More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_0143 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
248 aa  521  1e-147  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  73.39 
 
 
258 aa  383  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  62.04 
 
 
252 aa  320  9.000000000000001e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  61.63 
 
 
247 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  60.57 
 
 
252 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 
252 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 
252 aa  319  3e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 
247 aa  319  3e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 
247 aa  319  3e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 
247 aa  319  3e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 
247 aa  319  3e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  60.41 
 
 
252 aa  318  7e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  60.16 
 
 
247 aa  310  1e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 
267 aa  225  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 
267 aa  225  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  47.77 
 
 
256 aa  224  8e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
258 aa  223  3e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 
244 aa  220  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
248 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 
244 aa  216  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 
262 aa  212  4.9999999999999996e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  46.75 
 
 
244 aa  209  3e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 
250 aa  208  7e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  44.13 
 
 
246 aa  207  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  44.13 
 
 
246 aa  207  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  43.8 
 
 
267 aa  204  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  43.9 
 
 
245 aa  204  1e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  45.75 
 
 
247 aa  202  4e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
255 aa  202  5e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 
244 aa  201  8e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 
253 aa  201  8e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  44.63 
 
 
256 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.68 
 
 
245 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  41.15 
 
 
249 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 
245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 
246 aa  199  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
245 aa  198  7e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 
248 aa  195  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
250 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 
248 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 
261 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 
259 aa  191  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 
264 aa  190  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 
247 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 
250 aa  189  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
244 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 
259 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
244 aa  185  5e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.34 
 
 
278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 
264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.53 
 
 
245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 
244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
244 aa  181  7e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 
282 aa  181  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.06 
 
 
246 aa  181  9.000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  40.83 
 
 
260 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
245 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
245 aa  180  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.74 
 
 
261 aa  180  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
245 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
245 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
251 aa  178  5.999999999999999e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
245 aa  178  7e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
245 aa  178  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
245 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 
261 aa  176  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 
293 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 
293 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 
261 aa  175  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  42.64 
 
 
257 aa  174  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
261 aa  174  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  37.82 
 
 
271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  37.82 
 
 
271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  38.08 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 
271 aa  172  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
261 aa  172  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 
285 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
261 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
265 aa  170  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
261 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
268 aa  169  3e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 
264 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
261 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>