More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3399 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3399  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
582 aa  1160    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4095  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 
525 aa  177  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1583  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.8 
 
 
564 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.936512  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2097  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 
553 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0293  secretion protein HlyD  31.75 
 
 
514 aa  152  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.287992  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  32.06 
 
 
410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 
427 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1784  secretion protein HlyD  34.16 
 
 
524 aa  137  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0136066  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  31.28 
 
 
423 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.27 
 
 
428 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4388  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 
551 aa  130  7.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.420196  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  30.98 
 
 
424 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.89 
 
 
400 aa  128  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  29.97 
 
 
418 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  32.63 
 
 
399 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  32.74 
 
 
398 aa  112  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  27.78 
 
 
435 aa  110  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  32.95 
 
 
402 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  30.5 
 
 
503 aa  107  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  30.75 
 
 
405 aa  107  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 
376 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  26.3 
 
 
433 aa  104  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  28.52 
 
 
388 aa  103  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  30.07 
 
 
401 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.08 
 
 
587 aa  103  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  24.87 
 
 
392 aa  102  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  29.65 
 
 
405 aa  101  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
580 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  31.15 
 
 
382 aa  100  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.4 
 
 
459 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 
448 aa  98.6  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  28.09 
 
 
416 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 
416 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 
416 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  29.97 
 
 
371 aa  97.4  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  23.85 
 
 
396 aa  97.4  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 
538 aa  97.1  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 
416 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4463  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 
391 aa  96.3  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  29 
 
 
384 aa  95.9  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  34.39 
 
 
408 aa  95.1  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 
353 aa  94.7  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 
354 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 
354 aa  94.4  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
411 aa  94.4  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
390 aa  94  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 
357 aa  93.6  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.14 
 
 
380 aa  92.8  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  29.83 
 
 
407 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 
424 aa  93.2  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 
380 aa  93.2  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.82 
 
 
421 aa  93.2  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4090  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 
575 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
358 aa  92  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 
538 aa  92.8  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 
412 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  29.83 
 
 
402 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 
537 aa  92.8  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  28.15 
 
 
385 aa  92.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  31.54 
 
 
416 aa  92.8  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
358 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  32.9 
 
 
397 aa  92  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  27.23 
 
 
517 aa  90.9  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 
354 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  27.19 
 
 
413 aa  91.3  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 
354 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 
415 aa  91.3  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  27.7 
 
 
484 aa  90.5  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.11 
 
 
503 aa  90.5  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 
530 aa  90.1  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  31.62 
 
 
473 aa  90.1  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 
354 aa  90.1  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  26.58 
 
 
418 aa  90.5  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 
409 aa  89.7  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 
537 aa  89.7  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  28.04 
 
 
416 aa  89.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  28.62 
 
 
344 aa  89.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 
454 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  28.65 
 
 
488 aa  89.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  29.75 
 
 
484 aa  89  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  27.42 
 
 
484 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 
382 aa  89.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 
382 aa  89.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.9 
 
 
354 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_002950  PG0065  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 
324 aa  88.6  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 
512 aa  88.6  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  26.55 
 
 
390 aa  88.6  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 
404 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 
421 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 
509 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 
489 aa  88.2  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.99 
 
 
401 aa  88.2  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  28.65 
 
 
489 aa  88.2  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 
359 aa  88.2  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 
472 aa  87.8  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  26.64 
 
 
504 aa  87.8  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  28.08 
 
 
422 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  27.53 
 
 
386 aa  87.4  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 
473 aa  87.4  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
354 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>