69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3371 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  100 
 
 		 256 aa  523  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  74.12 
 
 		 256 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  65.35 
 
 		 257 aa  346  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.06 
 
 		 256 aa  317  9e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.66 
 
 		 256 aa  316  2e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  57.48 
 
 		 255 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.21 
 
 		 255 aa  270  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  40.08 
 
 		 257 aa  205  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  32.4 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  33.2 
 
 		 278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3105  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.07 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.29 
 
 		 270 aa  122  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  33.04 
 
 		 262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2599  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.68 
 
 		 282 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  29.05 
 
 		 256 aa  88.6  9e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  31.47 
 
 		 257 aa  85.5  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  30.54 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  29.94 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  29.59 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  29.94 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  29.79 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  29.3 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.57 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14000  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.19 
 
 		 254 aa  78.6  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.50908  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0247  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.84 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.44 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  26.64 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  29.09 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0988  xylose isomerase domain-containing protein  29.35 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.279783 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1928  hypothetical protein  27 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1592  xylose isomerase domain-containing protein  30.04 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.234456 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  29.02 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  31.07 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  28.97 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.77 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  24.64 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.26 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  23.7 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  24.29 
 
 		 304 aa  58.9  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  27.18 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  26.67 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.73 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2030  xylose isomerase domain-containing protein  28.5 
 
 		 307 aa  55.5  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.56 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  26.87 
 
 		 305 aa  53.1  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0871  hypothetical protein  28.49 
 
 		 241 aa  52  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00496229  hitchhiker  0.00660497 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.07 
 
 		 331 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  26.14 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  26.34 
 
 		 236 aa  49.7  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.26 
 
 		 258 aa  49.7  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  29.5 
 
 		 257 aa  49.7  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1235  apurinic endonuclease Apn1  29.27 
 
 		 278 aa  48.5  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0995  xylose isomerase-like TIM barrel  26.58 
 
 		 304 aa  47.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2851  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 316 aa  47  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0440  xylose isomerase-like TIM barrel  24.4 
 
 		 323 aa  46.6  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9360  apurinic endonuclease Apn1  28.57 
 
 		 252 aa  46.2  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.480693  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4952  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.64 
 
 		 256 aa  46.2  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  27.49 
 
 		 271 aa  45.8  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1299  xylose isomerase domain-containing protein  27.95 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.47167  normal  0.0132415 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0680  apurinic endonuclease Apn1  35.78 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161396 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1550  AP endonuclease  29.25 
 
 		 247 aa  43.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.15 
 
 		 297 aa  42.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2668  N-acylneuraminate-9-phosphate synthase  30.23 
 
 		 749 aa  42.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3448  N-acylneuraminate-9-phosphate synthase  30.23 
 
 		 749 aa  42.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0310  endonuclease IV  22.87 
 
 		 304 aa  42  0.01  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>