More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3281 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3281  thioredoxin  100 
 
 
109 aa  214  3e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3230  thioredoxin  92.66 
 
 
109 aa  202  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  9.30614e-09  normal  0.223494 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0363  thioredoxin  86.24 
 
 
109 aa  192  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.45924e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0404  thioredoxin  81.65 
 
 
109 aa  188  3e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  1.90247e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0404  thioredoxin  79.82 
 
 
109 aa  185  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.986075 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0505  thioredoxin  80.73 
 
 
109 aa  178  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000129794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  74.31 
 
 
109 aa  176  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3380  thioredoxin  75.23 
 
 
109 aa  157  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  7.57275e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  142  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  141  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1372  thioredoxin  57.8 
 
 
110 aa  140  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00473089  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2185  thioredoxin  57.01 
 
 
112 aa  139  1e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  1.21318e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2211  thioredoxin  57.01 
 
 
112 aa  139  1e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.65425e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  57.94 
 
 
108 aa  138  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  56.6 
 
 
109 aa  138  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  4e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  57.01 
 
 
108 aa  137  5e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1513  thioredoxin  55.66 
 
 
109 aa  137  5e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  4.29326e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  57.28 
 
 
108 aa  137  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  8.76713e-08  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  137  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.55412e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  54.13 
 
 
109 aa  137  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  63.54 
 
 
106 aa  137  6e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  137  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  136  8e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1708  thioredoxin  55.05 
 
 
110 aa  136  8e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00102285  normal  0.772138 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  55.14 
 
 
108 aa  136  8e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  136  8e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  136  9e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  136  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0180  thioredoxin  57.14 
 
 
115 aa  135  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  56.07 
 
 
108 aa  135  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  56.07 
 
 
108 aa  135  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  56.07 
 
 
112 aa  135  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  134  3e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1323  thioredoxin  59.8 
 
 
107 aa  134  3e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.131811  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  57.94 
 
 
108 aa  135  3e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  54.21 
 
 
108 aa  134  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  54.21 
 
 
108 aa  134  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  54.21 
 
 
108 aa  134  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.15955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  134  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.36523e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  55.14 
 
 
109 aa  133  6e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  55.14 
 
 
108 aa  134  6e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  56.73 
 
 
107 aa  133  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  54.21 
 
 
108 aa  132  1e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  59.41 
 
 
106 aa  132  1e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  52.34 
 
 
108 aa  132  2e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  132  2e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  132  2e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  8.66569e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  53.27 
 
 
108 aa  132  2e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  132  2e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  132  2e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  131  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  55.34 
 
 
108 aa  131  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  56.31 
 
 
108 aa  131  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  56.31 
 
 
108 aa  131  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  53.27 
 
 
108 aa  131  4e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3500  thioredoxin  54.9 
 
 
107 aa  131  4e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  56.31 
 
 
108 aa  131  4e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2496  thioredoxin  56.88 
 
 
109 aa  130  4e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.182202  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  51.38 
 
 
110 aa  130  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  57.43 
 
 
107 aa  130  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  52.29 
 
 
110 aa  130  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  52.34 
 
 
108 aa  130  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1359  thioredoxin  55.96 
 
 
109 aa  129  1e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  51.38 
 
 
110 aa  129  1e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  52.34 
 
 
108 aa  129  1e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  7.24164e-05 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1456  thioredoxin  55.96 
 
 
109 aa  129  1e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  55 
 
 
148 aa  129  2e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  57 
 
 
106 aa  128  2e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  54.13 
 
 
109 aa  128  2e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  56 
 
 
107 aa  128  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3080  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  128  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  55 
 
 
107 aa  128  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  56 
 
 
124 aa  128  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  56 
 
 
107 aa  128  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  55 
 
 
107 aa  128  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  50.46 
 
 
110 aa  128  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  57 
 
 
107 aa  127  4e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  55 
 
 
107 aa  127  4e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  56.25 
 
 
107 aa  127  4e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  5.34537e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  54.72 
 
 
116 aa  127  4e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  55.34 
 
 
107 aa  127  5e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  52.88 
 
 
107 aa  127  5e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  52.34 
 
 
108 aa  127  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>