 
 
293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1058  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  47.7 
 
 
292 aa  269  5e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1506  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  50 
 
 
296 aa  264  1e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0178055  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1246  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  47.87 
 
 
292 aa  255  7e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0490782  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2854  L-serine ammonia-lyase  47.55 
 
 
304 aa  245  8e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0174652 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16330  L-serine ammonia-lyase, alpha subunit  48.96 
 
 
288 aa  242  5e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.59813e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3835  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  50.87 
 
 
287 aa  237  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.338413  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1459  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.33 
 
 
292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000185683  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1759  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.83 
 
 
291 aa  218  7.999999999999999e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1946  L-serine ammonia-lyase  48.99 
 
 
313 aa  217  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.426247  hitchhiker  0.000000256832 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0098  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  41.32 
 
 
291 aa  212  5.999999999999999e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000117533  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1474  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  39.01 
 
 
290 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2065  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  41.38 
 
 
293 aa  207  2e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000167711  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0267  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  44.04 
 
 
290 aa  204  1e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0503  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  43.6 
 
 
549 aa  203  3e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.742023 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16320  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit/L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  43.77 
 
 
552 aa  201  9.999999999999999e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  hitchhiker  0.00195001 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10070  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit/L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  43.21 
 
 
541 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000332749  hitchhiker  0.0000000458611 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1331  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  45.22 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.742186  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0952  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  43.06 
 
 
536 aa  187  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000235834 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0337  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  39.93 
 
 
286 aa  185  8e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.794758  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4709  L-serine dehydratase 1  37.46 
 
 
475 aa  179  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0198  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  40.57 
 
 
283 aa  179  5.999999999999999e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000157551  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  40.07 
 
 
455 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  38.93 
 
 
454 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  41.55 
 
 
462 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10673  L-serine dehydratase  36.52 
 
 
477 aa  176  6e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.436502  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  40.73 
 
 
457 aa  176  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  38.57 
 
 
454 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  38.57 
 
 
454 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  38.57 
 
 
454 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  38.57 
 
 
454 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12590  L-serine ammonia-lyase  41.67 
 
 
464 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.82368  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2109  L-serine dehydratase 1  35.49 
 
 
472 aa  172  6.999999999999999e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  40.85 
 
 
463 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0591  L-serine dehydratase 1  36.79 
 
 
454 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  40.14 
 
 
463 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  36.79 
 
 
454 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  36.79 
 
 
454 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  36.79 
 
 
454 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  36.79 
 
 
454 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  36.79 
 
 
454 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  36.79 
 
 
456 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  36.79 
 
 
456 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  39.58 
 
 
458 aa  170  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  36.79 
 
 
454 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  41.05 
 
 
458 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3111  L-serine ammonia-lyase  38.93 
 
 
404 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  38.19 
 
 
499 aa  167  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  40.28 
 
 
457 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  38.08 
 
 
457 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  39.93 
 
 
460 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  43.06 
 
 
457 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  40.99 
 
 
473 aa  166  4e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  40.07 
 
 
470 aa  165  8e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  38.03 
 
 
457 aa  165  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  37.59 
 
 
458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  38.89 
 
 
462 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  38.38 
 
 
458 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  39.24 
 
 
462 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  39.46 
 
 
472 aa  163  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  38.08 
 
 
450 aa  162  5.0000000000000005e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  38.3 
 
 
460 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  38.31 
 
 
462 aa  161  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1077  L-serine dehydratase  37.46 
 
 
458 aa  161  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  40.49 
 
 
459 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2740  serine dehydratase alpha chain  36.59 
 
 
460 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000127179  hitchhiker  0.000000403127 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  40.56 
 
 
458 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  38.65 
 
 
464 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  37.32 
 
 
458 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  37.76 
 
 
458 aa  159  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  38.38 
 
 
458 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  37.32 
 
 
458 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>