More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_1041 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
304 aa  625  1e-178  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  88.82 
 
 
304 aa  554  1e-157  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  73.75 
 
 
302 aa  471  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  73.75 
 
 
302 aa  473  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  73.75 
 
 
302 aa  471  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  73.75 
 
 
302 aa  471  1e-132  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  73.75 
 
 
302 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.75 
 
 
302 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  73.75 
 
 
302 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.75 
 
 
302 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  73.42 
 
 
302 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  76.12 
 
 
302 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  75.43 
 
 
302 aa  464  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  64.26 
 
 
305 aa  398  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.21 
 
 
305 aa  399  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  64.26 
 
 
305 aa  398  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  61.92 
 
 
306 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.79 
 
 
303 aa  358  8e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  60.14 
 
 
305 aa  357  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  56.11 
 
 
313 aa  348  7e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.5 
 
 
296 aa  345  7e-94  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  61.37 
 
 
334 aa  341  1e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.67 
 
 
296 aa  339  2.9999999999999998e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  55.22 
 
 
309 aa  337  9.999999999999999e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  56.62 
 
 
305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.44 
 
 
303 aa  336  2.9999999999999997e-91  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.45 
 
 
301 aa  335  7e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  57.33 
 
 
331 aa  329  3e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.75 
 
 
306 aa  326  2.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  56.04 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  53.16 
 
 
304 aa  315  5e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  53.27 
 
 
314 aa  310  2e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  56.95 
 
 
306 aa  309  4e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  56.61 
 
 
306 aa  308  6.999999999999999e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.59 
 
 
304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.17 
 
 
308 aa  306  3e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  50.17 
 
 
305 aa  301  9e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  51.19 
 
 
310 aa  297  2e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  51.88 
 
 
313 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.21 
 
 
312 aa  291  7e-78  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  49.84 
 
 
326 aa  290  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  49.17 
 
 
303 aa  289  4e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.2 
 
 
312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  47.57 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  49.17 
 
 
306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  51.88 
 
 
323 aa  282  6.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  52.76 
 
 
300 aa  278  6e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.02 
 
 
313 aa  278  7e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  49.83 
 
 
320 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  50.52 
 
 
324 aa  276  2e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  46.31 
 
 
305 aa  272  5.000000000000001e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
306 aa  272  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  48.4 
 
 
325 aa  271  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.28 
 
 
319 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.93 
 
 
319 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 
315 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  46.81 
 
 
334 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  49.14 
 
 
339 aa  269  5e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.51 
 
 
316 aa  267  1e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
318 aa  266  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.69 
 
 
347 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.56 
 
 
316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  48.49 
 
 
311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.69 
 
 
334 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  48.16 
 
 
311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.59 
 
 
319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  46.65 
 
 
320 aa  265  5e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  47.7 
 
 
314 aa  265  5e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
322 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.8 
 
 
333 aa  265  7e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.4 
 
 
313 aa  265  7e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  50.33 
 
 
318 aa  265  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  50.5 
 
 
311 aa  263  2e-69  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.28 
 
 
326 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  48.85 
 
 
319 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.08 
 
 
337 aa  262  6e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.1 
 
 
326 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  48.33 
 
 
328 aa  261  8.999999999999999e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.24 
 
 
326 aa  260  2e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.87 
 
 
318 aa  260  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  48.28 
 
 
334 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
319 aa  259  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  47.44 
 
 
320 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  45.72 
 
 
315 aa  259  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.49 
 
 
327 aa  259  4e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
319 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  46.51 
 
 
377 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.79 
 
 
324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  48.05 
 
 
342 aa  258  8e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  49.31 
 
 
323 aa  258  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 
352 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  48.52 
 
 
320 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 
352 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.79 
 
 
320 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  48.21 
 
 
352 aa  257  2e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  45.25 
 
 
352 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  47.54 
 
 
320 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  46.79 
 
 
336 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.65 
 
 
356 aa  256  4e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  45.83 
 
 
322 aa  255  6e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>