More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3393 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 307 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  80.34 
 
 		 297 aa  482  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  78.98 
 
 		 297 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  54.3 
 
 		 300 aa  299  4e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  56.52 
 
 		 299 aa  293  3e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.07 
 
 		 298 aa  287  1e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  44.56 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  44.16 
 
 		 318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  42.16 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  44.09 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  43.82 
 
 		 407 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  43.11 
 
 		 407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 415 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 372 aa  205  8e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  45.15 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  46.57 
 
 		 312 aa  205  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  45.91 
 
 		 407 aa  202  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.35 
 
 		 322 aa  202  7e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  42.76 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  42.45 
 
 		 357 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.66 
 
 		 317 aa  199  5e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 443 aa  199  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  43.18 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  43.23 
 
 		 281 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 281 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 321 aa  195  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  42.95 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 356 aa  194  1e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  39.14 
 
 		 389 aa  192  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  40.98 
 
 		 321 aa  191  9e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  42.7 
 
 		 376 aa  191  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  40.93 
 
 		 562 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 		 339 aa  189  5e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  41.42 
 
 		 333 aa  188  8e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.59 
 
 		 362 aa  187  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  41.35 
 
 		 282 aa  187  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 359 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 452 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  39.38 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4259  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  44.98 
 
 		 352 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  41.79 
 
 		 324 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4393  inner-membrane translocator  44.64 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  36.74 
 
 		 345 aa  180  2e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4414  inner-membrane translocator  44.64 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 345 aa  179  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 463 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 347 aa  178  9e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  35.78 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.33 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 328 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0685  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00962366  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 349 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3103  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 340 aa  176  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60376 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.19 
 
 		 423 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 372 aa  174  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  34.89 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.89 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.28 
 
 		 424 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 389 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 345 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.42 
 
 		 412 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.94 
 
 		 463 aa  172  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  37 
 
 		 435 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  37 
 
 		 433 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1427  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.732914  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 		 428 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 		 428 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.33 
 
 		 423 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3795  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.189427 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.66 
 
 		 418 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3908  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.33 
 
 		 427 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.33 
 
 		 427 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.97 
 
 		 459 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>